СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>S=МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ<.>)

Общее количество найденных документов : 7
Показаны документы с 1 по 7

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 03.10-04Б2.111

Автор(ы) : Schilling Christophe H., Palsson Bernhard O.
Заглавие : Assessment of the metabolic capabilities of Haemophilus influenzae Rd through a genome-scale pathway analysis
Источник статьи : J. Theor. Biol. - 2000. - Vol. 203, N 3. - С. 249-283
Аннотация: На основании аннотированной геномной последовательности Haemophilus influenzae Rd реконструирована его метаболич. сеть, к-рая состоит из 461 реакций с участием 367 внутриклеточных и 84 внеклеточных метаболитов. Метаболич. сеть H. influenzae подразделена на 6 подсистем, для каждой из к-рых на основании стехиометрич., термодинамич. и системных ограничений определены "предельные" пути. Положительные линейные комбинации этих путей могут быть использованы для определения предельных путей всей системы, к-рые можно применить для решения следующих физиологич. вопросов: 1) исправления аннотаций нуклеотидной последовательности за счет идентификации реакций, ф-ции к-рых не могут поддерживаться ни одним из предельных путей; 2) идентификации продуктов генов, регулируемых и экспрессируемых совместно; 3) определения минимальных субстратных потребностей для поддержания 51 необходимого метаболич. продукта (аминокислот, нуклеотидов, фосфолипидов и т. д.); 4) определения критич. делеций генов в присутствии минимального набора субстратов или в более полных условиях, отражающих поведение H. influenzae в организме человека (в первом случае определены 16 критич. генов, 6 из к-рых остаются критич. и во втором случае). США, Dep. Bioeng., Univ. California, La Jolla, CA 92093-0412. Библ. 35
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: МЕТАБОЛИЗМ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
РЕКОНСТРУКЦИЯ
ПОДСИСТЕМЫ
"ПРЕДЕЛЬНЫЕ" ПУТИ
ГЕНЫ
КРИТИЧЕСКИЕ ГЕНЫ МЕТАБОЛИЗМА
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
HEMOPHILUS INFLUENZAE (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 06.07-04Б2.266

Автор(ы) : Velazquez, Francisco, Parro, Victor, de, Lorenzo Victor
Заглавие : Inferring the genetic network of m-xylene metabolism through expression profiling of the xyl genes of Pseudomonas putida mt-2
Источник статьи : Mol. Microbiol. - 2005. - Vol. 57, N 6. - С. 1557-1569
Аннотация: TOL-плазмида pWW0 Pseudomonas putida несет гены катаболизма m-ксилена. Для конструкции субгеномной сети структурных и регуляторных генов плазмиды, их взаимодействия при появлении m-ксилена в среде, последовательности генов xyl были помещены рядом с нек-рыми выбранными генами P. putida, чья транскрипция является признаком определенных физиологич. состояний. Таким образом стало возможным проследить экспрессию генов TOL-пути в ответ на субстраты его различ. этапов. Была выявлена регуляторная сеть, превосходящая и перекрывающая все предположения, сделанные при изучении конкретных промоторов генов. Так, посттранскрипционный контроль снижает затраты, вызываемые непродуктивной индукцией TOL-оперона. Далее, судьба различных сегментов полицистронной мРНК TOL-оперонов меняется в зависимости от метаболизма их индукторов. Наконец, m-ксилен индуцирует тепловой шок, включение к-рого влияет на оптимальную экспрессию катаболитных генов. Получ. рез-ты выявляют такой уровень регуляторных взаимоотношений между функциями, кодируемыми TOL-плазмидой, и физиологией клетки-хозяина, к-рый является более широким и сложным, чем контроль инициации транскрипции. Испания, (de Lorenzo V.) Centro Nac. de Biotecnol.-CSIC, Campus UAM-Cantoblanco, Madrid 28049. Библ. 51
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: БИОДЕГРАДАЦИЯ
M-КСИЛЕН
ПЛАЗМИДА TOL
СТРУКТУРА
ПЛАЗМИДНЫЕ ГЕНЫ
ГЕНЫ МЕТАБОЛИЗМА M-КСИЛЕНА
СТРУКТУРНЫЕ ГЕНЫ
РЕГУЛЯТОРНЫЕ ГЕНЫ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 09.03-04Б4.123

Автор(ы) : Oberhardt Matthew A., Puchalka, Jacek, Fryer Kimberly E., Martins dos Santos Vitor A.P., Papin Jason A.
Заглавие : Genome-scale metabolic network analysis of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa PAO1
Источник статьи : J. Bacteriol. - 2008. - Vol. 190, N 8. - С. 2790-2803
Аннотация: Pseudomonas aeruginosa - грамотрицательная бактерия, она распространена повсеместно и способна жить в широком диапазоне условий. P. aeruginosa вызывает инфекционный процесс у людей с ослабленными иммунитетом. Возможность существовать при различных условиях внешней среды обеспечивается у этой бактерии универсальным и легко приспособляемым к изменениям условий метаболизмом. У P. aeruginosa PAO1 сконструирована модель метаболич. системы на геномном уровне, к-рая включила в себя 1056 генов (19% генома), 1030 белков и 883 реакции. В построении модели учитывались возможные связи ген-фермент-реакция, а также стехиометрич. и термодинамич. особенности всех рассмотренных реакций. Данный процесс реконструкции привел к пересмотру функций нек-рых открытых рамок считывания. Для проверки модели проводили эксперименты по утилизации субстратов у штаммов дикого типа и у 2 мутантов с известными наборами транспозонных мутаций. Предсказанные с помощью модели рез-ты совпадали с реальными данными на 85-90%. С помощью предложенной модели сделаны нек-рые предсказания, касающиеся физиологии и вирулентности P. aeruginosa PAO1, к-рые необходимо в дальнейшем проверить. США [Papin J. A.], Dep. of Biomed. Engineering, Univ. of Virginia Health System. Box 800759, Charlottesville, VA 22908. Библ. 72
ГРНТИ : 34.27.29
Предметные рубрики: БОЛЕЗНИ
ПНЕВМОНИЯ
ВОЗБУДИТЕЛЬ
ХАРАКТЕРИСТИКА
МЕТАБОЛИЗМ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
РЕАКЦИЯ ГЕН-ФЕРМЕНТ
МОДЕЛЬ
КОНСТРУИРОВАНИЕ
PSEUDOMONA AERUGINOSA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 10.11-04Б2.87

Автор(ы) : Yus, Eva, Maier, Tobias, Michalodimitrakis, Konstantinos, Van, Noort Vera, Yamada, Takuji, Chen, Wei-Hua, Wodke Judith A.H., Guell, Marc, Martinez, Sira, Bourgeois, Ronan
Заглавие : Impact of genome reduction on bacterial metabolism and its regulation
Источник статьи : Science. - 2009. - Vol. 326, N 5957. - С. 1263-1268
Аннотация: Систематически исследовали одну из самых малых бактерий - Mycoplasma pneumoniae. Изучали метаболическую сеть из 189 реакций, катализируемую 129 ферментами, что позволило разработать определенную минимальную среду из 19 питательных веществ. Проанализировали более 1300 кривых роста в присутствии различных концентраций питательных веществ. Путем измерения биомассы и метаболитов и с помощью экспериментов с {13}C-глюкозой получили информацию по направлениям, потокам и энергетике, добавление транскрипционного профилирования позволило проанализировать метаболическую регуляцию. По сравнению с более сложными бактериями, метаболическая сеть Mycoplasma pneumoniae имеет более линейную топологию и содержит более высокие фракции полифункциональных ферментов, остальные характеристики подобны другим бактериям. www.sciencemag.org. Science, v.326, 2009. Библ. 36
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ГЕНОМ
РЕДУКЦИЯ
ВЛИЯНИЕ НА
МЕТАБОЛИЗМ
ЛИНЕЙНАЯ ТОПОЛОГИЯ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
MYCOPLASMA PNEUMONIA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 10.11-04Б4.148

Автор(ы) : Yus, Eva, Maier, Tobias, Michalodimitrakis, Konstantinos, Van, Noort Vera, Yamada, Takuji, Chen, Wei-Hua, Wodke Judith A.H., Guell, Marc, Martinez, Sira, Bourgeois, Ronan
Заглавие : Impact of genome reduction on bacterial metabolism and its regulation
Источник статьи : Science. - 2009. - Vol. 326, N 5957. - С. 1263-1268
Аннотация: Систематически исследовали одну из самых малых бактерий - Mycoplasma pneumoniae. Изучали метаболическую сеть из 189 реакций, катализируемую 129 ферментами, что позволило разработать определенную минимальную среду из 19 питательных веществ. Проанализировали более 1300 кривых роста в присутствии различных концентраций питательных веществ. Путем измерения биомассы и метаболитов и с помощью экспериментов с {13}C-глюкозой получили информацию по направлениям, потокам и энергетике, добавление транскрипционного профилирования позволило проанализировать метаболическую регуляцию. По сравнению с более сложными бактериями, метаболическая сеть Mycoplasma pneumoniae имеет более линейную топологию и содержит более высокие фракции полифункциональных ферментов, остальные характеристики подобны другим бактериям. www.sciencemag.org. Science, v.326, 2009. Библ. 36
ГРНТИ : 34.27.29
Предметные рубрики: ГЕНОМ
РЕДУКЦИЯ
ВЛИЯНИЕ НА
МЕТАБОЛИЗМ
ЛИНЕЙНАЯ ТОПОЛОГИЯ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
MYCOPLASMA PNEUMONIA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 11.06-04Б2.164

Автор(ы) : Klasson, Lisa, Andersson Siv G.E.
Заглавие : Research on small genomes: Implications for synthetic biology
Источник статьи : BioEssays. - 2010. - Vol. 32, N 4. - С. 288-295
Аннотация: Синтетическая геномика - новая область исследований, в которой собирают куски малых ДНК в целые геномы. Сильно редуцированные геномы, связанных с хозяином бактерий, часто используют как модели для синтеза de novo малых геномов в лаборатории. В природе столь малые геномы обеспечивают питание для своих хозяев. Сравнительная геномика этих бактерий способна предсказать набор генов, необходимый для основных клеточных функций и метаболическую сеть для биосинтеза необходимых соединений. Исследования в этой области помогают получить специфичные органеллы для продуцирования лекарств для человека и домашних животных. Разрабатываются методы функционального анализа генов и геномов бактерий, которые не могут культивироваться в лаборатории. Швеция, Dep. of Molecular Evolution, Uppsala
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ГЕНОМИКА
СРАВНИТЕЛЬНАЯ
НАБОР ГЕНОВ
КЛЕТОЧНЫЕ ФУНКЦИИ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
СИНТЕТИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ
МАЛЫЕ ГЕНОМЫ
ИССЛЕДОВАНИЕ
ЭНДОСИМБИОНТЫ
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI15) 15.04-04В2.4

Автор(ы) : Maarleved Timo R., Boele, Joost, Bruggeman Frank J., Teusink, Bas
Заглавие : A data integration and visualization resource for the metabolic networkd of Synechocystis sp. PCC 6803
Источник статьи : Plant Physiol. - 2014. - Vol. 164, N 3. - С. 1111-1121
Аннотация: Представлена метаболическая сеть модельной цианобактерии Synechocystis sp. PCC 6803. Обсуждаются возможности использования метаболической карты в экспериментальных исследованиях биологии систем, биоинженерных исследованиях, а также возможность применения этой карты для создания сетей метаболизма, специфичных для др. оргнизмов
ГРНТИ : 34.29.15
Предметные рубрики: CYANOPHYTA (ALGAE)
SYNECHOCYSTIS (ALGAE)
МОДЕЛЬНЫЙ ОРГАНИЗМ
МЕТАБОЛИЧЕСКАЯ СЕТЬ
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
Дата ввода:

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска