СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>S=ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ<.>)

Общее количество найденных документов : 8
Показаны документы с 1 по 8

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 08.06-04Б2.206

Автор(ы) : Fukuda, Yorikane, Okumura, Yoshiko, Takeyama, Haruko, Matsunaga, Tadashi
Заглавие : Dynamic analysis of a genomic island in Magnetospirillum sp. strain AMB-1 reveals how magnetosome synthesis developed
Источник статьи : FEBS Lett. - 2006. - Vol. 580, N 3. - С. 801-812
Аннотация: В впервые описали структуру 96 т. п. н. района генома Magnetospirillum sp. штамм AMB-1, имеющего большое число генов синтеза магнетосомы. С помощью ПЦР-амплификации определили делецию этого района и кольцевой формы после эксцизии их хромосомы, что позволило выдвинуть предположение, что этот район подвергается латеральному переносу. Район имеет свойства геномного острова: низкое содержание ГЦ, локализация между двумя повторами и присутствие интегразы во фланкирующем районе первого повтора. Сравнительный геномный анализ выявил другие районы с высокой концентрацией ортологов в магнитных бактериях. Для синтеза магнетосомы, видимо, необходим не только данный район, но и другие ортологи, а также индивидуальные гены. Япония, Dep. of Biotechnology, Tokyo Univ. of Agriculture and Technoloty, 2-24-16 Koganei, Tokyo 1848588
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ОРГАНЕЛЛЫ
МАГНЕТОСОМА
БИОСИНТЕЗ
ГЕНЫ
ГЕНЫ БИОСИНТЕЗА МАГНЕТОСОМЫ
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
ЛАТЕРАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС
ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
MAGNETOSPIRILLUM (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 11.03-04Б2.96

Автор(ы) : Santiviago Carlos A., Blondel Carlos J., Quezada Carolina P., Silva Cecilia A., Tobar Pia M., Porwollik, Steffen, McClelland, Michael, Andrews-Polymenis Helene L., Toro Cecilia S., Zaldivar, Mercedes, Contreras, Ines
Заглавие : Spontaneous excision of the Salmonella enterica serovar enteritidis-species defective prophage-like element 'фи'SE14
Источник статьи : J. Bacteriol. - 2010. - Vol. 192, N 8. - С. 2246-2254
Аннотация: Для выявления участков генома, специфичных для Salmonella enterica серовар enteritidis, было проведено биоинформатическое исследование, и путем сравнения последовательностей геномов 16 штаммов обнаружен геномный остров (GEI) размером 12.5 т.п.н. Этот GEI встроен в 5'-конец гена ydaO, фланкирован дефектными прямыми повторами attR и attL и содержит 21 ген, кодирующий белки, характерные для бактериофага. В геноме эталонного штамма NTCT13349 он рассматривается как дефектный бактериофаг SE14. Его генетическая структура и локализация консервативны в 99 из 103 изученных штаммов S. enteritidis, включая штаммы сравнения NTCT 13349 и LK5. В каждом штамме, несущем данный GEI, обнаружена внехромосомная циркулярная форма 'фи'SE14. Удалось обнаружить спонтанное вырезание 'фи'SE14, меченного кассетой Tet{R}. Так как 'фи'SE14 является нестабильным генетическим элементом, способным спонтанно вырезаться из хромосомы при обычном росте культуры. Обнаруженная нестабильность этого GEI ставит под сомнение возможность такого использования. Чили, Dep. de Bioquim. y Biol. Mol., Fac. de Ciencias Quim. y Farmac., Univ. de Chile, P.O. Box 174, Correo 22, Santiago. Библ. 53
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
CEI
СТРУКТУРА
МАРКЕРЫ
ПРОФАГОПОДОБНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ
ВНЕХРОМАСОМНЫЕ 'РАДИКАЛ'SE14
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЭЛЕМЕНТЫ
СПОНТАННОЕ ВЫРЕЗАНИЕ
НЕСТАБИЛЬНОСТЬ
SALMONELLA ENTERICA (BACT.)
СЕРОВАР ENTERITIDIS
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 76 (BI14) 11.03-04Б4.42

Автор(ы) : Santiviago Carlos A., Blondel Carlos J., Quezada Carolina P., Silva Cecilia A., Tobar Pia M., Porwollik, Steffen, McClelland, Michael, Andrews-Polymenis Helene L., Toro Cecilia S., Zaldivar, Mercedes, Contreras, Ines
Заглавие : Spontaneous excision of the Salmonella enterica serovar enteritidis-species defective prophage-like element 'фи'SE14
Источник статьи : J. Bacteriol. - 2010. - Vol. 192, N 8. - С. 2246-2254
Аннотация: Для выявления участков генома, специфичных для Salmonella enterica серовар enteritidis, было проведено биоинформатическое исследование, и путем сравнения последовательностей геномов 16 штаммов обнаружен геномный остров (GEI) размером 12.5 т.п.н. Этот GEI встроен в 5'-конец гена ydaO, фланкирован дефектными прямыми повторами attR и attL и содержит 21 ген, кодирующий белки, характерные для бактериофага. В геноме эталонного штамма NTCT13349 он рассматривается как дефектный бактериофаг SE14. Его генетическая структура и локализация консервативны в 99 из 103 изученных штаммов S. enteritidis, включая штаммы сравнения NTCT 13349 и LK5. В каждом штамме, несущем данный GEI, обнаружена внехромосомная циркулярная форма 'фи'SE14. Удалось обнаружить спонтанное вырезание 'фи'SE14, меченного кассетой Tet{R}. Так как 'фи'SE14 является нестабильным генетическим элементом, способным спонтанно вырезаться из хромосомы при обычном росте культуры. Обнаруженная нестабильность этого GEI ставит под сомнение возможность такого использования. Чили, Dep. de Bioquim. y Biol. Mol., Fac. de Ciencias Quim. y Farmac., Univ. de Chile, P.O. Box 174, Correo 22, Santiago. Библ. 53
ГРНТИ : 76.03.43
Предметные рубрики: ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
CEI
СТРУКТУРА
МАРКЕРЫ
ПРОФАГОПОДОБНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ
ВНЕХРОМАСОМНЫЕ 'РАДИКАЛ'SE14
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ЭЛЕМЕНТЫ
СПОНТАННОЕ ВЫРЕЗАНИЕ
НЕСТАБИЛЬНОСТЬ
SALMONELLA ENTERICA (BACT.)
СЕРОВАР ENTERITIDIS
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 12.01-04Б2.178

Автор(ы) : Wu, Chenggang, Cichewicz, Robert, Li, Yihong, Liu, Jinman, Roe, Bruce, Ferretti, Joseph, Merritt, Justin, Qi, Fengxia
Заглавие : Genomic island TnSmu2 of Streptococcus mutans harbors a nonribosomal peptide synthetase-polyketide synthase gene cluster responsible for the biosynthesis of pigments involved in oxygen and H[2]O[2] tolerance
Источник статьи : Appl. and Environ. Microbiol. - 2010. - Vol. 76, N 17. - С. 5815-5826
Аннотация: Микробное сообщество ротовой полости включает более 800 видов микробов, среди который особую роль в возникновении кариеса играет Streptococcus mutans. Геномный остров TnSmu2 Streptococcus mutans составляет более 2% генома. Показал, что TnSmu2 несет генный кластер, кодирующий нерибосомную пептидсинтетазы (NRPS), поликетидсинтазу и (PKS) сопутствующие белки и регуляторы. Последовательности этих генов и их геномная организация сильно отличаются среди различных штаммов S. mutans, но каждый TnSmu2 кодирует NRPS/PKS и белки. Изучение мутагенеза и регуляции генов в штаммах UA159, UA140 и NE4653 выявил оизменение пигментации, задержку роста при аэробных условиях и в присутствии Н[2]O[2]. Устанвоили, что TnSmu2 преобладает среди 95 клинич. изолятов S. mutans. США, College of Dentistry, The Univ.of Oklahoma City, Oklahoma 73104
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: STREPROCOCCUS MUTANS (BACT.)
ВОЗБУДИТЕЛЬ КАРИЕСА
ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
TNSMU2
КОДИРОВАНИЕ
ГЕНЫ НЕРИБОСОМНОЙ ПЕПТИДСИНТЕТАЗЫ ФУНКЦИИ
ПИГМЕНТАЦИЯ
ТОЛЕРАНТНОСТЬ
КИСЛОРОД
H[2]O[2]
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 12.01-04Б4.178

Автор(ы) : Wu, Chenggang, Cichewicz, Robert, Li, Yihong, Liu, Jinman, Roe, Bruce, Ferretti, Joseph, Merritt, Justin, Qi, Fengxia
Заглавие : Genomic island TnSmu2 of Streptococcus mutans harbors a nonribosomal peptide synthetase-polyketide synthase gene cluster responsible for the biosynthesis of pigments involved in oxygen and H[2]O[2] tolerance
Источник статьи : Appl. and Environ. Microbiol. - 2010. - Vol. 76, N 17. - С. 5815-5826
Аннотация: Микробное сообщество ротовой полости включает более 800 видов микробов, среди который особую роль в возникновении кариеса играет Streptococcus mutans. Геномный остров TnSmu2 Streptococcus mutans составляет более 2% генома. Показал, что TnSmu2 несет генный кластер, кодирующий нерибосомную пептидсинтетазы (NRPS), поликетидсинтазу и (PKS) сопутствующие белки и регуляторы. Последовательности этих генов и их геномная организация сильно отличаются среди различных штаммов S. mutans, но каждый TnSmu2 кодирует NRPS/PKS и белки. Изучение мутагенеза и регуляции генов в штаммах UA159, UA140 и NE4653 выявил об изменение пигментации, задержку роста при аэробных условиях и в присутствии Н[2]O[2]. Установили, что TnSmu2 преобладает среди 95 клинич. изолятов S. mutans. США, College of Dentistry, The Univ.of Oklahoma City, Oklahoma 73104
ГРНТИ : 34.27.29
Предметные рубрики: STREPTOCOCCUS MUTANS (BACT.)
ВОЗБУДИТЕЛЬ КАРИЕСА
ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
TNSMU2
КОДИРОВАНИЕ
ГЕНЫ НЕРИБОСОМНОЙ ПЕПТИДСИНТЕТАЗЫ ФУНКЦИИ
ПИГМЕНТАЦИЯ
ТОЛЕРАНТНОСТЬ
КИСЛОРОД
H[2]O[2]
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 12.03-04Б4.225

Автор(ы) : Mosberg Joshua A., Yep, Alejandra, Meredith Timothy C., Smith, Sara, Wang, Pan-Fen, Holler Tod P., Mobley Harry L.T., Woodard Ronald W.
Заглавие : A unique arabinose 5-phosphate isomerase found within a genomic island associated with the uropathogenicity of Escherichia coli CFT073
Источник статьи : J. Bacteriol. - 2011. - Vol. 193, N 12. - С. 2981-2988
Аннотация: У уропатогенной Escherichia coli CFT073 геномный остров PaI-metV необходим для успешной колонизации этим штаммом почек мышей. Делеция генов с3405-с3410 из этого острова приводит к тому, что мутантный штамм не может конкурировать со штаммом CFT073 дикого типа при одновременном трансуретральном введении в мышей, и не может независимо колонизировать почки мышей. Анализ генов с3405-с3410 показал, что они составляют оперон, участвующий в поглощении и утилизации неизвестного углевода. Этот оперон отсутствует у E. coli K12, но обнаружен у нек-рых патогенных штаммов E. coli и Shigella boydii. Оказалось, что ген с3406 кодирует белок, гомологичный изомеразному домену арабинозо-5-фосфат-изомеразы, но последовательность, кодирующая тандемные цистатионин-бета-синтазные домены, характерные для арабинозо-5-фосфат-изомераз E. coli, в этом гене не обнаружена. США (Woodard R.W.) Dep. of Med. Chem., Univ. of Michigan, Ann Arbor, MI 48109-1065. Библ. 26
ГРНТИ : 34.27.29
Предметные рубрики: АРАБИНОЗО-5-ФОСФАТ-ИЗОМЕРАЗА
ОБНАРУЖЕНИЕ
ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
PA1-METV
ГЕН С3406
ФУНКЦИИ
ESCHERICHIA COLI (BACT.)
УРОПАТОГЕННЫЙ ШТАММ
КОЛОНИЗАЦИЯ
ПОЧКИ МЫШЕЙ
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 12.04-04Б4.156

Автор(ы) : Dubois, Damien, Baron, Olivier, Cougnoux, Antony, Delmas, Julien, Pradel, Nathalie, Boury, Michele, Bouchon, Bernadette, Bringer, Marie-Agnes, Nougayrede, Jean-Philippe, Oswald, Eric, Bonnet, Richard
Заглавие : ClbP is a prototype of a peptidase subgroup involved in biosynthesis of nonribosomal peptides
Источник статьи : J. Biol. Chem. - 2011. - Vol. 286, N 41. - С. 35562-35570
Аннотация: Геномный остров pks Escherichia coli кодирует синтазы поликетидного (РК) и нерибосомного пептида (NRP), участвующие в сборке гибридного колибактина, индуцирующего двунитевые разрывы ДНК в эукариотических клетках. В механизме, кодируемом pks, задействован атипичный белок ClbP. При изучении его кристаллической структуры выявили серин-активный сайт и оригинальные структурные свойства, совместимые с пептидазной активностью, обнаруженной при биохимических исследованиях. Идентифицировали in silico 10 гомологов ClbP в геномных островах NTP родственных бактериальных видов. Все протестированные гомологи комплементировали clbP-дефектный мутант E. coli. Следовательно, ClbP-прототип нового подсемейства экстрацитоплазматических пептидаз, участвующих в созревании NRP. Франция, Laboratoire de Bacteriologie Cliniaue, Centre Hospitalier de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferand F-63003
ГРНТИ : 34.27.29
Предметные рубрики: ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
РКS
КОДИРОВАНИЕ СИНТЕЗА ПОЛИКЕТИДНОГО РК
БЕЛОК
АТИПИЧНЫЙ
СLBP
ГОМОЛОГИ
ПЕПТИДАЗЫ
НЕРИБОСОМНЫЙ ПЕПТИД NRP
ESCHERICHIA COLI (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 13.03-04Б2.145

Автор(ы) : Melnyk Ryan A., Engelbkrektson, Anna, Clark Iain C., Carlson Hans K., Byrne-Bailey, Kathy, Coates John D.
Заглавие : Identification of a perchlorate reduction genomic island with novel regulatory and metabolic genes
Источник статьи : Appl. and Environ. Microbiol. - 2011. - Vol. 77, N 20. - С. 7401-7404
Аннотация: Провели сравнительный анализ геномов четырех диссимиляционных перхлорат-редуцирующих бактерий и выявили геномный остров, ассоциированный с редукцией перхлората. Помимо охарактеризованных генов метаболизма для перхлорат-редуктазы и хлориддисмутазы, остров содержит множественные не охарактеризованные консервативные гены, возможно, участвующие в транспорте электронов и регуляции. США, Dep. of Plant and Microbial Biology, Univ. of California, Berkeley, Berkeley, California
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ГЕНОМ
ДИССИМИЛЯЦИОННЫЕ ПЕРХЛОРАТ-РЕДУЦИРУЮЩИЕ БАКТЕРИИ
ГЕНОМНЫЙ ОСТРОВ
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
ГЕНЫ ПЕРХЛОРАТА
ГЕНЫ МЕТАБОЛИЗМА ХЛОРИДДИСМУТАЗА
ГЕНЫ ТРАНСПОРТА ЭЛЕКТРОНОВ
ГЕНЫ РЕГУЛЯЦИИ
Дата ввода:

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска