СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Матушкин, Ю. Г.$<.>)

Общее количество найденных документов : 20
Показаны документы с 1 по 20

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 98.09-04Б1.332

Кузнецов, И. Б.
Сохранение альфа-спиралей в прионовых белках [Текст] / И. Б. Кузнецов, П. С. Морозов, Ю. Г. Матушкин // Генетика. - 1998. - Т. 34, N 2. - С. 183-189 . - ISSN 0016-6758
Аннотация: Прионовые заболевания являются группой нейродегенеративных нарушений, возникающих за счет конформационных изменений прионового белка (PrP), выражающихся в разрушении 'альфа'-спиралей. Проведенный нами филогенетический анализ 32 последовательностей PrP с восстановлением наиболее вероятного эволюционного спектра аминокислотных замен показал, что, хотя по типам эволюции прионовые белки не являются слишком консервативными, в предполагаемых спиральных участках PrP в ходе эволюции происходили консервативные замены, приводящие к появлению аминокислот только с очень близкими физико-химическими параметрами. Применение методов предсказания вторичной структуры белка для анализа полного спектра одноударных аминокислотных замен в последовательности PrP человека показало, что в прионовых белках наблюдается выраженная тенденция к возникновению замен, нарушающих 'альфа'-спиральность. Полученные данные подтверждают предположение о том, что в основе прионовых заболеваний лежит изменение конформации PrP с разрушением 'альфа'-спиралей и образованием 'бета'-структур. Россия, Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск 630090. Библ. 27

ГРНТИ	34.25.29

ВИНИТИ 341.25.29.23
Рубрики: ЭВОЛЮЦИЯ
БЕЛОК
ПРИОНОВЫЙ БЕЛОК
'АЛЬФА'-СПИРАЛЬНОСТЬ
НАРУШЕНИЕ
АМИНОКИСЛОТНЫЕ ЗАМЕНЫ
ВЛИЯНИЕ

Доп.точки доступа:
Морозов, П.С.; Матушкин, Ю.Г.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI26) 01.04-04М4.32

Матушкин, Ю. Г.
Особенности эволюции цитохромов Р450 [Текст] / Ю. Г. Матушкин, И. Н. Морозова, П. С. Морозов // Биофизика. - 1999. - Т. 44, N 4. - С. 624-627 . - ISSN 0006-3029
Аннотация: Для семейства CYP2 сверхсемейства цитохромов Р450 показана специфичность процесса мутирования в зависимости от вида: человека, крысы и мыши. Показано также, что в пределах одного вида (крысы) различные семейства (CYP2 и CYP11) имеют различные мутационные спектры, что свидетельствует о существенной специфичности мутационного процесса для семейств генов цитохромов. Эта же специфичность продемонстрирована для 5 семейств (CYP1, CYP2, CYP6, CYP7, CYP11), в сравнении с глобинами и прионами. Анализ 3 паттернов мутаций: эволюционного, псевдогенов и поврежденных аллелей семейства CYP21 (найденных у б-ных конгенитальной адренальной гиперплазией), не подтверждает широко распространенную гипотезу о переносе посредством генной конверсии мутаций, возникших в псевдогенах, в нормальные аллели гена CYP21. Россия, Ин-т цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск. Библ. 10

ГРНТИ	34.39.41

ВИНИТИ 341.39.41.07.02
Рубрики: ГЕНЫ СЕМЕЙСТВА CYP2
ГЕНЫ СЕМЕЙСТВА CYP6
ГЕНЫ СЕМЕЙСТВА CYP7
ГЕНЫ СЕМЕЙСТВА CYP11
МУТАЦИОННЫЕ СПЕКТРЫ
ГЕН СЕМЕЙСТВА CYP21
ДЕФИЦИТ
МЛЕКОПИТАЮЩИЕ

Доп.точки доступа:
Морозова, И.Н.; Морозов, П.С.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 02.09-04А3.22

Обобщенный химико-кинетический метод моделирования генных сетей [Текст] / В. А. Лихошвай [и др.] // Молекул. биол. - 2001. - Т. 35, N 6. - С. 1072-1079 . - ISSN 0026-8984
Аннотация: Разработка методов математического моделирования биологических систем и создание конкретных моделей являются важным направлением дальнейшего развития биоинформатики. В статье описан обобщенный химико-кинетический метод моделирования, позволяющий гибко и адекватно строить модели разнообразных биосистем. В качестве примеров приведены адекватные математические модели сложных нелинейных генных сетей: системы регуляции биосинтеза холестерина в клетке и дифференциации и созревания эритроцита. Для генной сети системы регуляции холестерина в клетке построены гаплоидная и диплоидная модели. Модели записаны в терминах элементарных процессов - биохимических р-ций. Определены также оптимальные наборы параметров и численно промоделировано поведение генных сетей при различных условиях. Модели позволяют исследовать возможные функциональные состояния указанных генных сетей, рассчитывать последствия мутаций и определять оптимальные пути их коррекции, в том числе терапевтическими методами. Графический интерфейс пользователя для представленных моделей доступен по адресу http://www-mgs.bionet.nsc.ru/systems/MGL/GeneNet/. Россия, Ин-т цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, Новосибирск, 630090. Библ. 15

ГРНТИ	34.03.23

ВИНИТИ 341.03.23.09.09
Рубрики: ГЕННЫЕ СЕТИ
МОДЕЛЬ КОМПЬЮТЕРНАЯ
ХОЛЕСТЕРИН
РЕГУЛЯЦИЯ БИОСИНТЕЗА
ЭУКАРИОТЫ

Доп.точки доступа:
Лихошвай, В.А.; Матушкин, Ю.Г.; Ратушный, А.В.; Ананько, Е.А.; Игнатьева, Е.В.; Подколодная, О.А.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 03.09-04Б1.25

Матушкин, Ю. Г.
О специфичности мутационного процесса в L1- белках вируса папилломы [Текст] / Ю. Г. Матушкин, В. А. Лихошвай // 2 Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Санкт-Петербург, 1-5 февр., 2000. - СПб, 2000. - Т. 2. - С. 200 . - ISBN 5-7997-0179-8
Аннотация: Взяты 88 последовательностей поверхностного белка L1 вируса папилломы (человека, обезьян, быка и пр.). Последовательности выровнены и для наиболее консервативного куска длиной 87 аминокислот, который выравнивается без единой делеции, подсчитаны частоты встречаемости кодонов, для каждой позиции отдельно. Оказалось, что даже для полностью консервативных на аминокислотном уровне позиций (например 6 позиций в которых во всех последовательностях стоит лейцин) распределение синономичных кодонов сильно варьирует в зависимости от позиции. Для всех возможных пар позиций статистически достоверно показано, что в некоторых позициях мутационный процесс идет независимо, а в некоторых парах - наоборот, распределение частот кодонов коррелирует друг с другом

ГРНТИ	34.25.17

ВИНИТИ 341.25.17.09.11
Рубрики: ПАПИЛЛОМАВИРУСЫ
БЕЛКИ ПОВЕРХНОСТНЫЕ
БЕЛОК L1
МУТАЦИОННЫЙ ПРОЦЕСС
СПЕЦИФИЧНОСТЬ

Доп.точки доступа:
Лихошвай, В.А.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 03.10-04Б2.131

Лихошвай, В. А.
Предсказание эффективности экспрессии генов в 18 организмах по их нуклеотидному составу [Текст] / В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин // 2 Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Санкт-Петербург, 1-5 февр., 2000. - СПб, 2000. - Т. 2. - С. 231 . - ISBN 5-7997-0179-8

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.09.03
Рубрики: ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ
ПРЕДСКАЗАНИЕ ЭФФЕКТИВНОСТИ
СВЯЗЬ
ГЕНЫ
НУКЛЕОТИДНЫЙ СОСТАВ
ИНДЕКС ЭФФЕКТИВНОСТИ ЭЛОНГАЦИИ
ПРОКАРИОТЫ
ЭУКАРИОТЫ
АРХЕБАКТЕРИЙ
ДРОЖЖИ

Доп.точки доступа:
Матушкин, Ю.Г.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.03-04А3.32

Компьютерная модель генной сети регуляции биосинтеза холестерина в клетке: анализ влияния мутаций [Текст] / А. В. Ратушный [и др.] // Докл. РАН. - 2003. - Т. 389, N 2. - С. 259-262 . - ISSN 0869-5652
Аннотация: Генная сеть - ансамбль координированно экспрессирующихся генов, контролирующий выполнение жизненно важной функции организма. Исследовали генную сеть регуляции биосинтеза холестерина в клетке и его обмена с холестерином плазмы крови. Построена компьютерная модель динамики функционирования генной сети на основе обобщенного химико-кинетического метода моделирования. Модель описана в терминах элементарных процессов - биохимических реакций. Определен оптимальный набор значений параметров модели. Проведено численное моделирование динамических особенностей поведения генной сети при воздействиях на систему в норме и при мутациях. Проведен анализ чувствительности стационарного содержания свободного холестерина в клетке к мутационным изменениям скоростей мол. процессов, протекающих в генной сети. Показано, что мутации, затрагивающие регуляторные процессы, наибольшим образом сказываются на стационарной конц-ии свободного холестерина в клетке. Россия, Ин-т цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, Новосибирск. Библ. 7

ГРНТИ	34.55.17

ВИНИТИ 341.55.17.99
Рубрики: ХОЛЕСТЕРИН
БИОСИНТЕЗ
ГЕННЫЕ СЕТИ
МОДЕЛЬ КОМПЬЮТЕРНАЯ

Доп.точки доступа:
Ратушный, А.В.; Лихошвай, В.А.; Игнатьева, Е.В.; Матушкин, Ю.Г.; Горянин, И.И.; Колчанов, Н.А.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI49) 04.08-04Я6.84

Компьютерное моделирование генных сетей: исследование влияния мутаций [Текст] / А. В. Ратушный [и др.] // Бреслеровские чтения "Молекулярная генетика, биофизика и медицина сегодня". - СПб, 2002. - С. 169-184
Аннотация: Генные сети, т. е. группы координированно экспрессирующих генов, контролируют выполнение всех жизненно важных функций организмов. Настоящая работа посвящена: 1) рассмотрению принципов структурно-функциональной организации генных сетей и их описанию в базе данных GeneNet; 2) описанию принципов моделирования генных сетей; 3) качественному и количественному анализу влияния мутаций на динамику функционирования генных сетей с помощью их математических моделей. В работе исследовалась генная сеть регуляции биосинтеза холестерина в клетке и его обмена с холестерином плазмы крови. С помощью обобщенного химико-кинетического метода моделирования построена компьютерная модель динамики функционирования данной генной сети. Модель описана в терминах элементарных процессов - биохимических реакций. Определен оптимальный набор значений параметров модели. Проведено численное моделирование динамических особенностей поведения генной сети при воздействиях на систему в норме и в случае мутаций. Проведен анализ чувствительности стационарного содержания свободного холестерина в клетке к мутационным изменениям скоростей молекулярных процессов, протекающих в генной сети регуляции биосинтеза холестерина. Показано, что для модели существует 5 качественно разных типов кривых поведения равновесной концентрации холестерина в клетке в зависимости от мутационного варьирования констант реакций. Показано, что мутации, затрагивающие регуляторные процессы, наибольшим образом сказываются на стационарной концентрации свободного холестерина в клетке. Полученные результаты демонстрируют большие возможности методов компьютерного анализа и моделирования для изучения структурно-функциональной организации генных сетей. С помощью адекватных математических и компьютерных моделей можно предсказывать динамику молекулярно-генетических процессов в рассматриваемых системах и возможные механизмы их протекания, а также выявлять мишени (ключевые звенья в генных сетях) для фармакологической регуляции. На основе анализа воздействий различных мутаций и выявления ключевых процессов в генных сетях может быть выработана стратегия коррекции патологических состояний организма с учетом его особенностей, зависящих от генотипа. Россия, Лаб. теоретической генетики, сектор молекулярной эволюции, Ин-т цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, Новосибирск-90, пр. Академика Коптюга, д. 2, 630090. Электронная почта: ratushny@bionet.nsc.ru. Библ. 46

ГРНТИ	34.19.19

ВИНИТИ 341.19.19.01
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ХОЛЕСТЕРИН
БИОСИНТЕЗ
ГЕННЫЕ СЕТИ
АНАЛИЗ
ЧЕЛОВЕК

Доп.точки доступа:
Ратушный, А.В.; Лихошвай, В.А.; Игнатьева, Е.В.; Матушкин, Ю.Г.; Колчанов, Н.А.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.08-04А3.7

Компьютерное моделирование генных сетей: исследование влияния мутаций [Текст] / А. В. Ратушный [и др.] // Бреслеровские чтения "Молекулярная генетика, биофизика и медицина сегодня". - СПб, 2002. - С. 169-184
Аннотация: Генные сети, т. е. группы координированно экспрессирующих генов, контролируют выполнение всех жизненно важных функций организмов. Настоящая работа посвящена: 1) рассмотрению принципов структурно-функциональной организации генных сетей и их описанию в базе данных GeneNet; 2) описанию принципов моделирования генных сетей; 3) качественному и количественному анализу влияния мутаций на динамику функционирования генных сетей с помощью их математических моделей. В работе исследовалась генная сеть регуляции биосинтеза холестерина в клетке и его обмена с холестерином плазмы крови. С помощью обобщенного химико-кинетического метода моделирования построена компьютерная модель динамики функционирования данной генной сети. Модель описана в терминах элементарных процессов - биохимических реакций. Определен оптимальный набор значений параметров модели. Проведено численное моделирование динамических особенностей поведения генной сети при воздействиях на систему в норме и в случае мутаций. Проведен анализ чувствительности стационарного содержания свободного холестерина в клетке к мутационным изменениям скоростей молекулярных процессов, протекающих в генной сети регуляции биосинтеза холестерина. Показано, что для модели существует 5 качественно разных типов кривых поведения равновесной концентрации холестерина в клетке в зависимости от мутационного варьирования констант реакций. Показано, что мутации, затрагивающие регуляторные процессы, наибольшим образом сказываются на стационарной концентрации свободного холестерина в клетке. Полученные результаты демонстрируют большие возможности методов компьютерного анализа и моделирования для изучения структурно-функциональной организации генных сетей. С помощью адекватных математических и компьютерных моделей можно предсказывать динамику молекулярно-генетических процессов в рассматриваемых системах и возможные механизмы их протекания, а также выявлять мишени (ключевые звенья в генных сетях) для фармакологической регуляции. На основе анализа воздействий различных мутаций и выявления ключевых процессов в генных сетях может быть выработана стратегия коррекции патологических состояний организма с учетом его особенностей, зависящих от генотипа. Россия, Лаб. теоретической генетики, сектор молекулярной эволюции, Ин-т цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, Новосибирск-90, пр. Академика Коптюга, д. 2, 630090. Электронная почта: ratushny@bionet.nsc.ru. Библ. 46

ГРНТИ	34.55.15

ВИНИТИ 341.55.15.09
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ХОЛЕСТЕРИН
БИОСИНТЕЗ
ГЕННЫЕ СЕТИ
АНАЛИЗ
ЧЕЛОВЕК

Доп.точки доступа:
Ратушный, А.В.; Лихошвай, В.А.; Игнатьева, Е.В.; Матушкин, Ю.Г.; Колчанов, Н.А.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 08.07-04А3.993

Владимиров, Н. В.
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах [Текст] / Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин // Молекул. биол. - 2007. - Т. 41, N 5. - С. 926-933 . - ISSN 0026-8984
Аннотация: Уровень экспрессии генов многих одноклеточных организмов коррелирует с кодонным составом генов. Однако для ряда организмов эта корреляция отсутствует. Ранее показали, что для таких организмов при оценке уровня экспрессии гена необходимо учитывать инвертированные повторы на кодирующих последовательностях ДНК как источник потенциальных вторичных структур мРНК, тормозящих движение рибосомы. Разработан комплекс программ, позволяющий оценивать уровень потенциальной экспрессии кодирующих последовательностей в секвенированном геноме одноклеточного организма. Рассчитывается индекс эффективности элонгации по трем факторам: кодонному составу кодирующей последовательности, ее насыщенности инвертированными повторами, свободной энергии потенциальных шпилек. Для каждого организма найдена оптимальная индивидуальная комбинации этих факторов. Получены численные характеристики трансляции для 384 одноклеточных организмов (351 бактерия, 28 архей, 5 эукариот). Определены 5 эволюционных стратегий оптимизации трансляции в исследованных организмах. Обнаружено существенное отличие в распространенности предпочтительных стратегий между бактериями и археями. Показана достоверная корреляция между значениями индекса эффективности элонгации и уровнем экспрессии по биочиповым данным у Saccharomyces cerevisiae и Helicobacter pylori. Разработанный подход позволяет предсказывать уровень экспрессии генов, а также оптимизировать нуклеотидный состав трансгенов для экспрессии в заданном организме-реципиенте. Веб-версия программы доступна по адресу: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/eei-calculator/. Россия, Ин-т цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск. Библ. 33

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ
АНАЛИЗ
ДРОЖЖИ
БАКТЕРИИ

Доп.точки доступа:
Лихошвай, В.А.; Матушкин, Ю.Г.

10.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI07) 09.11-04А1.70

Лашин, С. А.
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом [Текст] : докл. [6 Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома (BGRS'2008), Новосибирск, 22-28 июня, 2008] / С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин // Инф. вестн. ВОГиС. - 2009. - Т. 13, N 1. - С. 150-159 . - ISSN 1814-554X
Аннотация: Проведено сравнительное моделирование динамики адаптивности и биоразнообразия популяций симбиотических одноклеточных гаплоидных асексуальных организмов, обитающих в биотопе конечного объема, в который извне поступает неспецифический субстрат (НС), необходимый всем особям. Симбиотичность заключается в обмене между популяциями специфическими субстратами. С помощью оригинального комплекса программ "Эволюционный конструктор", позволяющего варьировать и генетическую, и трофическую структуру модели, показано, что при сублетальном голодании по НС популяции с компенсаторным метаболизмом (недостаток НС может быть частично компенсирован благодаря коэволюции симбионтов) обладают лучшей адаптируемостью (мутация в одной из популяций спасает все популяции симбионтов), но постепенно теряют биоразнообразие. Популяции с некомпенсаторным метаболизмом, напротив, сохраняют биоразнообразие вплоть до вымирания. Для популяций с компенсаторным метаболизмом выявлено критическое соотношение численности популяции и притока НС, при котором субституционный груз замены нормального аллеля на мутантный выдержать невозможно. Обсуждаются недостатки и преимущества эволюционной стратегии формирования биоты на базе немногих таксонов - универсалов и стратегии, связанной с поддержанием высокого биоразнообразия. Россия, Ин-т цитол. и генет. СО РАН, Новосибирск. Библ. 51

ГРНТИ	34.03.17

ВИНИТИ 341.03.17.27.99
Рубрики: ЗАМКНУТЫЕ СООБЩЕСТВА
ЭВОЛЮЦИЯ
МЕТАБОЛИЗМ
МОДЕЛИРОВАНИЕ
ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС

Доп.точки доступа:
Суслов, В.В.; Матушкин, Ю.Г.

11.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 09.11-04Б2.172

Корреляции оперонной структуры с длиной генома у 14 видов микоплазм [Текст] : докл. [6 Международная конференция по биоинформатике регуляции и струтуры генома (BGRS'2008), Новосибирск, 22-28 июня, 2008] / С. А. Лашин [и др.] // Инф. вестн. ВОГиС. - 2009. - Т. 13, N 1. - С. 84-90 . - ISSN 1814-554X
Аннотация: Анализируются геномы 14 видов Mycoplasma существенно различающихся размерами своих геномов. Показано, что при уменьшении длины генома у Mycoplasma уменьшаются плотность предсказанных сайтов терминации транскрипции (количество сайтов, нормирование на число генов), плотность предсказанных единиц транскрипции и возрастает среднее количество генов, входящих в предсказанные единицы транскрипции. Для предсказания сайтов терминации транскрипции (термотивы) разработан новый метод. В работе формируется и обосновывается гипотеза о существовании эволюционной тенденции к укрупнению оперонных структур в процессе уменьшения размеров генома в ходе дегенеративной эволюции у Mycoplasma. Россия, Учреждение РАН Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, Новосибирск, e-mail: lashin@bionet.nsc.ru. Библ. 12

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.23
Рубрики: ТЕРМИНАЦИЯ ТРАНСКРИПЦИИ
УЧАСТКИ
ПРЕДСКАЗАНИЕ
МЕТОДЫ
ОПЕРОНЫ
СТРУКТУРА
УКРУПНЕНИЕ
ГЕНОМ
РАЗМЕРЫ
УМЕНЬШЕНИЕ
ЭВОЛЮЦИЯ
MYCOPLASMA (BACT.)

Доп.точки доступа:
Лашин, С.А.; Матушкин, Ю.Г.; Хлебодарова, Т.М.; Лихошвай, В.А.

12.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 10.07-04Б2.149

Владимиров, Н. В.
Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах [Текст] / Н. В. Владимиров, В. А. Лихошвай, Ю. Г. Матушкин // Молекул. биол. - 2007. - Т. 41, N 5. - С. 926-933 . - ISSN 0026-8984
Аннотация: Уровень экспрессии генов многих одноклеточных организмов коррелирует с кодонным составом генов. Однако для ряда организмов эта корреляция отсутствует. Ранее показали, что для таких организмов при оценке уровня экспрессии гена необходимо учитывать инвертированные повторы на кодирующих последовательностях ДНК как источник потенциальных вторичных структур мРНК, тормозящих движение рибосомы. Разработан комплекс программ, позволяющий оценивать уровень потенциальной экспрессии кодирующих последовательностей в секвенированном геноме одноклеточного организма. Рассчитывается индекс эффективности элонгации по трем факторам: кодонному составу кодирующей последовательности, ее насыщенности инвертированными повторами, свободной энергии потенциальных шпилек. Для каждого организма найдена оптимальная индивидуальная комбинации этих факторов. Получены численные характеристики трансляции для 384 одноклеточных организмов (351 бактерия, 28 архей, 5 эукариот). Определены 5 эволюционных стратегий оптимизации трансляции в исследованных организмах. Обнаружено существенное отличие в распространенности предпочтительных стратегий между бактериями и археями. Показана достоверная корреляция между значениями индекса эффективности элонгации и уровнем экспрессии по биочиповым данным у Saccharomyces cerevisiae и Helicobacter pylori. Разработанный подход позволяет предсказывать уровень экспрессии генов, а также оптимизировать нуклеотидный состав трансгенов для экспрессии в заданном организме-реципиенте. Веб-версия программы доступна по адресу: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/eei-calculator/. Россия, Ин-т цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск. Библ. 33

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.09.07
Рубрики: КОМПЬЮТЕРНЫЕ МЕТОДЫ
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ
АНАЛИЗ
ДРОЖЖИ
БАКТЕРИИ

Доп.точки доступа:
Лихошвай, В.А.; Матушкин, Ю.Г.

13.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 10.10-04А3.32

Лашин, С. А.
Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом [Текст] : докл. [6 Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома (BGRS'2008), Новосибирск, 22-28 июня, 2008] / С. А. Лашин, В. В. Суслов, Ю. Г. Матушкин // Инф. вестн. ВОГиС. - 2009. - Т. 13, N 1. - С. 150-159 . - ISSN 1814-554X
Аннотация: Проведено сравнительное моделирование динамики адаптивности и биоразнообразия популяций симбиотических одноклеточных гаплоидных асексуальных организмов, обитающих в биотопе конечного объема, в который извне поступает неспецифический субстрат (НС), необходимый всем особям. Симбиотичность заключается в обмене между популяциями специфическими субстратами. С помощью оригинального комплекса программ "Эволюционный конструктор", позволяющего варьировать и генетическую, и трофическую структуру модели, показано, что при сублетальном голодании по НС популяции с компенсаторным метаболизмом (недостаток НС может быть частично компенсирован благодаря коэволюции симбионтов) обладают лучшей адаптируемостью (мутация в одной из популяций спасает все популяции симбионтов), но постепенно теряют биоразнообразие. Популяции с некомпенсаторным метаболизмом, напротив, сохраняют биоразнообразие вплоть до вымирания. Для популяций с компенсаторным метаболизмом выявлено критическое соотношение численности популяции и притока НС, при котором субституционный груз замены нормального аллеля на мутантный выдержать невозможно. Обсуждаются недостатки и преимущества эволюционной стратегии формирования биоты на базе немногих таксонов - универсалов и стратегии, связанной с поддержанием высокого биоразнообразия. Россия, Ин-т цитол. и генет. СО РАН, Новосибирск. Библ. 51

ГРНТИ	34.03.23

ВИНИТИ 341.03.23.09.09
Рубрики: ЗАМКНУТЫЕ СООБЩЕСТВА
ЭВОЛЮЦИЯ
МЕТАБОЛИЗМ
МОДЕЛИРОВАНИЕ
ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС

Доп.точки доступа:
Суслов, В.В.; Матушкин, Ю.Г.

14.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 13.11-04Б2.194

Мустафин, З. С.
Высокопроизводительное моделирование эволюции прокариотических сообществ с использованием программного комплекса "Гаплоидный эволюционный конструктор" [Текст] / З. С. Мустафин, Ю. Г. Матушкин, С. А. Лашин // Вавиловский ж. генет. и селекции. - 2012. - Т. 16, N 4. - С. 825-829 . - ISSN 1814-554X
Аннотация: В работе приведены результаты разработки высокопроизводительной версии программного комплекса "Гаплоидный эволюционный конструктор" предназначенного для моделирования функционирования и эволюции прокариотических сообществ. Разработана параллельная версия программы, предназначенная для работы на высокопроизводительных кластерах с поддержкой MPI. Оказалось, что общее ускорение параллельной версии программного комплекса почти линейно зависит от числа используемых процессоров, и время расчета сложных моделей сообществ на кластере ЦКП "Биоинформатика" СО РАН уменьшилось с десятков часов до нескольких минут. Россия, Фед. гос. бюджетное учреждение науки Ин-т цитологии и генетики Сиб. отд-я РАН, Новосибирскк@

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.23
Рубрики: ПРОКАРИОТИЧЕСКИЕ СООБЩЕСТВА
ЭВОЛЮЦИЯ
ВЫСОКОПРОИЗОВДИТЕЛЬНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ
ПРОГРАММНЫЙ КОМПЛЕКС
"ГАПЛОИДНЫЙ ЭВОЛЮЦИОННЫЙ КОНСТРУКТОР"

Доп.точки доступа:
Матушкин, Ю.Г.; Лашин, С.А.

15.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 13.11-04Б2.195

Лашин, С. А.
Разработка пространственно распределенной модели эволюции прокариотических сообществ [Текст] / С. А. Лашин, Е. А. Мамонтова, Ю. Г. Матушкин // Вавиловский ж. генет. и селекции. - 2012. - Т. 16, N 4. - С. 830-837 . - ISSN 1814-554X
Аннотация: В статье описаны методики моделирования функционирования и эволюции прокариотических сообществ и программный комплекс "Гаплоидный эволюционный конструктор" для построения моделей с пространственным распределением по одной координате (ID). Приведено сравнение 0D (с полным перемешиванием) и 1D моделей прокариотического сообщества вида "отравитель-жертва". Показано влияние пространственного распределения субстратов и прокариотических клеток на стабильность сообществ

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.23
Рубрики: ЭВОЛЮЦИЯ
МОДЕЛИРОВАНИЕ
МИКРОБНЫЕ СООБЩЕСТВА
ПРОСТРАНСТВЕННОЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЕ

Доп.точки доступа:
Мамонтова, Е.А.; Матушкин, Ю.Г.

16.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 15.02-04А3.9

Матушкин, Ю. Г.
Применение биоинформационных технологий в эволюционных исследованиях [Текст] / Ю. Г. Матушкин // Сборник тезисов 6 Всероссийского с международным участием Конгресса молодых ученых-биологов "Симбиоз-Россия 2013", Иркутск, 19-23 авг., 2013. - Иркутск, 2013. - С. 46-48 . - ISBN 978-5-4340-0009-3
Аннотация: Теоретические эволюционные исследования можно и должно проводить на разных уровнях организации живого, т.е. исследовать эволюцию генома, транскриптома, метаболома. Особо следует отметить эволюцию генных сетей, зачастую совмещающих несколько уровней организации. Одна из задач - эволюция первичных структур генов для оптимизации их экспрессии. Согласно гипотезе "лимитирующего звена" оптимизация должна происходить на разных уровнях экспрессии. Ранее нами предложен идекс эффективности элонгации трансляции (индекс эффективности элонгации - ИЭЭ), позволяющий адекватно оценивать эффективность экспрессии генов в одноклеточных организмах на основе нуклеотидного контекста кодирующей части генов. Проанализировали связь между ИЭЭ и профилем формирования нуклеосом в промоторных районах на выборке генов двух видов дрожжей. Теоретические оценки потенциала формирования нуклеосом получены с помощью метода Recon. Россия, Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск

ГРНТИ	34.03.23

ВИНИТИ 341.03.23.09.09
Рубрики: ЭВОЛЮЦИЯ
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНОВ
ОПТИМИЗАЦИЯ
НУКЛЕОСОМЫ
ПРОФИЛЬ ФОРМИРОВАНИЯ
ИНДЕКС ЭФФЕКТИВНОСТИ ЭЛОНГАЦИИ
АНАЛИЗ ДАННЫХ
IN SILICO
ДРОЖЖИ

17.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI07) 89.07-04А1.63

Родин, С. Н.
Коэволюционная парадигма в теоретическом изучении геномов [Текст] / С. Н. Родин, Ю. Г. Матушкин // Пробл. макроэволюции. - М., 1988. - С. 51-52
Аннотация: Выполнен цикл работ по теор. исследованию и матем. моделированию коэволюционной устойчивости систем типа "паразит - хозяин". Обоснованы основные принципы строения, функционирования и эволюции этой системы: мультигенная основа обеспечения разнообразия иммунорецепторов; аллельное, изотипическое и др. виды исключений в экспрессии каждого мультигенного семейства (I) отдельным зрелым лимфоцитом (отсюда - клонально селекционный принцип формирования специфического иммунного ответа); иерархический принцип рекомбинантных перестроек I в процессе онтогенетической дифференцировки иммунных Кл, соответствующий порядку дивергенции I иммунной системы в эволюции ("молекулярная рекапитуляция"); соматический гипермутагенез в зрелых генах иммуноглобулинов, обеспечивающий защиту от наиболее частых дрейфовых изменений антигенов; прогрессирующая сложность супергенной организации иммунной системы как результат ее коэволюции с вирусами и др. инфекционными агентами, поражающими различные Кл иммунной системы. СССР, Ин-т цитологии и генетики СО АН СССР, Новосибирск.

ГРНТИ	34.03.17

ВИНИТИ 341.03.17.27.02
Рубрики: КОЭВОЛЮЦИЯ
ПАРАЗИТ - ХОЗЯИН
МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭВОЛЮЦИЯ
ИММУННАЯ СИСТЕМА

Доп.точки доступа:
Матушкин, Ю.Г.

18.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI07) 89.07-04А1.76

Матушкин, Ю. Г.
Внтуренняя структура иммунной системы как стимул к ее прогрессивной эволюции [Текст] / Ю. Г. Матушкин // Пробл. макроэволюции. - М., 1988. - С. 43-44
Аннотация: Исследован эффект спонтанной активации, выражающийся в пролиферации и дифференцировке клеток-эффекторов (B-лимфоцитов и Т-киллеров) в отсутствие внешнего стимула. Оценена вероятность такого события. Высказаны соображения относительно эволюционного развития в ходе формирования "двухсигнальной" системы иммунной защиты. СССР, Ин-т цитологии и генетики СО АН СССР.

ГРНТИ	34.03.17

ВИНИТИ 341.03.17.27.17
Рубрики: ЭВОЛЮЦИЯ
ИММУННАЯ СИСТЕМА
СПОНТАННАЯ АКТИВАЦИЯ

19.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI39) 89.12-04К1.177

Матушкин, Ю. Г.
Внешние и внутренние факторы прогрессивной эволюции иммунной системы [Текст] / Ю. Г. Матушкин, С. Н. Родин // Мат. моделир. системы иммунитета и инфекц. процесса. - Новосибирск, 1989. - С. 36-37

ГРНТИ	34.43.15

ВИНИТИ 341.43.15.02 + 343.43.01.99
Рубрики: ИММУННАЯ СИСТЕМА
ЭВОЛЮЦИЯ
ВНЕШНИЕ ФАКТОРЫ
ВНУТРЕННИЕ ФАКТОРЫ

Доп.точки доступа:
Родин, С.Н.

20.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI07) 15.10-04А1.35

Проблемы эволюции путем горизонтального переноса генов [Текст] / А. И. Клименко [и др.] // Развитие жизни в процессе абиотических изменений на Земле. - Иркутск, 2014. - С. 247 . - ISBN 978-5-94797-232-0
Аннотация: Горизонтальный перенос генов (ГП) рассматривается как перспективный (если не превалирующий) фактор эволюции прокариот и обязательное условие возникновения эукариот в ходе симбиогенеза в рамках симбиотрофного сообщества прокариот. Считается, что в сообществе прокариот отбор благоприятствует "эгоистичным" - наиболее легко переносящимся - генам, а также особям, редуцирующим геном или приобретающим лишь ценные гены. Предками эукариот были прокариоты, у которых ГП протекал особо легко, что и позволило им объединить в едином геноме наиболее ценные гены сообщества. Однако сравнительно геномные проекты выявили ограничения на ГП, связанные с организацией генома прокариот. Проведенное авт. моделирование ГП в симбиотрофном сообществе показало, что в сообществах со сквозным протоком ценность горизонтального переноса для "эгоистичных генов", м. б. сильно нивелирована, адаптивность ГП для донора - не связана с редукцией генома, а для акцептора - только с приобретением ценных генов. Россия, Ин-т цитол. и генетики СО РАН, Новосибирск; E-mail:SuslovCC@icgsbras.ru

ГРНТИ	34.03.17

ВИНИТИ 341.03.17.02
Рубрики: ЭВОЛЮЦИЯ
ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС ГЕНОВ
ОГРАНИЧЕНИЯ
ПРОКАРИОТЫ
ЭГОИСТИЧНЫЕ ГЕНЫ
СИМБИОГЕНЕЗ

Доп.точки доступа:
Клименко, А.И.; Лашин, С.А.; Суслов, В.В.; Матушкин, Ю.Г.

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска