Главная Назад


Авторизация
Идентификатор пользователя / читателя
Пароль (для удалённых пользователей)
 

Вид поиска
Область поиска
Найдено в других БД
Формат представления найденных документов:
библиографическое описаниекраткийполный
Отсортировать найденные документы по:
авторузаглавиюгоду изданиятипу документа
Поисковый запрос: (<.>A=Bujnicki, Janusz$<.>)
Общее количество найденных документов : 12
Показаны документы с 1 по 12
1.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 02.04-04Б2.175

    Bujnicki, Janusz M.
    Phylogeny of the restriction endonuclease-like superfamily inferred from comparison of protein structures [Text] / Janusz M. Bujnicki // J. Mol. Evol. - 2000. - Vol. 50, N 1. - P39-44 . - ISSN 0022-2844
Перевод заглавия: Филогения похожего на рестрикционные эндонуклеазы суперсемейства, выведенная из сравнения белковых структур
Аннотация: Предыдущие попытки установить филогенетич. взаимоотношения среди рестрикционных эндонуклеаз (I) методом множественного выравнивания последовательностей оказались неудовлетворительными из-за очень сильной дивергенции I. Впервые построено филогенетич. древо суперсемейства похожих на I белков, основанное на количественном сравнении атомных координат в цепи главных валентностей структурно охарактеризованных белков. Показано, что от общего предка вначале дивергировала экзонуклеаза 'лямбда', а затем, ответвились два "эндонуклеолитич. семейства", одно из к-рых разрезает ДНК с образованием тупых концов, а второе - с образованием 5'-выступов длиной 4 н. США, Mol. Biol. Res. Program, Henri Ford Hlth. System, Detroit, MI 48202. Библ. 34
ГРНТИ  
34.27.21
ВИНИТИ 341.27.21.09.02
Рубрики: РЕСТРИКЦИОННЫЕ ЭНДОНУКЛЕАЗЫ
СХОДСТВО
БЕЛКИ
БЕЛКОВЫЕ СТРУКТУРЫ
ФИЛОГЕНИЯ
СПЕЦИФИЧНОСТЬ ДЕЙСТВИЯ

2.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 02.08-04А3.855

   
    Structure prediction meta server [Text] / Janusz M. Bujnicki [et al.] // Bioinformatics. - 2001. - Vol. 17, N 8. - P750-751 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: Мета-сервер предсказания структуры
Аннотация: Structure Prediction Meta Server представляет биологам удобный способ использования имеющихся в мире высококачественных серверов предсказания структуры белков. Мета-сервер переводит в единый формат результаты, полученные на удаленных серверах, а затем приводит критически оцененные результаты из удаленного консенсуального сервера Pcons. Мета-сервер доступен по адресу: http://Bioinfo.PL/meta/. Польша, Bioinformatics Lab., BioinfoBank Inst., 60-744 Poznan. Библ. 15
ГРНТИ  
34.05.25
ВИНИТИ 341.05.25.15.17
Рубрики: БЕЛОК
СТРУКТУРА
ПРЕДСКАЗАНИЕ
МЕТА-СЕРВЕР
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ

Доп.точки доступа:
Bujnicki, Janusz M.; Elofsson, Arne; Fischer, Daniel; Rychlewski, Leszek

3.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 03.08-04А3.594

    Bujnicki, Janusz.
    Fold-recognition detects an error in the Protein Data Bank [Text] / Janusz Bujnicki, Leszek Rychlewski, Daniel Fischer // Bioinformatics. - 2002. - Vol. 18, N 10. - P1391-1395 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: При распознавании типа укладки обнаружена ошибка в Банке Белковых Данных
Аннотация: Определение атомной трехмерной структуры белков методами рентгенокристаллографии сводится к подгонке аминокислотной последовательности белка к карте электронной плотности. При недостаточном разрешении эта подгонка может приводить к ошибкам. Такого рода ошибка была обнаружена при применении методов распознавания типа укладки (пакет программ сервера LiveBench) к кристаллической структуре цепи М рибосомного белка L18 D. radiodurans (код в PDB lkc9). В связи с этим авторы считают, что в случаях недостаточно высокого разрешения методы определения типа укладки могут быть полезны для проверки и уточнения пространственных структур, определяемых кристаллографически. Израиль, Dep. Computer Sci., Ben Gurion Univ., Beer-Sheva 84015. Библ. 16
ГРНТИ  
34.05.25
ВИНИТИ 341.05.25.15.17
Рубрики: БЕЛОК
УКЛАДКА
БАНКИ ДАННЫХ ПО БЕЛКАМ
ОШИБКИ

Доп.точки доступа:
Rychlewski, Leszek; Fischer, Daniel

4.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.03-04А3.432

    Kurowski, Michal A.
    GeneSilico protein structure prediction meta-server [Text] / Michal A. Kurowski, Janusz M. Bujnicki // Nucl. Acids Res. - 2003. - Vol. 31, N 13. - P3305-3307 . - ISSN 0305-1048
Перевод заглавия: GeneSilico - мета-сервер для предсказания структуры белков
Аннотация: Тщательное предсказание структуры белков позволяет идентифицировать отдаленное сходство между белками. Использование уточненных множественных сопоставлений последовательностей может значительно повысить точность предсказания, а сочетание разных методов позволяет создать консенсусную модель белка. Разработан новый мета-сервер GeneSilico (http://genesilico.pl/meta) для предсказания структуры белка, сочетающий полезные возможности имеющихся серверов и обладающий повышенной гибкостью общения с пользователем. На основании вводимых пользователем последовательностей или их множественных сопоставлений набор методов предсказывает вторичную и третичную структуру белка. Результаты распознавания укладки преобразуются в полные атомные трехмерные структуры. Использование нескольких методов позволяет получить консенсусную модель белка. Польша, Bioinformatics Lab., Int. Inst. Mol. & Cell Biol., Warszawa. Библ. 28
ГРНТИ  
34.05.25
ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: БЕЛОК
АМИНОКИСЛОТНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
МНОЖЕСТВЕННЫЕ СОПОСТАВЛЕНИЯ
ВТОРИЧНАЯ/ТРЕТИЧНАЯ СТРУКТУРА
ПРЕДСКАЗАНИЕ
КОНСЕНСУСНАЯ МОДЕЛЬ
МЕТА-СЕРВЕР GENESILICO
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ

Доп.точки доступа:
Bujnicki, Janusz M.

5.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 04.06-04Б2.181

   
    The yJgH gene of Escherichia coli encodes a tRNA (m{7}G46) methyltransferase [Text] / Bie Lara G. S. De [et al.] // J. Bacteriol. - 2003. - Vol. 185, N 10. - P3238-3243 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Ген yggH Escherichia coli кодирует тРНК(m{7}G46) метилтрансферазу
Аннотация: Клонировали, обеспечивали продукцию и очищали белок yggH из Escherichia coli. Показали, что он катализирует S-аденозилметионинзависимое образование N{7}-метилгуанозина в положении 46 (m{7}G46) в тРНК. Кроме того сконструировали штамм E. coli с разрушенным геном yggH и показали, что в мутантном штамме отсутствует (m{7}G46) метилтрансферазная активность. Бельгия, Lab. de Micribiologie, Univ. Libre de Bruxelles, and Inst. de Recherches Microbiologiques Jean-Marie Wiame, B-1070 Brussels. Библ. 18
ГРНТИ  
34.27.21
ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: ГЕНЫ
ГЕН ТРНК (M{7}G46) МЕТИЛТРАНСФЕРАЗЫ YGGH
КЛОНИРОВАНИЕ
КОДИРОВАНИЕ
РНК ТРАНСПОРТНАЯ
ТРНК (M{7}G46)
ОБРАЗОВАНИЕ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)

Доп.точки доступа:
De, Bie Lara G.S.; Roovers, Martine; Oudjama, Yamina; Wattiez, Ruddy; Tricot, Catherine; Stalon, Victor; Droogmans, Louis; Bujnicki, Janusz M.

6.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 05.10-04Б2.225

   
    Characterization of new DsbB-like thiol-oxidoreductases of Campylobacter jejuni and Helicobacter pylori and classification of the DsbB family based on phylogenomic, structural and functional criteria [Text] / Anna M. Raczko [et al.] // Microbiology. - 2005. - Vol. 151, N 1. - P219-231 . - ISSN 1350-0872
Перевод заглавия: Характеристика новых DsbB-подобных тиолоксидоредуктаз Campylobacter jejuni и Helicobacter pylori и классификация DsbB семейства на основе филогенетических, структурных и функциональных критериев
Аннотация: Идентифицировали новое подсемейство дисульфид-оксидоредуктаз, кодируемые геном dsbI, и охарактеризовали соответствующие белки из Campylobacter jejuni и Helicobacter pylori. Результаты серии делеционных и комплементационных экспериментов привели к выводу о том, что DsbB может комплементировать утрату DsbI. В присутствии DsbB активность DsbI не определялась. Анализ гомологичных последовательностей из базы данных помог идентифицировать дополнительные трансмембранные спирали и миграцию второй пары Cys-остатков между двумя периплазматическими петлями. Этот анализ позволил получить первую классификацию семейства DsbB/DsbI на основе структурных, функциональных и эволюционных критериев. Польша, Dep. of Bacterial Genetics, Inst. of Microbiol., Warsaw Univ., Miecznikowa 1, 02-096 Warsaw. Библ. 34
ГРНТИ  
34.27.21
ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: ФЕРМЕНТЫ
ТИОЛОКСИДОРЕДУКТАЗЫ DSBB
СИНТЕЗ
СТРУКТУРА
ГЕНЫ
ГЕНЫ ТИОЛОКСИДОРЕДУКТАЗ DSBB
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
ХАРАКТЕРИСТИКА
CAMPYLOBACTER JEJUNI (BACT.)

Доп.точки доступа:
Raczko, Anna M.; Bujnicki, Janusz M.; Pawlowski, Marcin; Godlewska, Renata; Lewandowska, Magdalena; Jagusztyn-Krynicka, Elzbieta K.

7.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 05.10-04Б4.40

   
    Characterization of new DsbB-like thiol-oxidoreductases of Campylobacter jejuni and Helicobacter pylori and classification of the DsbB family based on phylogenomic, structural and functional criteria [Text] / Anna M. Raczko [et al.] // Microbiology. - 2005. - Vol. 151, N 1. - P219-231 . - ISSN 1350-0872
Перевод заглавия: Характеристика новых DsbB-подобных тиолоксидоредуктаз Campylobacter jejuni и Helicobacter pylori и классификация DsbB семейства на основе филогенетических, структурных и функциональных критериев
Аннотация: Идентифицировали новое подсемейство дисульфид-оксидоредуктаз, кодируемые геном dsbI, и охарактеризовали соответствующие белки из Campylobacter jejuni и Helicobacter pylori. Результаты серии делеционных и комплементационных экспериментов привели к выводу о том, что DsbB может комплементировать утрату DsbI. В присутствии DsbB активность DsbI не определялась. Анализ гомологичных последовательностей из базы данных помог идентифицировать дополнительные трансмембранные спирали и миграцию второй пары Cys-остатков между двумя периплазматическими петлями. Этот анализ позволил получить первую классификацию семейства DsbB/DsbI на основе структурных, функциональных и эволюционных критериев. Польша, Dep. of Bacterial Genetics, Inst. of Microbiol., Warsaw Univ., Miecznikowa 1, 02-096 Warsaw. Библ. 34
ГРНТИ  
34.27.29
ВИНИТИ 341.27.29.07.09
Рубрики: ФЕРМЕНТЫ
ТИОЛОКСИДОРЕДУКТАЗЫ DSBB
СИНТЕЗ
СТРУКТУРА
ГЕНЫ
ГЕНЫ ТИОЛОКСИДОРЕДУКТАЗ DSBB
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
ХАРАКТЕРИСТИКА
CAMPYLOBACTER JEJUNI (BACT.)

Доп.точки доступа:
Raczko, Anna M.; Bujnicki, Janusz M.; Pawlowski, Marcin; Godlewska, Renata; Lewandowska, Magdalena; Jagusztyn-Krynicka, Elzbieta K.

8.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI49) 05.12-04Я6.130

   
    Structural and functional characterization of mitochondrial EndoG, a sugar non-specific nuclease which plays an important role during apoptosis [Text] / Patrick Schafer [et al.] // J. Mol. Biol. - 2004. - Vol. 338, N 2. - P217-228 . - ISSN 0022-2836
Перевод заглавия: Структурные и функциональные свойства митохондриальной сахаронеспецифической нуклеазы EndoG, играющей важную роль в ходе апоптоза
Аннотация: Структурный и функциональный анализ митохондриальной эндонуклеазы G (EndoG) быка показал, что фермент имеет структуру и механизм действия, сходные с нуклеазой Serratia marcescens. Идентифицированы два остатка Arg135 и Arg186, участвующие в связывании с ферментом ДНК или РНК и консервативные только у нуклеаз млекопитающих. Такая неспецифичность нуклеазы к ДНК/РНК (т. е. к дезоксирибозе/рибозе) предполагает сходный характер связывания фермента с 1- и 2-нитевыми субстратными нуклеиновыми кислотами. Экспрессия внемитохондриальной активной формы EndoG в клетках HeLa и CV1 приводит, в отличие от экспрессии митохондриальной или внемитохондриальной неактивной формы, к гибели 40% клеток. Германия, Inst. Biochem., Justus-Liebig-Univ., D-35392 Giessen. Библ. 44
ГРНТИ  
34.19.19
ВИНИТИ 341.19.19.23
Рубрики: ЭНДОНУКЛЕАЗА G
СТРУКТУРНЫЙ АНАЛИЗ
ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ СВОЙСТВА
СВЯЗЫВАНИЕ ДНК/РНК
ОСТАТКИ ARG135 И ARG186
РОЛЬ
МИТОХОНДРИИ
КРС

Доп.точки доступа:
Schafer, Patrick; Scholz, Sebastian R.; Gimadutdinow, Oleg; Cymerman, Iwona A.; Bujnicki, Janusz M.; Ruiz-Carrillo, Adolf; Pingoud, Alfred; Meiss, Gregor

9.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 07.09-04Б4.89

   
    Binding of the low-density lipoprotein by streptococcal collagen-like protein ScI1 of Streptococcus pyogenes [Text] / Runlin Han [et al.] // Mol. Microbiol. - 2006. - Vol. 61, N 2. - P351-367 . - ISSN 0950-382X
Перевод заглавия: Связывание липопротеина низкой плотности стрептококковым коллагеноподобным белком Scl1 Streptococcus pyogenes
Аннотация: Стрептококки группы A (GAS) содержат поверхностно-клеточные коллагеноподобные белки Scl1 и Scl2. Используя рекомбинантные молекулы Scl, с помощью аффинной хроматографии выявляли лиганды Scl, присутствующие в плазме крови человека. Белки Scl1 (но не Scl2) разны GAS серотипов связывали молекулу-лиганд, идентифицированную как аполипопротеин B (АроB100) - главный компонент липопротеинов низкой плотности (ЛПНП). Связывание Scl1 с очищенным АроB100 и ЛПНП было специфичным и зависимым от концентрации. За связывание Scl1 с ЛПНП/АроB100 отвечала не коллагеноподобная V-область белка Scl1; антитела, направленные против этой области молекулы Scl1, ингибировали связывание с указанными лигандами. Живые клетки GAS типа М28 адсорбировали на своей поверхности ЛПНП плазмы крови, что зависело от экспрессии на бактериальных клетках молекул Scl1, но не Scl2. США, West Virginia Univ. Sch. Med., WV 26506 Morgantown. Библ. 61
ГРНТИ  
34.27.29
ВИНИТИ 341.27.29.07.19.11
Рубрики: СТРЕПТОКОККИ
ГРУППА A
БЕЛОК
КОЛЛАГЕНОПОДОБНЫЙ БЕЛОК SCL1
ЛИПОПРОТЕИНЫ НИЗКОЙ ПЛОТНОСТИ
СВЯЗЫВАНИЕ
МЕХАНИЗМ
ПЛАЗМА КРОВИ
ЧЕЛОВЕК

Доп.точки доступа:
Han, Runlin; Caswell, Clayton C.; Lukomska, Ewa; Keene, Douglas R.; Pawlowski, Marcin; Bujnicki, Janusz M.; Kim, Jiyeun K.; Lukomski, Slawomir

10.
РЖ ВИНИТИ 34 (BI49) 10.05-04М1.135

   
    IAPs contain an evolutionarily conserved ubiquitin-binding domain that regulates NF-'каппа'B as well as well as cell survival and oncogenesis [Text] / Mads Gyrd-Hansen [et al.] // Nature Cell Biol. - 2008. - Vol. 10, N 11. - P1309-1317 . - ISSN 1465-7392
Перевод заглавия: Ингибиторы апоптоза IAP содержат эволюционно-консервативный убиквитинсвязывающий домен UBA, регулирующий NF-'каппа'B, а также жизнеспособность клеток и онкогенез
Аннотация: Идентифицировали UBA, благодаря которому IAP способны связывать Lys63-присоединенный полиубиквитин. UBA необходим для онкогенности cIAP1 благодаря поддержке жизнеспособности эндотелиоцитов и защите клеток от вызванного фактором 'альфа' некроза опухоли апоптоза. UBA также необходим для активации NF-'каппа'B. Показали участие белков IAP в опосредуемых убиквитином жизнеспособности клеток, NF-'каппа'B-сигнализации и онкогенезе. Великобритания, Chester Beatty Labs, London SW3 6JB. E-mail: pmeier@icr.ac.uk. Библ. 40
ГРНТИ  
34.19.19
ВИНИТИ 341.19.19.23
Рубрики: АПОПТОЗ
ИНГИБИТОРЫ АПОПТОЗА
СИГНАЛЬНЫЕ МОЛЕКУЛЫ
ОНКОГЕНЕЗ

Доп.точки доступа:
Gyrd-Hansen, Mads; Darding, Maurice; Miasari, Maria; Santoro, Massimo M.; Zender, Lars; Xue, Wen; Tenev, Tencho; da, Fonseca Paula C.A.; Zvelebil, Marketa; Bujnicki, Janusz M.; Lowe, Scott; Silke, John; Meier, Pascal

11.
РЖ ВИНИТИ 76 (BI29) 11.02-04Н1.33

   
    IAPs contain an evolutionarily conserved ubiquitin-binding domain that regulates NF-'каппа'B as well as well as cell survival and oncogenesis [Text] / Mads Gyrd-Hansen [et al.] // Nature Cell Biol. - 2008. - Vol. 10, N 11. - P1309-1317 . - ISSN 1465-7392
Перевод заглавия: Ингибиторы апоптоза IAP содержат эволюционно-консервативный убиквитинсвязывающий домен UBA, регулирующий NF-'каппа'B, а также жизнеспособность клеток и онкогенез
Аннотация: Идентифицировали UBA, благодаря которому IAP способны связывать Lys63-присоединенный полиубиквитин. UBA необходим для онкогенности cIAP1 благодаря поддержке жизнеспособности эндотелиоцитов и защите клеток от вызванного фактором 'альфа' некроза опухоли апоптоза. UBA также необходим для активации NF-'каппа'B. Показали участие белков IAP в опосредуемых убиквитином жизнеспособности клеток, NF-'каппа'B-сигнализации и онкогенезе. Великобритания, Chester Beatty Labs, London SW3 6JB. E-mail: pmeier@icr.ac.uk. Библ. 40
ГРНТИ  
76.29.49
ВИНИТИ 761.29.49.03.25.17
Рубрики: АПОПТОЗ
ИНГИБИТОРЫ АПОПТОЗА
СИГНАЛЬНЫЕ МОЛЕКУЛЫ
ОНКОГЕНЕЗ

Доп.точки доступа:
Gyrd-Hansen, Mads; Darding, Maurice; Miasari, Maria; Santoro, Massimo M.; Zender, Lars; Xue, Wen; Tenev, Tencho; da, Fonseca Paula C.A.; Zvelebil, Marketa; Bujnicki, Janusz M.; Lowe, Scott; Silke, John; Meier, Pascal

12.
РЖ ВИНИТИ 76 (BI29) 13.02-04Н1.86

   
    Identification of Lynch syndrome mutations in the MLH1-PMS2 interface that disturb dimerization and mismatch repair [Text] / Jan Kosinski [et al.] // Hum. Mutat. - 2010. - Vol. 31, N 8. - P975-982 . - ISSN 1059-7794
Перевод заглавия: Идентификация мутаций при синдроме Линча MLH1-PMS2, которые нарушают димеризацию и ген коррекции неспаренных оснований
Аннотация: Бессмысленные изменения гена коррекции неспаренных оснований MLH1 были идентифицированы у достоверной части больных, подозреваемых на присутствие наследственного синдрома Линча. Патогенность большинства этих изменений, однако, не совсем ясна. Ряд изменений MLH1 локализованы в С-концевом домене (СКД) MLH1, к-рый ответственен за димеризацию (Дм) с PMS2. Авторы проанализировали, какие изменения могли приводить к патогенетическому эффекту, вследствие интерференции с Дм. Они использовали структурную модель гетеродимера СКД, MLH1-PMS2, для отбора 19 изменений MLH1, локализованных на границе раздела двух кандидатов Дм MLH1-СКД. Три изменения (p.Gln542Leu, p.Leu749Pro, p.Tyr750X) вызывали пониженную совместную экспрессию PMS2, к-рая остается нестабильной при отсутствии взаимодействия с MLH1, предполагая, что эти изменения вмешавались в Дм. Все три изменения были локализованы в пределах границы раздела Дм, предлагаемой авторами модели. Германия, Medizinische Klinik 1, Biomedizinisches Forschungslabor, Haus 11, Theodor-Stern-Kai 7, Johann Wolfgang Goethe-Universitat Frankfurt, D-60590 Frankfurt. E-mail:plotz@med.unifrakfurt.de
ГРНТИ  
76.29.49
ВИНИТИ 761.29.49.03.19
Рубрики: ЛИНЧА СИНДРОМ
ГЕНЫ
MLH1
PMS2
МУТАЦИИ
ЧЕЛОВЕК

Доп.точки доступа:
Kosinski, Jan; Hinrichsen, Inga; Bujnicki, Janusz M.; Friedhoff, Peter; Plotz, Guido
 
Описание базы
Стандартный
По словарю
Расширенный
Профессиональный
Распределенный
ГРНТИ



"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"
© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)