СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Arkin, Adam$<.>)

Общее количество найденных документов : 9
Показаны документы с 1 по 9

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 95.12-04А3.222

Arkin, Adam.
Computational functions in biochemical reaction networks [Text] / Adam Arkin, John Ross // Biophys. J. - 1994. - Vol. 67, N 2. - P560-578 . - ISSN 0006-3495
Перевод заглавия: Расчет функций биохимических реакционных сетей
Аннотация: In prior work we demonstrated the implementation of logic gates, sequential computers (universal Turing machines), and parallel computers by means of the kinetics of chemical reaction mechanisms. In the present article we develop this subject further by first investigating the computational properties of several enzymatic (single and multiple) reaction mechanisms: we show their steady states are analogous to either Boolean or fuzzy logic gates. Nearly perfect digital function is obtained only in the regime in which the enzymes are saturated with their substrates. With these enzymatic gates, we construct combinational chemical networks that execute a given truth-table. The dynamic range of a network's output is strongly affected by "input/output matching" conditions among the internal gate elements. We find a simple mechanism, similar to the interconversion of fructose-6-phosphate between its two bisphosphate forms (fructose-1,6-bisphosphate and fructose-2,6-bisphosphate), that functions analogously to an AND gate. When the simple model is supplanted with one in which the enzyme rate laws are derived from experimental data, the steady state of the mechanism functions as an asymmetric fuzzy aggregation operator with properties to a fuzzy AND gate. The qualitative behavior of the mechanism does not change when situated within a large model of glycolysis/gluconeogenesis and the TCA cycle. The mechanism, in this case, switches the pathway's mode from glycolysis to gluconeogenesis in response to chemical signals of low blood glucose (cAMP) and abundant fuel for the TCA cycle (acetyl coenzyme A). США, Dep. Chem., Sch. Med., Stanford Univ., Stanford, CA 94305. Библ. 42

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.09.99
Рубрики: БИОХИМИЧЕСКИЕ СИСТЕМЫ
РАСЧЕТ ФУНКЦИЙ РЕАКЦИОННЫХ СЕТЕЙ

Доп.точки доступа:
Ross, John

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 99.07-04Б2.182

Arkin, Adam.
Stochastic kinetic analysis of developmental pathway bifurcation in phage 'лямбда'-infected Escherichia coli cells [Text] / Adam Arkin, John Ross, Harley H. McAdams // Genetics. - 1998. - Vol. 149, N 4. - P1633-1648 . - ISSN 0016-6731
Перевод заглавия: Стохастический кинетический анализ разветвления пути развития в зараженных фагом 'лямбда' клетках Escherichia coli
Аннотация: Флуктуации скоростей экспрессии генов могут нарушить временную картину продукции белка в индивидуальных клетках и вызвать значительные различия конц-ий белков в клеточных популяциях. Если два независимо продуцируемых белка, действующих в низких конц-иях, конкурентно контролируют точку переключения пути, стохастич. вариации их конц-ий могут привести к вероятностному выбору пути, так что популяция клеток, однородная вначале, может разбиться на разные фенотипич. субпопуляции. Такое сопряжение между флуктуациями на молекулярном уровне и селекцией макроскопич. фенотипа подвергнуто анализу с использованием в кач-ве модельной системы цепи решения лизис - лизогения у фага 'лямбда'. Доля зараженных фагом клеток, к-рые выбрали лизогенный путь при разных отношениях фаг:клетка, предсказанные на основе стохастич. кинетич. модели генетич. регуляторной цепи, согласуются с экспериментальными данными. Кинетич. модель цепи решения использует стохастич. формулировку химич. кинетики, стохастич. механизмы экспрессии генов и стохастич. термодинамич. модель регуляции промотора. Обычная детерминистич. кинетика не может быть использована для предсказания статистики регуляторных систем с вероятностными исходами. Для предсказания статистики регуляторных исходов в таких статистически регулируемых системах должен использоваться стохастич. кинетич. анализ. США, Dep. Devel. Biol., Stanford Univ., Stanford, CA 94305. Библ. 76

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.02
Рубрики: РАЗВИТИЕ
ПУТИ
РАЗВЕТВЛЕНИЕ
СТОХАСТИЧЕСКИЙ КИНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)
ЗАРАЖЕННЫЕ 'ЛЯМБДА' ФАГОМ
МОДЕЛИ

Доп.точки доступа:
Ross, John; McAdams, Harley H.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 03.08-04Б2.272

McAdams, Harley H.
Gene regulation: Towards a circuit engineering discipline [Text] / Harley H. McAdams, Adam Arkin // Curr. Biol. - 2000. - Vol. 10, N 8. - P315-320 . - ISSN 0960-9822
Перевод заглавия: К [новой] дисциплине - инженерии цепей
Аннотация: Обзор. В настоящее время можно конструировать генетич. цепи, к-рые выполняют умеренно сложные генетич. ф-ции или проявляют предсказуемое динамич. поведение. Эти методы "прямой инженерии" в сочетании с методами направленной эволюции позволяют добиться устойчивости, сравнимой с устойчивостью природных генетич. цепей. США, Dep. Devel. Biol., Sch. Med., Stanford Univ., Stanford; CA 94305. Библ. 13

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.23
Рубрики: ПОПУЛЯЦИИ
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЦЕПИ
КОНСТРУИРОВАНИЕ
ФУНКЦИИ
ПРЕДСКАЗУЕМОЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ПОВЕДЕНИЕ
НАПРАВЛЕННАЯ ЭВОЛЮЦИЯ
УСТОЙЧИВОСТЬ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)

Доп.точки доступа:
Arkin, Adam

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 07.01-04А3.627

A latent variable model for chemogenomic profiling [Text] / Patrick Flaherty [et al.] // Bioinformatics. - 2005. - Vol. 21, N 15. - P3286-3293 . - ISSN 1367-4803
Перевод заглавия: Скрытая переменная модель для хемогеномного профилирования
Аннотация: Разработана общая вероятностная модель, которая разделяет на кластеры гены и эксперименты без требования, что данный ген или лекарство появляются только в одном кластере. Модель также включает функциональные примечания для известных генов с целью направления процедуры кластерирования. Модель применена для кластерирования 79 хемогеномных экспериментов у дрожжей. Показано, что эта модель применима для суммирования взаимосвязи обработки лекарствами и генами, на которые действуют эти лекарства, в связи с микрочиповым профилированием. Информация доступна на сайте: http://genomics.lbl.gov/llda. США, Dep. Electrical Eng. and Computer Sci., Univ. California, Berkeley, CA 94720. Библ. 48

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ГЕНЫ
КЛАСТЕРИРОВАНИЕ
ЛЕКАРСТВА
ВОЗДЕЙСТВИЕ
ДРОЖЖИ

Доп.точки доступа:
Flaherty, Patrick; Giaever, Guri; Kumm, Jochen; Jordan, Michael I.; Arkin, Adam P.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI39) 07.05-04К1.170

Stochastic gene expression in a lentiviral positive-feedback loop: HIV-1 Tat fluctuations drive phenotypic diversity [Text] / Leor S. Weinberger [et al.] // Cell. - 2005. - Vol. 122, N 2. - P169-182 . - ISSN 0092-8674
Перевод заглавия: Стохастическая экспрессия генов в позитивной по лентивирусу петле обратной связи: флуктуации Tat ВИЧ-1 запускают фенотипическое разнообразие

ГРНТИ	34.43.41

ВИНИТИ 341.43.41.13.05.09
Рубрики: ВИРУС ИММУНОДЕФИЦИТА ЧЕЛОВЕКА
ТИП 1
ГЕН TAT
ТРАНС-АКТИВАЦИЯ
ВЕКТОРНАЯ МОДЕЛЬ

Доп.точки доступа:
Weinberger, Leor S.; Burnett, John C.; Toettcher, Jared E.; Arkin, Adam P.; Schaffer, David V.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 07.12-04Б2.255

Global transcriptome analysis of the heat shock response of Shewanella oneidensis [Text] / Haichun Gao [et al.] // J. Bacteriol. - 2004. - Vol. 186, N 22. - P7796-7803 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Общий транскриптомный анализ ответа теплового шока Shewanella oneidensis
Аннотация: Исследовали с помощью микрочипов ДНК профили экспрессии генов в клетках Shewanella oneidensis, подвергающихся тепловому стрессу. Показали изменение регуляции у 150 генов (n=4648) в течение 25 минут после теплового шока. Большинство генов были гомологичны чаперонам и белкам теплового шока у других организмов и включали гены, кодирующие энзимы гликолиза, пентозного цикла, сериновые протеазы, транскрипционные регуляторы, гистидинкиназы и гипотетические индуцированные белки. Гены, кодирующие мембранные белки, различно экспрессировались, что свидетельствовало о возможном изменении состава мембран при сдвиге температуры роста. Идентифицировали предполагаемый регуляторный сайт с 'сигма'{32} - связывающей последовательностью выше ряда индуцируемых теплом генов. США, Environmental Sci Division, Oak Ridge National Lab., Oak Ridge, Tennessee. Библ. 28

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.25
Рубрики: УСТОЙЧИВОСТЬ
ТЕПЛОВОЙ ШОК
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ
ГЕНЫ ТЕПЛОВОГО ШОКА
ТРАНСКРИПЦИЯ
КЛЕТОЧНАЯ МЕМБРАНА
СОСТАВ
ИЗМЕНЕНИЯ
SHEWANELLA ONEIDENSIS (BACT.)

Доп.точки доступа:
Gao, Haichun; Wang, Yue; Liu, Xueduan; Yan, Tingfen; Wu, Liyou; Alm, Eric; Arkin, Adam; Thompson, Dorothea K.; Zhou, Jizhong

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 09.11-04Б2.173

Cell wide responses to low-oxygen exposure in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough [Text] / Aindrila Mukhopadhyay [et al.] // J. Bacteriol. - 2007. - Vol. 189, N 16. - P5996-6010 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Ответы клеток на экспозицию с низкими концентрациями кислорода у Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
Аннотация: Установлено, что в присутствии 0,1% O[2] восстанавливающий сульфат анаэроб Desulfovibrio vulgaris Hildenborough замедляет свой рост, но полностью сохраняет жизнеспособность. При этом происходит ожидаемая активация экспрессии регулона (PerR) генов ответа на пероксидный стресс, а также активируется экспрессии трансмембранного тетрагеминового комплекса цитохрома c[3]. Перенос этих организмов в воздушную среду пагубно сказывается на их жизнеспособности и скорости роста и вызывает драматические изменения на транскриптомном и протеомном уровнях, в том числе, отмечается подавление транскрипции генов регулона PerR. Таким образом, если воздушная среда губительна для D. vulgaris, то периодические экспозиции при низких концентрациях кислорода этот организм может переносить без утраты жизнеспособности. США, Virtual Inst. Microbial Stress & Survival, Lawrwence Berkely Nat. Lab., Berkeley, California. Библ. 59

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.25
Рубрики: АНАЭРОБИОЗ
КИСЛОРОД
НИЗКИЕ КОНЦЕНТРАЦИИ
ЖИЗНЕСПОСОБНОСТЬ
ПЕРОКСИДНЫЙ СТРЕСС
РЕГУЛОНЫ
РЕГУЛЯТОР PERR
ЭКСПРЕССИЯ
DESULFOVIBRIO VULGARIS (BACT.)

Доп.точки доступа:
Mukhopadhyay, Aindrila; Redding, Alyssa M.; Joachimiak, Marcin P.; Arkin, Adam P.; Borglin, Sharon E.; Dehal, Paramvir S.; Chakraborty, Romy; Geller, Jil T.; Hazen, Terry C.; He, Qiang; Joyner, Dominique C.; Martin, Vincent J.J.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 12.05-04Б2.182

Comparative genomics of the dormancy regulons in mycobacteria [Text] / Anna Gerasimova [et al.] // J. Bacteriol. - 2011. - Vol. 193, N 14. - P3446-3452 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Сравнительная геномика спящих регулонов в микобактериях
Аннотация: В ответ на стресс клетки Mycobacterium становятся спящими. Этот процесс регулируется транскрипционным фактором DosR. В Mycobacterium tuberculosis спящий регулон хорошо охарактеризован и содержит ген dosR и гены dosS и dosT, кодирующие стрессовые белки. Провели сравнительный геномный анализ, чтобы охарактеризовать регулоны DosR в 9 геномах Mycobacterium, Rhodococcus sp. THA1, Nicardia farcinica и Saccharopolyspora erythraea. Регулоны лабильны, содержат восемь основных групп генов и 10 дополнительных генов с ограниченным таксономическим распределением, многие из которых участвуют в анаэробном дыхании. Самый большой регулон наблюдали в M. marinum и самый маленький - в M. abscessus. Анализ генных семейств, кодирующих универсальные стрессовые белки, нитроредуктазы и диацилглицеролиацилтрансферазы продемонстрировал мозаичное распределение членов, свидетельствующее о частом приобретении и утрате DosR-связывающих сайтов. США, Energy Bioscience Inst. of California, Berkeley, California 94720

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.25
Рубрики: СПЯЩИЕ РЕГУЛОНЫ
РЕГУЛЯЦИЯ
ТРАНСКРИПЦИОННЫЙ ФАКТОР
DOSR
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ
МИКОБАКТЕРИИ
СТРЕСС

Доп.точки доступа:
Gerasimova, Anna; Kazakov, Alexey E.; Arkin, Adam P.; Dubchak, Inna; Gelfand, Miukhail S.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 16.03-04Б2.190

Draft genome sequence of Pelosinus fermentans JBW45, isolated during in situ stimulation for Cr (VI) reduction [Text] / Leon Kara Bowen De [et al.] // J. Bacteriol. - 2012. - Vol. 194, N 19. - P5456-5457 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Черновая геномная последовательность Pelosinus fermentans JBW45, изолированная в процессе стимуляции in situ восстановления Сr (VI)

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: ГЕНОМ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ ЧЕРНОВОЕ
PELOSINUS FERMENTAS (BACT.)
ШТАММ JBW45

Доп.точки доступа:
De, Leon Kara Bowen; Young, Mary Lynn; Camilleri, Laura B.; Brown, Steven D.; Skerker, Jeffrey M.; Deutschbauer, Adam M.; Arkin, Adam P.; Fields, Matthew W.

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска