СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>S=ШТАММ О1 ELTOR INABA N301<.>)

Общее количество найденных документов : 2
Показаны документы с 1 по 2

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 13.07-04Б2.161

Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ штамма Vibrio cholerae 01 Eltor Inaba N301 [Текст] : тез.[10 Съезд Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов "Итоги и перспективы обеспечения эпидемиологического благополучия населения Российской Федерации", Москва, 12-13 апр., 2012] / М. Л. Маркелов [и др.] // Инфекц. и иммунитет. - 2012. - Т. 2, N 1-2. - С. 297 . - ISSN 2220-7619
Аннотация: Объектом нашего исследования явился штамм Vibrio cholerae Ol Eltor Inaba N 30 выделенный из морской воды в районе г. Таганрог летом 2011. Протокол полногеномного секвенирования включал следующие этапы: секвенирование фрагментных библиотек на Roche 454 GS Junior system с использованием версии реактивов Titanium; сборка контигов de novo с помощью программного обеспечения Newbler 2,5, параметры сборки контигов были оптимизированы для получения высоких значений N50. Всего секвенировано 218 882 участка считывания (УО), при этом средняя длина УО составила 350 п.н. В результате сборки de novo собрано 124 контига со средним покрытием 33х, при этом 50% всех секвенированных нуклеотидов были включены в контиги длинной не менее 132 тыс. п.н. Общая длина всех контигов составила порядка 4 млн. п.н., GC состав - 47,6%. Автоматическое аннотирование контигов на основе алгоритма Glimmer3 выявило 3680 открытых рамок считывания. Исследуемый изолят 2011EL-0301 несет гибридный профаг СТХф локализованный в 1 хромосоме при этом профаг несет аллель сtx B классического типа, arstR - аллель типа Эль-Тор. Россия, ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва

ГРНТИ	34.27.21

ВИНИТИ 341.27.21.09.02
Рубрики: VIBRIO CHOLERAE (BACT.)
ШТАММ О1 ELTOR INABA N301
ГЕНОМ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ
БИБЛИОТЕКИ
ФРАГМЕНТНЫЕ
КОНТИГИ
АННОТИРОВАНИЕ
БИОИНФОРМАТИКА
ПРОГРАММА GLIMMER3

Доп.точки доступа:
Маркелов, М.Л.; Кулешов, К.В.; Детков, В.Г.; Шипулин, Г.А.; Водпьянов, С.О.; Керманов, А.В.; Кругликов, В.Д.; Водопьянов, А.С.; Мазрухо, А.Б.; Писанов, Р.В.

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 13.07-04Б4.112

Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ штамма Vibrio cholerae 01 Eltor Inaba N301 [Текст] : тез.[10 Съезд Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов "Итоги и перспективы обеспечения эпидемиологического благополучия населения Российской Федерации", Москва, 12-13 апр., 2012] / М. Л. Маркелов [и др.] // Инфекц. и иммунитет. - 2012. - Т. 2, N 1-2. - С. 297 . - ISSN 2220-7619
Аннотация: Объектом нашего исследования явился штамм Vibrio cholerae Ol Eltor Inaba N 30 выделенный из морской воды в районе г. Таганрог летом 2011. Протокол полногеномного секвенирования включал следующие этапы: секвенирование фрагментных библиотек на Roche 454 GS Junior system с использованием версии реактивов Titanium; сборка контигов de novo с помощью программного обеспечения Newbler 2,5, параметры сборки контигов были оптимизированы для получения высоких значений N50. Всего секвенировано 218 882 участка считывания (УО), при этом средняя длина УО составила 350 п.н. В результате сборки de novo собрано 124 контига со средним покрытием 33х, при этом 50% всех секвенированных нуклеотидов были включены в контиги длинной не менее 132 тыс. п.н. Общая длина всех контигов составила порядка 4 млн. п.н., GC состав - 47,6%. Автоматическое аннотирование контигов на основе алгоритма Glimmer3 выявило 3680 открытых рамок считывания. Исследуемый изолят 2011EL-0301 несет гибридный профаг СТХф локализованный в 1 хромосоме при этом профаг несет аллель сtx B классического типа, arstR - аллель типа Эль-Тор. Россия, ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва

ГРНТИ	34.27.29

ВИНИТИ 341.27.29.07.13.09
Рубрики: VIBRIO CHOLERAE (BACT.)
ШТАММ О1 ELTOR INABA N301
ГЕНОМ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ
БИБЛИОТЕКИ
ФРАГМЕНТНЫЕ
КОНТИГИ
АННОТИРОВАНИЕ
БИОИНФОРМАТИКА
ПРОГРАММА GLIMMER3

Доп.точки доступа:
Маркелов, М.Л.; Кулешов, К.В.; Детков, В.Г.; Шипулин, Г.А.; Водпьянов, С.О.; Керманов, А.В.; Кругликов, В.Д.; Водопьянов, А.С.; Мазрухо, А.Б.; Писанов, Р.В.

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска