СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

в найденном

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>S=КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК<.>)

Общее количество найденных документов : 25
Показаны документы с 1 по 20

1-20 21-25

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 95.08-04Б1.109

Поиск Т-эпитопов вируса гепатита А с помощью синтетических пептидов [Текст] / Л. Н. Кулик [и др.] // Биоорган. химия. - 1993. - Т. 19, N 12. - С. 1169-1176 . - ISSN 0132-3423
Аннотация: С помощью интегрированного пакета программ проведен компьютерный поиск предполагаемых Т-эпитопов из капсидных белков вируса гепатита А. Пептиды 75-92, 115-139, 209-221 белка VP1, 69-99 и 80-99 белка VP2, 45-57 и 137-150 белка VP3, 1-23 белка VP4 перекрывающие выбранные участки были синтезированы твердофазным методом. Были использованы пептиды 1-17, 11-25, 75-85, 10-33, 276-298 из VP1. Исследовали способность синтетических пептидов вызывать пролиферацию клеток из лимфоузлов мышей, примированных пептидами. Почти все выбранные пептиды влияли на пролиферацию клеток, причем влияние зависело от гаплотипа животных. Пептиды 10-33 и 276-298 белка VP1 вызывали пролиферацию лимфоцитов у всех тестируемых линий мышей. Пептиды 107-126 и 115-126 белка VP1 не влияли на пролиферацию лимфоцитов из лимфоузлов мышей, примированных данными пептидами, но вызывали пролиферацию клеток из лимфоузлов мышей F1 (CBA*C[57] В1[6]) примированных пептидом 115-139 из первого капсидного белка. Россия, ИБОХ РАН, Москва. Библ. 22

ГРНТИ	34.25.17

ВИНИТИ 341.25.17.09.11
Рубрики: ВИРУС ГЕПАТИТА А
ЭПИТОПЫ Т-КЛЕТОЧНЫЕ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ПИКОРНАВИРУСЫ

Доп.точки доступа:
Кулик, Л.Н.; Иванов, В.С.; Габриэлян, А.Э.; Чикин, Л.Д.; Иванов, В.Т.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI23) 96.01-04М2.530

ApoB-100 has a pentapartite structure composed of three amphipathic 'альфа'-helical domains alternating with two amphipathic 'бета'-strand domains: Detection by the computer program LOCATE [Text] / Jere P. Segrest [et al.] // Arterioscler. and Thrombosis. - 1994. - Vol. 14, N 10. - P1674-1685 . - ISSN 1049-8834
Перевод заглавия: АпоB-100 имеет пятичленную структуру, состоящую из трех амфипатических 'альфа'-спиральных доменов, чередующихся с двумя амфипатическими 'бета'-полосными доменами. Обнаружение при помощи компьютерной программы LOCATE
Аннотация: Изучена локализация липид-ассоциированных доменов (Д) в молекуле аполипопротеина B-100 (апо). На основе компьютерного поиска аминокислотных последовательностей, соотв. 'альфа'-спиральным (С) и 'бета'-полосным (П) участкам, идентифицированы 4 вторичных структуры апоB-100: A - способные к обмену плазменные апо, G - глобулярные 'альфа'-C-белки, C - кольцевые 'альфа'-C-белки, B - 'бета'-складчатые белки. Два Д, имеющие плотность 2,4 и 1,4 амфипатической цепи на 100 остатков, представляют главные липидные ассоциаты, освобождаемые из интактных ЛПНП при обработке трипсином. Классы амфипатичны. С идентифицированы как Д, отличные от способных к обмену плазменных апо. Пятичленная структура апо описана следующим образом: NH[2] = 'альфа'[1] = 'бета'[1] = 'альфа'[1] = 'бета'[2] = 'альфа'[3] = COOH, где 'альфа'[1] представлен глобулярных Д. США, UAB Med. Center, Birmingham, AL 35294-0012. Библ. 30

ГРНТИ	34.39.29

ВИНИТИ 341.39.29.15.57.02
Рубрики: ЛИПИДЫ
АПОЛИПОПРОТЕИН B-100
ПЯТИЧЛЕННАЯ СТРУКТУРА
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Segrest, Jere P.; Jones, Martin K.; Mishra, Vinod K.; Anantharamaiah, G.M.; Garber, David W.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI11) 01.05-04Б1.359

Mimicking dominant negative inhibition of prion replication through structure-based drug design [Text] / Veronique Perrier [et al.] // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2000. - Vol. 97, N 11. - P6073-6078 . - ISSN 0027-8424
Перевод заглавия: Предотвращение репликации прионов при помощи имитации доминантно-негативного ингибирования через дизайн лекарств, основанный на их структуре
Аннотация: Недавный прогресс в выявлении структуры прионного белка (PrP{c}), кодируемого хозяином, и роли вспомогательных молекул в репликации приона позволил разработать более рациональные подходы к развитию терапии прионовых заболеваний. Цель работы - идентификация нового класса соединений, гомологичных доминантно-негативным мутантам PrP{c}, ингибирующих образование аномальной изоформы белка (PrP{Sc}). Провели компьютерный поиск молекул, которые имели бы сходство в пространственной ориентации и в основном полиморфизме аминокислотных остатков 168, 172, 215 и 219 PrP, которые вызывают доминантно-негативное ингибирование. Поиск выявил 1000 потенциальных кандидатов. 63 соединения проанализированы на предмет ингибирования образования PrP{Sc} в клетках нейробластомы мыши инфицированных скрейпи. Два вещества, Cp-60 и Cp-62, ингибировали образование PrP{Sc} и имели низкий уровень токсичности. Дополнительный поиск по базам данных выявил еще 5 соединений похожих на Cp-60, 3 из к-рых имели активности, гомологичные Cp-60. США, Inst. Neurodegenerative Dis. and Dep. Neurol., Biochem. Biophys., Mol. Cell. Pharmacol., Univ. California, San Francisco, CA 94143-0518. Библ. 50

ГРНТИ	34.25.29

ВИНИТИ 341.25.29.23
Рубрики: СКРЕЙПИ
ПРИОНЫ
PRP{C}
ДОМИНАНТНО-НЕГАТИВНЫЕ МУТАНТЫ
ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Perrier, Veronique; Wallace, Andrew C.; Kaneko, Kiyotoshi; Safar, Jiri; Prusiner, Stanley B.; Cohen, Fred E.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 01.07-04А3.978

Desjarlais, John R.
Computer search algorithms in protein modification and design [Text] / John R. Desjarlais, Neil D. Clarke // Curr. Opinion Struct. Biol. - 1998. - Vol. 8, N 4. - P471-475 . - ISSN 0959-440X
Перевод заглавия: Алгоритмы компьютерного поиска в модификации и конструировании белков

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: БЕЛОК
СТРУКТУРА
МОДИФИКАЦИИ
КОНСТРУИРОВАНИЕ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
АЛГОРИТМЫ
ОБЗОРЫ
БИБЛ. 40

Доп.точки доступа:
Clarke, Neil D.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI48) 02.01-04Т2.268

Дубанов, А. В.
Компьютерный поиск новых мишеней для действия противомикробных средств на основе сравнительного анализа геномов [Текст] / А. В. Дубанов, А. С. Иванов, А. И. Арчаков // Вопр. мед. химии. - 2001. - Т. 47, N 3. - С. 353-367 . - ISSN 0042-8809
Аннотация: Прогресс в расшифровке различных геномов открывает для исследователей возможность использования геномных баз данных при создании новых лекарственных средств. Большой практический интерес представляет их использование при поиске новых молекулярных мишеней для вновь создаваемых лекарств. Наиболее остро эта проблема стоит в области создания новых противомикробных средств. Применимость геномных подходов для решения этой проблемы была показана рядом авторов в последние годы. В представленной работе предложен подход к поиску новых мишеней для действия противомикробных средств, основанный на сравнительном анализе геномов и выборок последовательностей из молекулярно-биологических баз данных. Для каждого из белков, кодируемых геномом целевого микроорганизма, выполняется оценка соответствия ряду медико-биологических и технологических требований. Полученные оценки используются для отбора потенциальных мишеней. Подход был реализован в виде оригинального программного обеспечения GenMesh. Выполненная проверка на примерах ряда известных белков-мишеней для действия противотуберкулезных средств показала корректные оценки. С помощью данного подхода был выполнен успешный поиск новых мишеней для действия противотуберкулезных средств. Россия, НИИ биомед. хим. им. В. Н. Ореховича РАМН, 119992, Москва. Библ. 23

ГРНТИ	34.45.21

ВИНИТИ 341.45.21.95.02
Рубрики: ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА
ПРОТИВОМИКРОБНЫЕ СРЕДСТВА
ПОИСК НОВЫХ МИШЕНЕЙ
МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИШЕНЬ
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ
ТУБЕРКУЛЕЗ
КОМПЬЮТЕРЫ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ GENMESH

Доп.точки доступа:
Иванов, А.С.; Арчаков, А.И.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 02.01-04А3.16

Дубанов, А. В.
Компьютерный поиск новых мишеней для действия противомикробных средств на основе сравнительного анализа геномов [Текст] / А. В. Дубанов, А. С. Иванов, А. И. Арчаков // Вопр. мед. химии. - 2001. - Т. 47, N 3. - С. 353-367 . - ISSN 0042-8809
Аннотация: Прогресс в расшифровке различных геномов открывает для исследователей возможность использования геномных баз данных при создании новых лекарственных средств. Большой практический интерес представляет их использование при поиске новых молекулярных мишеней для вновь создаваемых лекарств. Наиболее остро эта проблема стоит в области создания новых противомикробных средств. Применимость геномных подходов для решения этой проблемы была показана рядом авторов в последние годы. В представленной работе предложен подход к поиску новых мишеней для действия противомикробных средств, основанный на сравнительном анализе геномов и выборок последовательностей из молекулярно-биологических баз данных. Для каждого из белков, кодируемых геномом целевого микроорганизма, выполняется оценка соответствия ряду медико-биологических и технологических требований. Полученные оценки используются для отбора потенциальных мишеней. Подход был реализован в виде оригинального программного обеспечения GenMesh. Выполненная проверка на примерах ряда известных белков-мишеней для действия противотуберкулезных средств показала корректные оценки. С помощью данного подхода был выполнен успешный поиск новых мишеней для действия противотуберкулезных средств. Россия, НИИ биомед. хим. им. В. Н. Ореховича РАМН, 119992, Москва. Библ. 23

ГРНТИ	34.03.23

ВИНИТИ 341.03.23.09.09
Рубрики: ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА
ПРОТИВОМИКРОБНЫЕ СРЕДСТВА
ПОИСК НОВЫХ МИШЕНЕЙ
МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИШЕНЬ
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ
ТУБЕРКУЛЕЗ
КОМПЬЮТЕРЫ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ GENMESH

Доп.точки доступа:
Иванов, А.С.; Арчаков, А.И.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 02.05-04Б4.312

Дубанов, А. В.
Компьютерный поиск новых мишеней для действия противомикробных средств на основе сравнительного анализа геномов [Текст] / А. В. Дубанов, А. С. Иванов, А. И. Арчаков // Вопр. мед. химии. - 2001. - Т. 47, N 3. - С. 353-367 . - ISSN 0042-8809
Аннотация: Прогресс в расшифровке различных геномов открывает для исследователей возможность использования геномных баз данных при создании новых лекарственных средств. Большой практический интерес представляет их использование при поиске новых молекулярных мишеней для вновь создаваемых лекарств. Наиболее остро эта проблема стоит в области создания новых противомикробных средств. Применимость геномных подходов для решения этой проблемы была показана рядом авторов в последние годы. В представленной работе предложен подход к поиску новых мишеней для действия противомикробных средств, основанный на сравнительном анализе геномов и выборок последовательностей из молекулярно-биологических баз данных. Для каждого из белков, кодируемых геномом целевого микроорганизма, выполняется оценка соответствия ряду медико-биологических и технологических требований. Полученные оценки используются для отбора потенциальных мишеней. Подход был реализован в виде оригинального программного обеспечения GenMesh. Выполненная проверка на примерах ряда известных белков-мишеней для действия противотуберкулезных средств показала корректные оценки. С помощью данного подхода был выполнен успешный поиск новых мишеней для действия противотуберкулезных средств. Россия, НИИ биомед. хим. им. В. Н. Ореховича РАМН, 119992, Москва. Библ. 23

ГРНТИ	34.27.29

ВИНИТИ 341.27.29.25.02
Рубрики: ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА
ПРОТИВОМИКРОБНЫЕ СРЕДСТВА
ПОИСК НОВЫХ МИШЕНЕЙ
МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИШЕНЬ
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ
ТУБЕРКУЛЕЗ
КОМПЬЮТЕРЫ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ GENMESH

Доп.точки доступа:
Иванов, А.С.; Арчаков, А.И.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 02.10-04Б2.221

Besemer, John.
GeneMarkS: A self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions [Text] / John Besemer, Alexandre Lomsadze, Mark Borodovsky // Nucl. Acids Res. - 2001. - Vol. 29, N 12. - P2607-2618 . - ISSN 0305-1048
Перевод заглавия: GeneMarkS: самонастраиваемый метод предсказания стартовых [участков] генов в микробных геномах. Применение для поиска мотивов [нуклеотидных] последовательностей в регуляторных участках
Аннотация: Основная трудность точности предсказания стартовых участков генов при компьютерном поиске генов прокариот связана с отсутствием относительно строгих мотивов, позволяющих идентифицировать истиные сайты инициации трансляции. Точность предсказания стартовых участков генов может быть повышена, если использовать комбинацию моделей белоккодирующих и некодирующих участков и моделей регуляторных сайтов вблизи стартовых участков генов в рамках алгоритма, основанного на скрытых Марковских цепях. Новый метод предсказания GeneMarkS использует метод самонастройки и может применяться для анализа новых секвенированных прокариотических геномов без предварительного знания структуры каких-либо генов белков или кДНК. В рамках GeneMarkS используются усовершенствованная версия программы поиска генов GeneMark.hmm, эвристические Марковские модели кодирующих и некодирующих участков и программа множественного выравнивания. GeneMarkS точно предсказывает 83,2% стартов трансляции в аннотированных в GenBank генах Bacillus subtilis и 94,4% стартов трансляции в экспериментально охарактеризованном наборе генов Escherichia coli. GeneMarkS находит прокариотические гены с точностью, не уступающей др. методам идентификации генов. Точное предсказание стартов трансляции, кроме уточнения N-концевых последовательностей белков, позволяет также выявлять и анализировать регуляторные участки транскрипции и трансляции. США, Sch. Biol., Georgia Inst. Technol., Atlanta, GA 303320. Библ. 47

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.09.07
Рубрики: ГЕНОМ ПРОКАРИОТИЧЕСКИЙ
ГЕНЫ
САЙТЫ ИНИЦИАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
МЕТОД ПРЕДСКАЗАНИЯ
GENE MARKS

Доп.точки доступа:
Lomsadze, Alexandre; Borodovsky, Mark

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 02.12-04Б2.236

Sugar uptake and utilisation in Streptomyces coelicolor: A PTS view to the genome [Text] / Stephan Parche [et al.] // Antonie van Leeuwenhoek. - 2000. - Vol. 78, N 3-4. - P243-251 . - ISSN 0003-6072
Перевод заглавия: Поглощение и утилизация сахаров у Streptomyces coelicolor: поиск ФТС в геноме
Аннотация: В ранее опубликованной нуклеотидной последовательности генома Streptomyces coelicolor проведен компьютерный поиск генов, гомологичных генам pts, кодирующим компоненты фосфоенолпируватзависимой углеводфосфотрансферазной системы (ФТС). Обнаружены гомологи генов общих компонентов ФТС (ptsI и ptsH), генов специфич. компонентов - crr и генов 6 ФТС-пермеаз. Похоже, что это - пермеазы маннит-фруктозного и глюкозосахарозного семейства. Представлена модель, в к-рой обсуждаются возможные функции описанных в данной работе ФТС-гомологов. Германия, (Titgemeyer F.) Lehrstuhl fur Mikrobiol., Friedrich-Alexander-Univ. Erlangen-Nurnberg, Staudtstrasse 5, 91058 Erlangen. Библ. 41

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: STREPTOMYCES COELICOLOR (BACT.)
ГЕНЫ
ГЕН PTSI
ГЕН PTSH
ГЕН CRR
ГЕНЫ ФОСФОТРАНСФЕРАЗНОЙ СИСТЕМЫ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Parche, Stephan; Nothaft, Harald; Kamionka, Annette; Titgemeyer, Fritz

10.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI13) 02.12-04Б3.42

Sugar uptake and utilisation in Streptomyces coelicolor: A PTS view to the genome [Text] / Stephan Parche [et al.] // Antonie van Leeuwenhoek. - 2000. - Vol. 78, N 3-4. - P243-251 . - ISSN 0003-6072
Перевод заглавия: Поглощение и утилизация сахаров у Streptomyces coelicolor: поиск ФТС в геноме
Аннотация: В ранее опубликованной нуклеотидной последовательности генома Streptomyces coelicolor проведен компьютерный поиск генов, гомологичных генам pts, кодирующим компоненты фосфоенолпируватзависимой углеводфосфотрансферазной системы (ФТС). Обнаружены гомологи генов общих компонентов ФТС (ptsI и ptsH), генов специфич. компонентов - crr и генов 6 ФТС-пермеаз. Похоже, что это - пермеазы маннит-фруктозного и глюкозосахарозного семейства. Представлена модель, в к-рой обсуждаются возможные функции описанных в данной работе ФТС-гомологов. Германия, (Titgemeyer F.) Lehrstuhl fur Mikrobiol., Friedrich-Alexander-Univ. Erlangen-Nurnberg, Staudtstrasse 5, 91058 Erlangen. Библ. 41

ГРНТИ	34.27.39

ВИНИТИ 341.27.39.09.02
Рубрики: STREPTOMYCES COELICOLOR (BACT.)
ГЕНЫ
ГЕН PTSI
ГЕН PTSH
ГЕН CRR
ГЕНЫ ФОСФОТРАНСФЕРАЗНОЙ СИСТЕМЫ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Parche, Stephan; Nothaft, Harald; Kamionka, Annette; Titgemeyer, Fritz

11.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI16) 03.11-04В3.208

fСинтез и компьютерный поиск потенциальных регуляторов роста растений [Текст] / К. В. Чанышева [и др.] // Интеграция науки и высшего образования в области био- и органической химии и механики многофазных систем. - Уфа, 2002. - С. 89-90 . - ISBN 5-88333-093-2
Аннотация: Модели структура - фунгицидная активность и структура - рострегулирующая активность использованы для прогноза пестицидной активности фурилзамещенных моноэфиров диолов, отнесенных к потенциальным фунгицидам. Россия, Уфимский гос. нефтяной технический ун-т, Уфа

ГРНТИ	34.31.31

ВИНИТИ 341.31.31.02
Рубрики: ФУНГИЦИДЫ
СТРУКТУРА
РЕГУЛЯТОРЫ РОСТА
МОДЕЛЬ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Чанышева, К.В.; Токунова, Э.Ф.; Хусаинов, М.А.; Лукманова, А.Л.; Хлебникова, Т.Д.

12.

РЖ ВИНИТИ 68 (BI04) 03.12-04В5.384

fСинтез и компьютерный поиск потенциальных регуляторов роста растений [Текст] / К. В. Чанышева [и др.] // Интеграция науки и высшего образования в области био- и органической химии и механики многофазных систем. - Уфа, 2002. - С. 89-90 . - ISBN 5-88333-093-2
Аннотация: Модели структура - фунгицидная активность и структура - рострегулирующая активность использованы для прогноза пестицидной активности фурилзамещенных моноэфиров диолов, отнесенных к потенциальным фунгицидам. Россия, Уфимский гос. нефтяной технический ун-т, Уфа

ГРНТИ	68.37.13

ВИНИТИ 681.37.13.15.19.11
Рубрики: ФУНГИЦИДЫ
СТРУКТУРА
РЕГУЛЯТОРЫ РОСТА
МОДЕЛЬ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Чанышева, К.В.; Токунова, Э.Ф.; Хусаинов, М.А.; Лукманова, А.Л.; Хлебникова, Т.Д.

13.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.01-04А3.903

Rarey, Matthias.
Searching for new drugs in virtual molecule databases [Text] / Matthias Rarey, Thomas Lengauer // ERCIM News. - 2000. - N 43. - P10-11 . - ISSN 0926-4981
Перевод заглавия: Поиск новых лекарственных препаратов в базах данных о виртуальных молекулах
Аннотация: Краткий обзор. Успехи секвенирования генома человека делают возможным обнаружение в ходе фармацевтических исследований белков-мишеней. Проводится поиск молекул, которые влияют на активность белка и могут оказаться лекарствами против соответствующего заболевания. Авторы разработали метод компьютерного поиска новых лекарственных средств (виртуального скрининга), который применяется в промышленности. Германия; e-mail: matthias. rarey@gmd.de

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.17
Рубрики: БЕЛОК
БЕЛКИ-МИШЕНИ
БАЗЫ ДАННЫХ
НОВЫЕ ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ОБЗОРЫ

Доп.точки доступа:
Lengauer, Thomas

14.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI48) 04.02-04Т1.76

Rarey, Matthias.
Searching for new drugs in virtual molecule databases [Text] / Matthias Rarey, Thomas Lengauer // ERCIM News. - 2000. - N 43. - P10-11 . - ISSN 0926-4981
Перевод заглавия: Поиск новых лекарственных препаратов в базах данных о виртуальных молекулах
Аннотация: Краткий обзор. Успехи секвенирования генома человека делают возможным обнаружение в ходе фармацевтических исследований белков-мишеней. Проводится поиск молекул, которые влияют на активность белка и могут оказаться лекарствами против соответствующего заболевания. Авторы разработали метод компьютерного поиска новых лекарственных средств (виртуального скрининга), который применяется в промышленности. Германия; e-mail: matthias. rarey@gmd.de

ГРНТИ	34.45.05

ВИНИТИ 341.45.05.09
Рубрики: БЕЛОК
БЕЛКИ-МИШЕНИ
БАЗЫ ДАННЫХ
НОВЫЕ ЛЕКАРСТВЕННЫЕ СРЕДСТВА
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ОБЗОРЫ

Доп.точки доступа:
Lengauer, Thomas

15.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.06-04А3.590

Компьютерный поиск потенциальных лигандов в базах данных низкомолекулярных соединений методом молекулярного докинга на основе структуры белка-мишени [Текст] : докл.[Отчетная конференция за 2002 год по проблеме "Создание лекарственных средств" подраздела "Медицина" раздела "Технологии живых систем" Федеральной научно-технической программы на 2002-2006 гг. "Исследование и разработка по приоритетным направлениям развития науки и техники", Москва, март, 2002] / В. С. Скворцов [и др.] // Аллергия, астма и клин. иммунол. - 2003. - Т. 7, N 8. - С. 90-94
Аннотация: Описано применение метода молекулярного докинга на основе структуры белка-мишени для нахождения потенциальных лигандов в базах данных коммерчески доступных образцов химических соединений. В основе подхода лежит генерация гипотез белок-лигандных комплексов с помощью оригинальной компьютерной программы DockSearch с последующей их оценкой по величине площади контактирующих поверхностей и энергии образования комплекса. Дано описание основных принципов работы программы, результатов ее тестирования на достоверность и эффективность моделирования комплексов белок-лиганд, поиска веществ-прототипов в базах данных, а также примеров ее применения в решении задач компьютерного конструирования лекарств. Россия, Гос. учреждение ин-т биомед. химии РАМН, Москва. Библ. 21

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: ЛИГАНДЫ
БЕЛОК
КОМПЛЕКСЫ
БАЗЫ ДАННЫХ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
МЕТОД МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКИНГА

Доп.точки доступа:
Скворцов, В.С.; Белкина, Н.В.; Иванов, А.С.; Арчаков, А.И.

16.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 06.06-04Б2.173

Identification of the namH gene, encoding the hydroxylase responsible for the N-glycolylation of the mycobacterial peptidoglycan [Text] / Jon B. Raymond [et al.] // J. Biol. Chem. - 2005. - Vol. 280, N 1. - P326-333 . - ISSN 0021-9258
Перевод заглавия: Идентификация гена namH, кодирующего гидроксилазу, ответственную за N-гликозилирование пептида микобактерий
Аннотация: Пептидогликаны микобактерий и 5 других связанных рода бактерий модифицируются N-гликозилированием сиаловой кислоты - уникальная модификация карбогидратов, которое экстенсивно изучается у эукариот. Однако значение N-гликозилирования пептидогликанов бактерий неизвестно. Целью этого проекта было идентификация гена, кодирующего гидроксилазу, ответственную за N-гликозилирование пептидогликанов микобактерий. Авторы разработали новый путь реакции гидроксилирования UDP-N-ацетилмурамовой кислоты микобактерий и продемонстрировали, что Mycobacterium smegmatis имеет фермент с активностью, которая может превращать UDP-N-ацетилмурамовую кислоту в UDP-N-гликолилмурамовую кислоту. Идентифицировали ген nam H, кодирующий гидроксилазу UDP-N-ацетилмурамовой кислоты с помощью компьютерного поиска оснований и сравнения леймотива с эукариотическими ферментами, ответственными за N-гликозилирование сиаловых кислот. Ген namH не существен для роста in vitro, как было показано при делетировании гена у M. smegmatis. Мутант был лишен активности гидроксилазы UDP-N-ацетилмурамовой кислоты и синтезировал только предшественников N-ацетилированных муропептидов. В дальнейшем мутанты показали увеличение восприимчивости к 'бета'-лактамным антибиотикам и лизоциму. Предполагают, что N-гликозилирование пептидогликанов микобактерий может играть роль в устойчивости к лизоциму или могут способствовать структурной стабильности архитектуры клеточных стенок. США, Dep. of Microbiology and Immunology, Univ. of Rochester Medical Center, Rochester, New York 14642. Библ. 35

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: ГЕНЫ
ГЕН ГИДРОКСИЛАЗЫ UDP-N-АЦЕТИЛМУРАМОВОЙ КИСЛОТЫ NAMH
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
ДЕЛЕЦИОННЫЙ АНАЛИЗ
UDP-N-АЦЕТИЛМУРАМОВАЯ КИСЛОТА
РЕАКЦИЯ ГИДРОКСИЛИРОВАНИЯ
ПРЕВРАЩЕНИЕ
UDP-N-ГЛИКОЛИЛМУРАМОВАЯ КИСЛОТА
МУТАНТЫ
ВОСПРИИМЧИВОСТЬ К ЛИЗОЦИМУ
КЛЕТОЧНЫЕ СТЕНКИ
УМЕНЬШЕНИЕ СТАБИЛЬНОСТИ
MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (BACT.)

Доп.точки доступа:
Raymond, Jon B.; Mahapatra, Sebabrata; Crick, Dean C.; Pavelka, Martin S.

17.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI48) 06.07-04Т2.207

Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 [Текст] / Д. В. Акимов [и др.] // Биомед. химия. - 2005. - Т. 51, N 3. - С. 335-340 . - ISSN 0042-8809
Аннотация: Интеграза - фермент, необходимый для репликации вируса иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1). В настоящее время ароматические производные дикетокарбоновых кислот рассматриваются в качестве перспективных ингибиторов интегразы ВИЧ-1. Одно из соединений, относящихся к этому классу, находится на стадии клинических испытаний. Мы создали выборку из 90 производных дикетокарбоновых кислот и провели обучение программы PASS. Точность прогноза антиинтегразной активности при скользящем контроле с исключением по одному составила 99%. Среди более чем 700 тысяч структур коммерчески доступных химических соединений проведен поиск новых потенциальных ингибиторов интегразы ВИЧ-1. Отобрано и исследовано 8 веществ, для которых эта активность была предсказана с относительно высокой вероятностью; для двух соединений наличие антиинтегразной активности подтверждено в эксперименте. Россия, ГУ НИИ биомед. хим. РАМН, Москва. Библ. 19

ГРНТИ	34.45.21

ВИНИТИ 341.45.21.95.47.17
Рубрики: ИНГИБИТОРЫ ИНТЕГРАЗЫ ВИЧ-1
НОВЫЕ ФОРМЫ
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Акимов, Д.В.; Филимонов, Д.А.; Приказчикова, Т.А.; Готтих, М.Б.; Поройков, В.В.

18.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 06.08-04А3.920Д

Акимов, Д. В.
Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 [Текст] : автореф. Дис. на соиск. уч. степ. канд. биол. наук / Д. В. Акимов ; НИИ биомед. хим. РАМН, Москва. - Москва, 2006. - 21 с. : ил.
Аннотация: Создана обучающая выборка, состоящая из 90 дикетокарбоновых ингибиторов интегразы ВИЧ-1, которая позволила получить наиболее полную информацию о взаимосвязи их структуры и активности. После обучения программы PASS точность компьютерного прогноза ингибиторной активности в отношении интегразы ВИЧ-1 составила более 99%. Анализ взаимосвязи "структура-активность" дикетокарбоновых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 позволил определить структурные элементы, вносящие положительный и отрицательный вклад в проявление данного вида биологической активности. В результате виртуального скрининга более чем 750 тысяч коммерчески доступных образцов химических соединений отобрано 8 веществ, для которых проявление антиинтегразной активности наиболее вероятно. В результате экспериментального тестирования отобранных соединений на ингибиторную активность выявлено 2 ранее не описанных в литературе ингибитора интегразы ВИЧ-1, относящихся к классу производных дикетокарбоновых кислот. Библ. 11

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.17
Рубрики: ИНГИБИТОР ИНТЕГРАЗЫ ВИЧ-1
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК
СТРУКТУРА-АКТИВНОСТЬ

Доп.точки доступа:
НИИ биомед. хим. РАМН, Москва
Свободных экз. нет

19.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 08.01-04А3.664

Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 [Текст] / Д. С. Дружиловский [и др.] // 4 Московский международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития", Москва, 12-16 марта, 2007. - М., 2007. - Ч. 2. - С. 402 . - ISBN 5-7237-0372-2
Аннотация: Создана компьютерная система для предсказания анти-интегразной активности химических веществ и поиск на ее основе новых ингибиторов интегразы. Проанализировали специфичность действия известных ингибиторов интегразы и применили установленные взаимосвязи структура-активность для поиска новых перспективных соединений. Для анализа взаимосвязей "структура-активность" использовали компьютерную программу PASS. Создана выборка из 704 соединений, представляющих собой различные химические классы ингибиторов интегразы. Оценка качества прогноза проявления ингибиторной активности производилась на основе скользящего контроля с исключением по одному для всей обучающей выборки. Прогноз осуществлялся на основе структурной формулы соединений для 2 млн. химических структур и были отобраны 74 соединения для экспериментального исследования с вероятностью наличия активности более 70%. Также были определены структурные элементы, вносящие положительный либо отрицательный вклад в анти-интегразную активность. Для комплексной оценки спектров биологической активности использовалась компьютерная программа PharmaExpert. С помощью этой программы отобраны соединения, имевшие с высокой вероятностью наличие требуемой активности и малую вероятность побочных/токсических эффектов. Девять соединений, отобранных на основе прогноза, проявили анти-интегразную активность ин-витро. Россия, ГУ НИИ биомед. хим. РАМН, Москва

ГРНТИ	34.05.25

ВИНИТИ 341.05.25.15.29
Рубрики: ИНГИБИТОРЫ ИНТЕГРАЗЫ ВИЧ-1
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Дружиловский, Д.С.; Филимонов, Д.А.; Лагунин, А.А.; Глориозова, Т.А.; Поройков, В.В.

20.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI39) 08.05-04К1.18

Bobba, Raja S.
A review of the Sapporo and revised Sapporo criteria for the classification of antiphospholipid syndrome. Where do the revised Sapporo criteria add value? [Text] / Raja S. Bobba, Sindhu R. Johnson, Aileen M. Davis // J. Rheumatol. - 2007. - Vol. 34, N 7. - P1522-1527 . - ISSN 0315-162X
Перевод заглавия: Обзор Саппоро и пересмотренных Саппоро критериев для классификации антифосфолипидного синдрома. Что добавляют пересмотренные Саппоро критерии?
Аннотация: Провели компьютерный поиск статей, описывающих использование и интерпретацию исходных и пересмотренных Саппоро критериев антифосфолипидного синдрома (АФС) в клинической практике. Выявили 405 источников, из которых тщательно проанализировали 36 статей. Пересмотренные Саппоро критерии включают достижения в клинической и лабораторной диагностике АФС за последние 15 лет. В тоже время сложность критериев, диагностических и иммунологических тестов ограничивает их выполнимость. Отличительная особенность пересмотренных Саппоро критериев до конца неизвестна и необходимо проведение дополнительных многоцентровых исследований для решения вопроса о более высокой их клинической значимости. Канада, McMaster Univ., Hamilton, Ontario. Библ. 40

ГРНТИ	34.43.05

ВИНИТИ 341.43.05.99
Рубрики: АНТИФОСФОЛИПИДНЫЙ СИНДРОМ
КРИТЕРИИ САППОРО
ДИАГНОСТИКА
КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПОИСК

Доп.точки доступа:
Johnson, Sindhu R.; Davis, Aileen M.

1-20 21-25

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска