СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>S=КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ<.>)

Общее количество найденных документов : 25
Показаны документы с 1 по 20

1-20 21-25

РЖ ВИНИТИ 34 (BI15) 96.07-04В2.363

Use of the polymerase chain reaction to identify coding sequences for chitin synthase isozymes in Phialophora verrucosa [Text] / M. Peng [et al.] // Curr. Genet. - 1995. - Vol. 27, N 6. - P517-523 . - ISSN 0172-8083
Перевод заглавия: Использование полимеразной цепной реакции для идентификации кодирующих последовательностей, детерминирующих изоформы хитинсинтазы у Phialophora verrucosa
Аннотация: Метод ПЦР использовали для выделения из геномной клонотеки Ph. verrucosa (патоген, вызывающий хромобластомикозы кожи человека) последовательностей, соотв. вариантам гена, к-рый кодирует хитинсинтазу - основной фермент, контролирующий синтез хитина, имеющегося в составе клеточных стенок клеток грибка. Полученные данные указывают на наличие в геноме Ph. verrucosa 2 неаллельных генов: PvCHS1 и PvCHS2. Проведено секвенирование нуклеотидных и расшифровка аминокислотных последовательностей: подтверждено наличие значительных различий, на основании чего хитинсинтазы разделены на 2 класса - I и II. Однако в обоих изоферментах имеется консервативный участок, к-рый также имеется в составе продукта, кодируемого геном CSD2/CAL1 дрожжей. Полученные данные обсуждаются с точки зрения разработки новых методов терапии хромобластомикозов. США, [P. J. Szaniszlo], Dep. Microbiol., Univ. Texas at Austin, Austin, TX 78712-1095. Библ. 25

ГРНТИ	34.29.15

ВИНИТИ 341.29.15.17.17
Рубрики: ХИТИНСИНТАЗА
ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ИЗОФЕРМЕНТЫ
PHIALOPHORA VERRUCOSA

Доп.точки доступа:
Peng, M.; Karuppayil, S.M.; Mendoza, L.; Levins, T.A.; Szaniszlo, P.J.

РЖ ВИНИТИ 76 (BI29) 96.07-04Н1.54

A novel mechanism of in vivo ras gene activation involving tandem duplication of coding sequences [Text] / Jonathan S. Wiest [et al.] // Oncogene. - 1994. - Vol. 9, N 9. - P2449-2454 . - ISSN 0950-9232
Перевод заглавия: Новый механизм активации гена ras in vivo, состоящий в тандемной дупликации кодирующих последовательностей
Аннотация: В спонтанных и индуцированных химическими канцерогенами аденомах мыши обнаружен ряд генов c-K-ras, обладающих слабой трансформирующей активностью при тестировании на клетках линии NIH3T3. Структурный анализ этих активированных аллелей K-ras показал, что их трансформирующая активность имеет в основе тандемную дупликцию 9 или 10 кодонов, фланкирующих кодон 61 в экзоне 2. Эти внутригенные повторы окружены последовательностями ДНК со свойствами потенциальных сигналов рекомбинации. Обсуждаются механизмы тандемной дупликации кодирующих участков K-ras и ее роль в онкогенной активации этого гена. Предполагается, что этот новый механизм может функционировать при инактивации различных генов-супрессоров опухолей и при активации протоонкогенов. США, Lab. Mol. Toxicol. Nat. Inst. Environmental Hlth Sci., Res. Triangle Park, NC 27709. Библ. 39

ГРНТИ	76.29.49

ВИНИТИ 761.29.49.15.15.09
Рубрики: ОНКОГЕНЫ
ГЕН RAS
АКТИВАЦИЯ
МЕХАНИЗМ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ТАНДЕМНАЯ ДУПЛИКАЦИЯ
КАНЦЕРОГЕНЕЗ
МЫШИ
ГЕНЫ-СУПРЕССОРЫ
СИГНАЛЫ РЕКОМБИНАЦИИ

Доп.точки доступа:
Wiest, Jonathan S.; Burnett, Vicki L.; Anderson, Marshall W.; Reynolds, Steven H.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 96.09-04Б1.506

Comparison of the p125 coding region of bovine viral diarrhea viruses [Text] / Charles Pellerin [et al.] // Vet. Microbiol. - 1995. - Vol. 45, N 1. - P45-57 . - ISSN 0378-1135
Перевод заглавия: Сравнение участков, кодирующих р125 вирусов диареи крупного рогатого скота
Аннотация: Участки, кодирующие белок р125 (р54/р80) двух цитопатогенных (цп) штаммов (Орегон, Сингер) и двух нецитопатогенных (нцп) штаммов (NY-1, Дрэпер) вируса диареи крупного рогатого скота (ВД КРС), были амплифицированы в полимеразной цепной реакции, клонированы и секвенированы. У обоих использованых цп-штаммов, в отличие от многих других описанных цп-штаммов, не обнаружено каких-либо вставок или делеций в гене р125. В белке р80 не выявлено аминокислотных замен, позволяющих отличать цп-штаммы от нцп-штаммов NY-1 и SD-1. Белок р54 гораздо менее консервативен по сравнению с р80 и, анализируя гомологию последовательностей, можно различить две генотипические группы ВД КРС (Ia и Ib). Степень гомологии между штаммами этих групп составляет 77,3%/80,4% соответственно для нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, тогда как для штаммов внутри групп - 88,0%/88,8% для группы Ia и 91,6%/93,3% для группы Ib. Обнаружено, что у использованного в работе штамма NY-1, участок гена р125, соответствующий р80, гомологичен только на 92% описанному ранее аналогичному участку этого штамма, тогда как оставшиеся части гена р125 у обоих штаммов гомологичны на 99,8%. Подчеркивается сложность поддержания специфических штаммов ВД КРС, особенно нцп-биотипа, в культуре клеток. Канада, Inst. Armand Frappier, Centre de Recher. en Virol., 531, boul. des Prairies, Laval, Quebec. Библ. 44

ГРНТИ	34.25.29

ВИНИТИ 341.25.29.17.28
Рубрики: ПЕСТИВИРУСЫ
ВИРУС ДИАРЕИ КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА
ШТАММЫ
БЕЛКИ ВИРУСНЫЕ
БЕЛОК Р125
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
СРАВНЕНИЕ

Доп.точки доступа:
Pellerin, Charles; Moir, Susan; Lecomte, Jacqueline; Tijssen, Peter

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 97.01-04Б1.73

Unique features of internal initiation of hepatitis C virus RNA translation [Text] / Joanna E. Eeynolds [et al.] // EMBO Journal. - 1995. - Vol. 14, N 23. - P6010-6020 . - ISSN 0261-4189
Перевод заглавия: Уникальные черты внутренней инициации трансляции РНК вируса гепатита C
Аннотация: Чтобы установить, транслируется ли РНК вируса гепатита C (ВГС) по механизму внутреннего вхождения рибосом, изучено, способна ли вставка последовательностей ВГС между 2 цистронами дицистронной РНК способствовать трансляции 3'-цистрона в лизате ретикулоцитов кролика. Делеционный анализ показал, что эффективная внутренняя инициация требует сегмента генома ВГС между положениями 40 и 370 и что делеции с 3'-конца этого сегмента вредны для трансляции. Т. к. в положении 342 находится аутентичный инициирующий кодон (АИК) полипротеина ВГС, для внутренней инициации необходим короткий участок кодирующей последовательности. Эти выводы подтверждены при трансфекции клеток BT7-H. Показано, что они не зависят от природы репортерного 3'-цистрона. В отличие от пикорнавирусов, у ВГС внутренняя инициация трансляции зависит от кодирующих последовательностей и почти не ухудшается при замене АИК на кодон, отличный от AYG. Великобритания, Dep. Biochem., Univ. Cambridge, Cambridge, CB2 1QW. Библ. 44

ГРНТИ	34.25.17

ВИНИТИ 341.25.17.09.07
Рубрики: ВИРУС ГЕПАТИТА C
РНК
ТРАНСЛЯЦИЯ
ИНИЦИАЦИЯ ВНУТРЕННЯЯ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ВЛИЯНИЕ

Доп.точки доступа:
Eeynolds, Joanna E.; Kaminski, Ann; Kettinen, Hilkka J.; Grace, Ken; Clarke, Berwyn E.; Carroll, Anthony R.; Rowlands, David J.; Jackson, Richard J.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI05) 97.03-04И8.221

Molecular phylogeny based on the 'каппа'-casein and cytochrome b sequences in the mammalian suborder Ruminantia [Text] / Koichi Chikuni [et al.] // J. Mol. Evol. - 1995. - Vol. 41, N 6. - P859-866 . - ISSN 0022-2844
Перевод заглавия: Молекулярная филогения подотряда Ruminantia, основанный на последовательностях 'каппа'-казеина и цитохрома b
Аннотация: Методом ПЦР выделены кодирующие последовательности генов 'каппа'-казеина (ядерный геном) и цитохрома b (митохондриальный геном) у 13 видов млекопитающих, относимых к подотряду Ruminantia (жвачные: отряд парнокопытные, Artiodactyla). Отмечено, что филетические схемы, выстраиваемые по параметрам 2 белков, в значительной степени сходны, хотя и имеются нек-рые различия по количественным уровням генетической дифференцированности. Наиболее обособленное положение занимает свинья Sus scrofa, не входящая в подотряд Ruinantia. Среди жвачных резко обособлен оленек-канчили Tragulus javanicus (семейство Tragulidae), а также пятнистый олень Cervus nippon (Cervidae). Остальные виды, относящиеся к семейству Bovidae, составляют достаточно плотную филетическую линию - ее структура хорошо согласуется с современной систематикой: в частности, более обособлены крупный рогатый скот Bos taurus и буйвол Bubalus bubalis, входящие в трибу Bovini. Др. обособленную группу составляют сайгак Saiga tatarica (триба Saigini), овца Ovis aries и коза Capra hircus (триба Caprini). В трибе Rupicaprini несколько особняком расположены косуля Rupicapra rupicapra и горал Nemorhaedus goral; плотную группу составляют снежная коза Oreamnos americanus и 3 вида серау Capricornis sumatrensis, C. crispus и C. swinhoei. Однако по параметрам генов тестированных белков получаемые филетические схемы оказываются в значительной степени иными (в частности, пятнистый олень "попадает" в группу к козе и овце, и т. п.): причины таких разногласий обсуждаются. Рассмотрены пути к определению "большей объективности" анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей при построении филогенетических родословных. Япония, Nat. Inst. Animal Industry, Tsukuba Nourindanchi, P. O. Box 5, Tsukuba, Ibaraki 305. Библ. 31

ГРНТИ	34.23.59

ВИНИТИ 341.23.59.02.07
Рубрики: ФИЛОГЕНИЯ
ГЕНЫ
ГЕН КАЗЕИНА 'КАППА'
ГЕН ЦИТОХРОМА B
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
МЛЕКОПИТАЮЩИЕ
ПОДОТРЯД RUMINANTIA
ЖВАЧНЫЕ

Доп.точки доступа:
Chikuni, Koichi; Mori, Yutaka; Tabata, Toshiyuki; Saito, Masayoshi; Monma, Michiko; Kosugiyama, Motoaki

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 98.10-04Б2.262

Bizzaro, J. W.
Comparison of theoretical and experimental meltism curves of the yeast genome and simulation of individual yeast chromosome melting using the program MELTSIM [Text] / J. W. Bizzaro, A.Marx Kenneth, R. D. Blake // J. Biomol. Struct. and Dyn. - 1997. - Vol. 14, N 6. - P873 . - ISSN 0739-1102
Перевод заглавия: Сравнение теоретических и экспериментальных кривых плавления генома дрожжей и симуляция плавления индивидуальных хромосом дрожжей с использованием программы MELTSIM
Аннотация: Воспользовавшись базой данных о полной последовательности генома Saccharomyces cerevisiae (12.067.277 п.н.) и программой MELTSIM, осуществили симулированное плавление ДНК, к-рое сопоставили с экспериментальными данными высокого разрешения о плавлении ДНК дрожжей в буфере состава: 0,0716 M NaCl, 0,0038 M какодиловая к-та, 0,00015 M ЭДТА, pH 6,7. Экспериментальные данные хорошо совпадают с расчетными. При симуляции плавления последовательностей 16 индивидуальных хромосом не выявлено значительных различий между ними. При симуляции плавления внутрихромосомных участков выявлено, что кодирующие последовательности из-за высокого уровня GC-состава плавятся на 2'ГРАДУС'-3'ГРАДУС'С выше, чем некодирующие. Та же закономерность наблюдается и для др. эукариотических геномов. США, Dep. Chem., Univ. Massachusetts, Lowell, MA 01854. Библ. 1

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.11.02
Рубрики: ГЕНОМ ЭУКАРИОТИЧЕСКИЙ
SACCHAROMYCES CEREVISIAE (FUNGI)
ХРОМОСОМЫ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ПЛАВЛЕНИЕ
БАЗЫ ДАННЫХ
ПРОГРАММА MELTSIM

Доп.точки доступа:
Kenneth, A.Marx; Blake, R.D.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 99.03-04А3.526

Nucleotide composition effects on the long-range correlations in human genes [Text] / A. Arneodo [et al.] // Eur. Phys. J. B. - 1998. - Vol. 1, N 2. - P259-263 . - ISSN 1434-6028
Перевод заглавия: Влияние нуклеотидного состава на дистантные корреляции в генах человека
Аннотация: Исследовали фрактальные шкалы нуклеотидного состава кодирующих и некодирующих последовательностей геномной ДНК человека. Показано, что выраженность дистантных корреляций в интронах возрастает с увеличением содержания GC в интронных последовательностях. Для экзонов такая зависимость не наблюдается и дистантные корреляции имеют место только при учете третьих оснований кодонов. Обсуждаются динамические процессы, лежащие в основе формирования изохоров в структуре геномов. Франция, Ctr Rech. Paul Pascal, 33600 Pessac cedex. Библ. 17

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.09.99
Рубрики: ГЕНОМ ЧЕЛОВЕКА
ГЕНЫ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
НЕКОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
НУКЛЕОТИДНЫЙ СОСТАВ
ДИСТАНТНЫЕ КОРРЕЛЯЦИИ

Доп.точки доступа:
Arneodo, A.; d'Aubenton-Carafa, Y.; Audit, B.; Bacry, E.; Muzy, J.F.; Thermes, C.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 00.07-04Б1.68

Involvement of the 5' proximal coding sequences of hepattitis C virus with internal initiation of viral translation [Text] / Lih-Hwa Hwang [et al.] // Biochem. and Biophys. Res. Commun. - 1998. - Vol. 252, N 2. - P455-460 . - ISSN 0006-291X
Перевод заглавия: Участие 5'-проксимальных кодирующих последовательностей вируса гепатита C во внутренней инициации вирусной трансляции
Аннотация: Изучено функциональное значение 5'-проксимальных последовательностей сердцевинного гена вируса гепатита C (ВГС) для активности сайта внутреннего вхождения рибосом IRES. Сконструированы моно- и бицистронные ДНК, содержащие репортерные гены CAT хлорамфениколацетилтрансферазы или luc-люциферазы. Опыты in vitro и in vivo показали, что оптимальный IRES содержит остатки 1-371 на 5'-конце генома ВГС. Мутационный анализ показал, что первичные последовательности с 3'-стороны от кодона AYG, а не вторичная структура, важны для регуляции оптимальной активности IRES. Для инициации синтеза репортерного белка можно использовать инициирующий кодон, отличный от AYG, но с меньшей эффективностью. Тайвань, Hepatitis Res. Ctr., Nat. Taiwan Univ. Hosp., Taipei 100. Библ. 17

ГРНТИ	34.25.17

ВИНИТИ 341.25.17.09.07
Рубрики: ВИРУС ГЕПАТИТА C
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
5'-ПРОКСИМАЛЬНЫЕ
ТРАНСЛЯЦИЯ
ИНИЦИАЦИЯ ВНУТРЕННЯЯ

Доп.точки доступа:
Hwang, Lih-Hwa; Hsieh, Chia-Ling; Yen, Alan; Chung, Yi-Ling; Chen, Ding Shinn

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 00.12-04Б2.299

Modeling and predicting transcriptional units of Escherichia coli genes using hidden Markov models [Text] / Tetsushi Yada [et al.] // Bioinformatics. - 1999. - Vol. 15, N 12. - P987-993 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: Моделирование и предсказание транскрипционных единиц генов Escherichia coli с использованием замаскированных моделей Маркова
Аннотация: Замаскированные модели Маркова представляют значительный интерес для поиска генов Escherichia coli, особенно в связи с гибкостью моделей, что облегчает оценку различных свойств последовательностей ДНК. Сообщается о попытке разработать модель с использованием общей транскрипционной единицы и с помощью такой системы усовершенствовать предсказание структуры оперона. Авторы улучшили точность предсказания кодирующих последовательностей (КП), применив классы моделей под названием "типичная", "атипичная", "негативная" и модели сайта связывания рибосомы и расположенного вниз по течению спейсера. Чувствительность предсказания 204 КП (КП определяли также экспериментально) достигала 90,2%. На основе предсказания КП предсказали локализацию промоторов и терминаторов. Модель позволяет узнавать 60% из 390 известных транскрипционных единиц. Описанная проблема предлагается для обсуждения, чтобы на основании последующих данных вводить в модель новые усовершенствования. Япония, Genomic Sciences Center, Riken, c/o Laboratory of Genome Database, Kuman Center, Institute of Medical Science, University of Tokyo, 4-6-1, Shirokane - dai Minatoku, Tokyo 108-8639. Библ. 21

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.09.03
Рубрики: ГЕНЫ
ТРАНСКРИПЦИОННЫЕ ЕДИНИЦЫ
МОДЕЛИ
ОПЕРОНЫ
СТРУКТУРА
ПРЕДСКАЗАНИЕ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ТОЧНОСТЬ ПРЕДСКАЗАНИЯ
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
ЗАМАСКИРОВАННЫЕ МОДЕЛИ МАРКОВА
ПРОМОТОРЫ
ТЕРМИНАТОРЫ
ЛОКАЛИЗАЦИЯ
ПРЕДСКАЗАНИЕ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)

Доп.точки доступа:
Yada, Tetsushi; Nakao, Mitsuteru; Totoki, Yasushi; Nakai, Kenta

10.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 00.12-04Б2.361

Delneri, Daniela.
Analysis of the seven-member AAD gene set demonstrates that genetic redundancy in yeast may be more apparent than real [Text] / Daniela Delneri, David C. J. Gardner, Stephen G. Oliver // Genetics. - 1999. - Vol. 153, N 4. - P1591-1600 . - ISSN 0016-6731
Перевод заглавия: Анализ семичленного набора генов AAD демонстрирует, что генетическая избыточность у дрожжей может быть скорее кажущейся, чем реальной
Аннотация: У Saccharomyces cerevisiae имеется набор из 7 генов AAD, к-рые кодируют белки, высокогомологичные арилалкогольдегидрогеназе Phanerochaete chrysosporium. Все эти гены, за исключением одного, ассоциированы с теломерами и все содержат в 5'-области или в кодирующих последовательностях элементы, похожие на сайт связывания фактора транскрипции Yap1p (I). Экспрессия генов AAD индуцируется диамидом и диэтиловым эфиром малеиновой к-ты, к-рые вызывают окислительный стресс (ОС), инактивируя фонд глутатиона в клетках. Однако H[2]O[2] не влияет на экспрессию генов AAD. Индукция генов AAD зависит от I. С использованием мутантов с одиночными или множественными делециями aad показано, что только гены AAD4 (YDL243c) и AAD6 (YFLo56/57c) отвечают на ОС. Из этих 2 генов только AAD4 функционален, т. к. открытая рамка считывания YFLo56/57c прервана стоп-кодоном. Т. обр. с точки зрения ответа на ОС семикратная избыточность генов AAD является кажущейся, а не реальной. Великобритания, Dep. Biomol. Sci., Univ. Manchester Inst. Sci. and Technol., Manchester, M6O 1QD. Библ. 46

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.11.17.03
Рубрики: ГЕНЫ
ГЕНЫ АРИЛАЛКОГОЛЬДЕГИДРОГЕНАЗЫ AAD
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
САЙТ СВЯЗЫВАНИЯ ФАКТОРА ТРАНСКРИПЦИИ YAP1P
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ
ИНДУКЦИЯ
ОКИСЛИТЕЛЬНЫЙ СТРЕСС
ГЕН AAD4
ФУНКЦИОНАЛЬНОСТЬ
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИЗБЫТОЧНОСТЬ
КАЖУЩЕЙСЯ
SACCHAROMYCES CEREVISIAE (FUNGI)

Доп.точки доступа:
Gardner, David C.J.; Oliver, Stephen G.

11.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 03.08-04Б2.234

Ribosome traffic in E. coli and regulation of gene expression [Text] / T. Lesink [et al.] // J. Theor. Biol. - 2000. - Vol. 202, N 2. - P175-185 . - ISSN 0022-5193
Перевод заглавия: Движение рибосом у E. coli и регуляция экспрессии генов
Аннотация: Предпринято моделирование движения рибосом во время трансляции кодирующих последовательностей Escherichia coli, основанное на предположении, что скорость трансляции индивидуальных кодонов лимитируется доступностью соответствующих тРНК. Показано, что скорости трансляции 4271 последовательности варьируют в 2-кратном диапазоне, а локальные скорости трансляции вдоль мРНК могут изменяться в 3 раза. Исследовано влияние 2 параметров: 1) длины участка мРНК, остающегося свободным между 2 последовательными рибосомами, 2) времени, в течение к-рого этот участок остается открытым. Эти параметры могут участвовать в контроле стабильности мРНК и транскрипционной полярности. С использованием усреднения скоростей трансляции в окне длиной 17 кодонов, перекрываемом транслирующей рибосомой, и скольжения этого окна вдоль данной кодирующей последовательности определены адреса (KMAX и KMIN) и времена (TMAX и TMIN) для наиболее медленно и наиболее быстро транслируемого окна. Показано, что TMAX определяет число молекул белка, транслируемых из данной молекулы мРНК за единицу времени, при условии, что интервал между 2 последовательными стартами трансляции не превышает TMAX. Оба окна трансляции проявляют 2 сильных сдвига, один из к-рых связан с частотой использования кодонов, а второй - с присутствием аминокислот. Франция, Ctr. Genet. Mol., CNRS, 91198 Gif-sur-Yvette. Библ. 34

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.09.07
Рубрики: ТРАНСЛЯЦИЯ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
РИБОСОМЫ
ДВИЖЕНИЕ
РЕГУЛЯЦИЯ
РНК ТРАНСПОРТНАЯ
ФУНКЦИЯ
ВЛИЯНИЕ
ПРИСУТСТВИЕ АМИНОКИСЛОТ
ЧАСТОТА ИСПОЛЬЗОВАНИЯ КОДОНОВ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)

Доп.точки доступа:
Lesink, T.; Solomovici, J.; Deana, A.; Ehrlich, R.; Reiss, C.

12.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 05.06-04А3.689

Gao, Feng.
Comparison of various algorithms for recognizing short coding sequences of human genes [Text] / Feng Gao, Chun-Ting Zhang // Bioinformatics. - 2004. - Vol. 20, N 5. - P673-681 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: Сравнение разных алгоритмов узнавания коротких кодирующих последовательностей генов человека
Аннотация: Создали базы данных фазоспецифичных кодирующих и некодирующих последовательностей длиной 192, 162, 129, 108, 87, 63 и 43 п. н. генома человека. Сравнили 19 алгоритмов предсказания кодирующих последовательностей, в том числе, методов Марковских моделей, анализа использования кодонов, использования гексамеров, предпочтительности кодонов, использования аминокислот, преобразований Фурье и 8 методов Z-кривых с разным числом параметров. Лучшие результаты получены с использованием Z-кривых с 69 и 189 параметрами. Методы Z-кривых намного проще, чем следующий по точности предсказания метод Марковских цепей пятого порядка, в котором используется 12 288 параметров. Программы методов Z-кривых можно получить по запросу по адресу ctzhang@tju.edu.com. Тайвань, Dep. Physics, Tianjin Univ., Tianjin 300072. Библ. 23

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.17
Рубрики: ГЕНОМ ЧЕЛОВЕКА
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
КОРОТКИЕ
УЗНАВАНИЕ
АЛГОРИТМЫ
СРАВНЕНИЕ

Доп.точки доступа:
Zhang, Chun-Ting

13.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 05.08-04Б2.77

Fadiel, A.
The influence of environment adaptation on bacterial genome structure [Text] / A. Fadiel, S. Lithwick, F. Naftolin // Lett. Appl. Microbiol. - 2005. - Vol. 40, N 1. - P12-18 . - ISSN 0266-8254
Перевод заглавия: Влияние адаптации к условиям окружающей среды на структуру бактериального генома
Аннотация: Подвергнуты детальному анализу кодирующие последовательности геномов трех филогенетически родственных бактериальных видов - Mycoplasma genitalium, M. pneumoniae и Ureaplasma urealyticum (первые два микроорганизма относятся к одному роду, но M. genitalium и U. urealyticum - урогенитальные патогены, M. pneumoniae - патоген дыхательных путей. Из базы данных NCBI получены полные транскриптомы каждого вида и проанализированы. Структуры транскриптомов имеют явное сходство у функционально близких видов M. genitalium и U. urealyticum (такого сходства у филогенетически родственных M. genitalium и M. pneumoniae не обнаруживается). Данная работа предполагает, что молекулярные типы внутри транскриптом изученных видов, вероятно, являются продуктом эволюционных адаптаций к разнообразным окружающей среды, а нет рез-т обычной филогении!

ГРНТИ	34.27.23

ВИНИТИ 341.27.23.02
Рубрики: MYCOPLASMA GENITALIUM (BACT.)
MYCOPLASMA PNEUMONIAE (BACT.)
UREAPLASMA UREALYTICUM (BACT.)
БАКТЕРИАЛЬНЫЕ ГЕНОМЫ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ
УСЛОВИЯ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ
ТРАНСКРИПТОМЫ
ЭВОЛЮЦИОННАЯ АДАПТАЦИЯ

Доп.точки доступа:
Lithwick, S.; Naftolin, F.

14.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 06.09-04Б2.202

A fractal method to distinguish coding and non-coding sequences in a complete genome based on a number sequence representation [Text] / Li-Qian Zhou [et al.] // J. Theor. Biol. - 2005. - Vol. 232, N 4. - P559-567 . - ISSN 0022-5193
Перевод заглавия: Дробный метод для разделения кодирующих и не кодирующих последовательностей в геноме на основе репрезентации ряда последовательностей
Аннотация: Предложили дробный метод для разделения кодирующих и не кодирующих последовательностей в геноме, основанный на различном статистическом поведении этих двух видов последовательностей. Впервые предложили репрезентативный набор последовательностей. В результате многофакторного анализа отобрали три экспоненты-C[-1], C[1] и C[2]. Каждая ДНК может быть представлена точкой в трехмерном пространстве, образованном этими трех-компонентными векторами. Показали, что эти точки, соответствующие кодирующим и не кодирующим последовательностям в геноме многих прокариот, распределяются в различные районы. Использовали алгоритм дискриминанты Фишера для разделения этих двух районов в пространстве. Если точка (C[-1], C[1], C[2]) для последовательности ДНК находится в районе, соответствующем кодирующим последовательностям, последовательность определяется как кодирующая, и наоборот. Для всех рассмотренных 51 прокариот средняя точность определения p[c], p[nc], q[nc] достигала 72,28%, 84,65%, 72,53% и 84,18%, соответственно. Китай, School of Mathematics and Computing Science, Xiangtan Univ., Hunan 411105

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: БОЛЕЗНИ
МИКОПЛАЗМОЗ
ВОЗБУДИТЕЛЬ
ХАРАКТЕРИСТИКА
ГЕНОМ
СТРУКТУРА
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
НЕКОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ДРОБНЫЙ МЕТОД
РАЗРАБОТКА
MYCOPLASMA GENITALIUM (BACT.)

Доп.точки доступа:
Zhou, Li-Qian; Yu, Zu-Guo; Deng, Ji-Qing; Anh, Vo; Long, Shun-Chao

15.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 06.12-04А3.410

Firth, Andrew E.
Detecting overlapping coding sequences with pairwise alignments [Text] / Andrew E. Firth, Chris M. Brown // Bioinformatics. - 2005. - Vol. 21, N 3. - P282-292 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: Определение перекрывающихся кодирующих последовательностей путем попарного выравнивания
Аннотация: Определение перекрывающихся кодирующих последовательностей (CDSs) вирусов в более сложных геномах связано с рядом трудностей. Исследовано несколько статистических подходов для определения последовательностей двойного кодирования путем попарного выравнивания с использованием нового метода максимального сходства. Разработана модель эволюции последовательностей двойного кодирования, а также несколько алгоритмов для нахождения перекрывающихся CDSs. Алгоритмы проверены на нескольких моделях. Программу можно получить от авторов по адресу: chris.brown@otago.ac.nz. Библ. 18

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ГЕНОМ
ВИРУСНЫЕ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ПЕРЕКРЫВАЮЩИЕСЯ
ВЫРАВНИВАНИЕ

Доп.точки доступа:
Brown, Chris M.

16.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 07.01-04Б1.3

Firth, Andrew E.
Detecting overlapping coding sequences with pairwise alignments [Text] / Andrew E. Firth, Chris M. Brown // Bioinformatics. - 2005. - Vol. 21, N 3. - P282-292 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: Определение перекрывающихся кодирующих последовательностей путем попарного выравнивания
Аннотация: Определение перекрывающихся кодирующих последовательностей (CDSs) вирусов в более сложных геномах связано с рядом трудностей. Исследовано несколько статистических подходов для определения последовательностей двойного кодирования путем попарного выравнивания с использованием нового метода максимального сходства. Разработана модель эволюции последовательностей двойного кодирования, а также несколько алгоритмов для нахождения перекрывающихся CDSs. Алгоритмы проверены на нескольких моделях. Программу можно получить от авторов по адресу: chris.brown@otago.ac.nz. Библ. 18

ГРНТИ	34.25.05

ВИНИТИ 341.25.05.07
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ГЕНОМ
ВИРУСНЫЕ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ПЕРЕКРЫВАЮЩИЕСЯ
ВЫРАВНИВАНИЕ

Доп.точки доступа:
Brown, Chris M.

17.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI05) 08.06-04И8.117

Изучение клонированных и секвенированных последовательностей, кодирующих bone morphogenetic protein-15 свиней [Text] / Zhen-ping Hou [et al.] // Guangxi nongye shengwu kexue = J. Guangxi Agr. and Biol. Sci. - 2006. - Vol. 25, N 2. - С. 91-95 . - ISSN 1008-3464
Аннотация: Получены полные кодирующие последовательности BMP15 свиней, включая экзон 1 и 2. Сравнение кодирующих последовательностей BMP15 свиней крупной белой породы и породы Meishan выявило новый SNP в области экзона 2. SNP находился в точке 390-го нуклеотида кодирующей последовательности. В этой точке у свиней крупной белой породы находился нуклеотид T, а у свиней Meishan A. SNP вызывал изменение сайта рестрикционной эндонуклеазы Spe 1. КНР [ZHANG Ping], Inst. Of Subtropical Agricul., the Chinese Acad. Of Sci., Changsha 410125. Библ. 15

ГРНТИ	34.23.59

ВИНИТИ 341.23.59.02.07
Рубрики: ВАРИАНЫ ГЕНА BMP15
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
НОВЫЙ SNP ЭКЗОНА 2
СВИНЬИ
МЕЖПОРОДНЫЕ РАЗЛИЧИЯ

Доп.точки доступа:
Hou, Zhen-ping; Yin, Yu-long; Huang, Rui-lin; Li, Tie-jun; Zhang, Ping

18.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI07) 10.06-04А1.64

Relative rates of evolution in the coding and control regions of African mtDNAs [Text] / Neil Howell [et al.] // Mol. Biol. and Evol. - 2007. - Vol. 24, N 10. - P2213-2221 . - ISSN 0737-4038
Перевод заглавия: Относительные скорости эволюции в кодирующих и контрольных образцах мтДНК африканцев

ГРНТИ	34.03.17

ВИНИТИ 341.03.17.27.02
Рубрики: ЭВОЛЮЦИЯ
ОТНОСИТЕЛЬНАЯ СКОРОСТЬ
ДНК МИТОХОНДРИАЛЬНАЯ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ЧЕЛОВЕК
АФРИКАНЦЫ

Доп.точки доступа:
Howell, Neil; Elson, Joanna L.; Howell, Corinna; Turnbull, Douglass M.

19.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 10.07-04Б1.70

Кодирующие нуклеотидные последовательности штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированных из крови людей без клинических проявлений инфекции [Текст] / С. И. Беликов [и др.] // Генетика. - 2010. - Т. 46, N 3. - С. 356-363 . - ISSN 0016-6758
Аннотация: Охарактеризованы геномы четырех штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированных из крови людей после укусу клеща и не вызвавших клинических проявлений инфекции. При анализе транслированных полипротеинов выявлена 21 аминокислотная позиция, характерная для этой группы штаммов и отличающаяся от других ранее изученных штаммов вируса клещевого энцефалита дальневосточного субтипа. Только три мутации приводят к существенным изменениям аминокислот, которые, вероятно, могут влиять на тяжесть течения инфекционного процесса. Высказано предположение о том, что две сочетанные мутации, делеция 111-й аминокислоты в капсидном белке С и замена (Ser1534'-'Phe) в белке NS3, оказывают влияние на строго согласованный ход процессинга полипротеина, нарушая правильное формирование вирусных частиц, что может приводить к образованию дефектных вирусных частиц, не содержащих РНК. Мутация в неструктурном белке NS1 (Ser917'-'Gly) приводит к замене гидрофильной аминокислоты, характерной для высоковирулентных штаммов, на гидрофобную, что может оказывать влияние на эффективность работы репликативного комплекса вируса и отражаться на инфекционности штаммов вируса клещевого энцефалита. Россия, Лимнологический ин-т СО РАН, Иркутск. Библ. 40

ГРНТИ	34.25.29

ВИНИТИ 341.25.29.17.28
Рубрики: ФЛАВИВИРУСЫ
ВИРУС КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
ШТАММЫ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

Доп.точки доступа:
Беликов, С.И.; Леонова, Г.Н.; Кондратов, И.Г.; Романова, Е.В.; Павленко, Е.В.

20.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 10.10-04Б1.19

Бабкин, И. В.
Изучение кодирующих последовательностей вариабельных районов генома вируса натуральной оспы [Текст] / И. В. Бабкин, И. Н. Бабкина // Вопр. вирусол. - 2010. - Т. 55, N 2. - С. 17-22 . - ISSN 0507-4088
Аннотация: Выполнен поиск потенциальных ОРТ в концевых вариабельных протяженных районах генома ВНО. Проведен детальный структурно-функциональный анализ этих рамок и их сравнение как между собой, так и с гомологичными ОРТ различных ортопоксвирусов. Выявлены наиболее консервативные и гетерогенные среди изученных ОРТ 70 штаммов ВНО. У штаммов Helder и Mary Российской коллекции впервые открыта уникальная для ВНО ОРТ длиной 111 а.к. Кроме того, только у штамма Helder OPT D14L распадается на две отдельные рамки трансляции. Обнаружен ряд неточностей в современных базах данных для ОРТ ВНО. Установлено, что доминирующим типом селекции для анализируемых ОРТ является стабилизирующий отбор. Определено, что ОРТ C3L BHO находится под адаптивной селекцией в отличие от ортологов, представленных в геноме других поксвирусов. Данный факт свидетельствует о важной роли этого гена при адаптации ВНО к человеку. Россия, Ин-т цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск. Библ. 16

ГРНТИ	34.25.17

ВИНИТИ 341.25.17.09.07
Рубрики: ПОКСВИРУСЫ
ВИРУС НАТУРАЛЬНОЙ ОСПЫ
ГЕНОМЫ
ВАРИАБЕЛЬНЫЕ РАЙОНЫ
КОДИРУЮЩИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ

Доп.точки доступа:
Бабкина, И.Н.

1-20 21-25

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска