СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>S=КОЛЛЕКЦИЯ ECOR<.>)

Общее количество найденных документов : 3
Показаны документы с 1 по 3

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 00.08-04Б2.266

Wang, Yong-Dong.
Rhs elements comprise three subfamilies which diverged prior to acquisition by Escherichia coli [Text] / Yong-Dong Wang, Sheng Zhao, Charles W. Hill // J. Bacteriol. - 1998. - Vol. 180, N 16. - P4102-4110 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Элементы Rhs образуют три подсемейства, которые дивергировали до приобретения Escherichia coli
Аннотация: Изучены 2 новых элемента Rhs из штаммов стандартной коллекции ECOR Escherichia coli. Элемент RhsG из штамма ECOR-11 картирован на 5,5-ей мин, а элемент RhsH из штамма ECOR-45 расположен на 32,8-ой мин, где он находится тандемно с RhsE. Сравнение штаммов K-12 и ECOR-11 показало, что RhsG присутствовал у предка штамма K-12, но затем в основном был делетирован. Филогенетический анализ позволил предположить, что сердцевины 8 известных элементов образуют 3 подсемейства (ПС): RhsA-B-C-F, RhsD-E и RhsG-H. Сердцевины из разных ПС отличаются на 22-29%. Анализ замен, отличающих друг от друга ПС, показал, что сердцевина-предок возникла на ГЦ о богатом фоне, на к-ром шел и процесс разделения ПС. Каждое ПС независимо переходила на менее ГЦ-богатый фон, как у E. coli. Ген vgr, являющийся новым компонентом RhsE и RhsG, кодирует большой белок с 18-19 повторами дипептида вал-гли с периодичностью 8 остатков. США, Dep. Biochem. and Mol. Biol., Pennsylvania State Univ., Philadelphia, PA 17033. Библ. 21

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.23
Рубрики: ФИЛОГЕНИЯ
ПОДСЕМЕЙСТВА RHS
СЕРДЦЕВИНЫ-ПРЕДКИ
ВОЗНИКНОВЕНИЕ
ГЦ БОГАТЫЙ ФОН
ГЕНЫ
ГЕН VGR
КОМПОНЕНТ
RHSE
RHSG
КОДИРОВАНИЕ
БЕЛОК 18-19 ПОВТОРОВ ДИПЕПТИД ВАЛ-ГЛИ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)
КОЛЛЕКЦИЯ ECOR

Доп.точки доступа:
Zhao, Sheng; Hill, Charles W.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 01.02-04Б2.160

Hurtado, Ana.
Accessory DNA in the genomes of representatives of the Escherichia coli reference collection [Text] / Ana Hurtado, Francisco Rodriguez-Valera // J. Bacteriol. - 1999. - Vol. 181, N 8. - P2548-2554 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Вспомогательная ДНК в геномах представителей стандартной коллекции Escherichia coli
Аннотация: Изучены причины больших различий размеров хромосомы у штаммов стандартной коллекции ECOR Escherichia coli. При случайной амплификации полиморфной ДНК (САПД) найдены ПЦР-фрагменты, имеющие у нек-рых, но не у всех штаммов. Их распределение в коллекции ECOR изучено методом гибридизации. Секвенированы 13 фрагментов с разной частотой встречаемости, 3 из к-рых соответствуют широко распространенным маркерам САПД. 2 таких фрагмента содержат гены домашнего хозяйства и присутствуют у всех штаммов E. coli и Salmonella typhimurium LT2. Третий фрагмент, содержащий паралогичную копию dnaK, имеет широкое, но не глобальное распространение. Остальные 10 маркеров САПД встречаются только у нескольких штаммов. Гибридизация показала, что 4 из них присутствуют у 42-97% штаммов ECOR, причем 3 фрагмента содержат открытые рамки считывания, ассоциированные с фагами и плазмидами у E. coli K-12. Остальные 6 фрагментов имеются у 1-4 штаммов. 4 фрагмента негомологичны последовательностям из баз данных, а остальные 2 имеют низкую, но достоверную гомологию с белком синтеза капсулы Klebsiella и РНК-геликазами археев. Содержание ГЦ и динуклеотидов и индекс кодоновой адаптации для этих фрагментов указывают на их экзогенное происхождение по механизму горизонтального переноса. Т. обр. у E. coli имеется большой фонд штаммоспецифичных генов, произошедших за пределами вида. Испания, Div. Microbiol., Ctr. Biol. Mol. y Celular, Univ. Miguel Hernandez, 03550 San Juan de Alicante. Библ. 31

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.03.03.03
Рубрики: ХРОМОСОМЫ
РАЗМЕРЫ
РАЗЛИЧИЯ
ПРИЧИНЫ
СЛУЧАЙНАЯ АМПЛИФИКАЦИЯ ПОЛИМОРФНОЙ ДНК
ПЦР-ФРАГМЕНТЫ
РАСПРЕДЕЛЕНИЕ
МЕТОД ГИБРИДИЗАЦИИ
КОЛЛЕКЦИЯ ECOR
ESCHERCHIA COLI (BACT.)
ШТАММОСПЕЦИФИЧНЫЕ ГЕНЫ
ПРОИСХОЖДЕНИЕ
ВНЕ ВИДА

Доп.точки доступа:
Rodriguez-Valera, Francisco

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 01.02-04Б2.323

Anton, Ana I.
Intraspecific diversity of the 23S rRNA gene and the spacer region downstream in Escherichia coli [Text] / Ana I. Anton, Antonio J. Martinez-Murcia, Francisco Rodriguez-Valera // J. Bacteriol. - 1999. - Vol. 181, N 9. - P2703-2709 . - ISSN 0021-9193
Перевод заглавия: Внутривидовое разнообразие гена рРНК 23S и 3'-спейсерной области у Escherichia coli
Аннотация: Полностью секвенирован ген rrl рРНК 23S и его 3'-спейсерная область у 6 штаммов Escherichia coli из коллекции ECoR. Обнаружены 67 полиморфных сайтов. Уровень вариации на нуклеотид в rrl такой же, как в гене rrs рРНК 16S. Размер гена rrl высококонсервативен (2902-2905 п. н.). Большинство полиморфных сайтов картировано в 5 спиралях вторичной структуры. Эти области секвенированы у большого числа изолятов и обнаружено несколько вариаций. Последовательности в одной и той же спирали у 2 разных штаммов часто дивергентны, а промежуточные формы не существуют. Межцистронная вариабельность rrl меньше, чем в гене rrs. ПЦР-анализ всех штаммов коллекции ECOR обнаружил присутствие 2 характеристич. последовательностей и корреляции с кластерами ЭФ мультилокусных ферментов. Мода вариации генов rrl и rrs одинакова. Картина вариации хорошо объясняется гомогенизацией генных семейств и переносом последовательностей из разных клональных линий. Эти факторы более важны для эволюции, чем одиночные мутации. В спейсере между генами рРНК 23S и 5S имеется высокополиморфная область, особенно на 3'-конце. Испания, Unidad Microbiol., Ctr. Biol. Mol. y Celular, Univ. Miguel Hernandez, 03550 Son Juan, Alicante. Библ. 33

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.23
Рубрики: ГЕНЫ
ГЕН RRL РРНК 23S
3'-СПЕЙСЕРНАЯ ОБЛАСТЬ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ
ПОЛИМОРФНЫЕ САЙТЫ
ВНУТРИВИДОВОЕ
РАЗНООБРАЗИЕ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)
КОЛЛЕКЦИЯ ECOR

Доп.точки доступа:
Martinez-Murcia, Antonio J.; Rodriguez-Valera, Francisco

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска