Главная Назад


Авторизация
Идентификатор пользователя / читателя
Пароль (для удалённых пользователей)
 

Вид поиска
Область поиска
в найденном
Найдено в других БД
Формат представления найденных документов:
библиографическое описаниекраткий полный
Отсортировать найденные документы по:
авторузаглавиюгоду изданиятипу документа
Поисковый запрос: (<.>S=АННОТИРОВАНИЕ<.>)
Общее количество найденных документов : 22
Показаны документы с 1 по 20
 1-20    21-22 
1.

Вид документа : Однотомное издание
Патент 5605158 Соединенные Штаты Америки, МКИ A61B 5/04.

Автор(ы) : Snell Jeffery D.
Заглавие : Apparatus for annotating physiological waveforms .-
Выходные данные : Б.м.,Б.г.
Коллективы : Pacesetter, Inc.
2.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 15.09-04Б2.366

Автор(ы) : Gao, Xue, Jian, Jia, Li, Wen-Jie, Yang, Yu-Cheng, Shen, Xiao-Wen, Sun, Zhi-Rong, Wu, Qiong, Chen, Guo-Qiang
Заглавие : Genomic study of polyhydroxyalkanoates producing Aeromonas hydrophila 4AK4
Источник статьи : Appl. Microbiol. and Biotechnol. - 2013. - Vol. 97, N 20. - С. 9099-9109
Аннотация: Секвенировали и аннотировали полный геном грамотрицательной бактерии Aeromonas hydrophila 4AK4, применяемой в промышленном производстве поли(3-гидроксибутирата-ко-3-гидроксигексоноата). Геном размером 4527993 п.н. содержит 4272 гена, в том числе, 28 генов рРНК и 104 гена тРНК. Идентифицировали гены, перенесенные из др. видов и даже родов бактерий. Предсказано множество потенциальных генов вирулентности. Однако ген цитотоксического энтеротоксина (Ast) у A. hydrophila 4AK4 отсутствует, что, вероятно, объясняет сниженную вирулентность этого штамма. Предсказаны и охарактеризованы гены метаболизма полигидроксиалканоата
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ГЕНОМ
AEROMONAS HYDROPHILA 4AK4 (BACT.)
СЕКВЕНИРОВАНИЕ
АННОТИРОВАНИЕ
ПОЛИГИДРОКСИАЛКАНОАТЫ
МЕТАБОЛИЗМ
Дата ввода:
3.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 13.07-04Б2.161

Автор(ы) : Маркелов М.Л., Кулешов К.В., Детков В.Г., Шипулин Г.А., Водпьянов С.О., Керманов А.В., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Мазрухо А.Б., Писанов Р.В.
Заглавие : Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ штамма Vibrio cholerae 01 Eltor Inaba N301 : Тез.[10 Съезд Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов "Итоги и перспективы обеспечения эпидемиологического благополучия населения Российской Федерации", Москва, 12-13 апр., 2012]
Источник статьи : Инфекц. и иммунитет. - 2012. - Т. 2, N 1-2. - С. 297
Аннотация: Объектом нашего исследования явился штамм Vibrio cholerae Ol Eltor Inaba N 30 выделенный из морской воды в районе г. Таганрог летом 2011. Протокол полногеномного секвенирования включал следующие этапы: секвенирование фрагментных библиотек на Roche 454 GS Junior system с использованием версии реактивов Titanium; сборка контигов de novo с помощью программного обеспечения Newbler 2,5, параметры сборки контигов были оптимизированы для получения высоких значений N50. Всего секвенировано 218 882 участка считывания (УО), при этом средняя длина УО составила 350 п.н. В результате сборки de novo собрано 124 контига со средним покрытием 33х, при этом 50% всех секвенированных нуклеотидов были включены в контиги длинной не менее 132 тыс. п.н. Общая длина всех контигов составила порядка 4 млн. п.н., GC состав - 47,6%. Автоматическое аннотирование контигов на основе алгоритма Glimmer3 выявило 3680 открытых рамок считывания. Исследуемый изолят 2011EL-0301 несет гибридный профаг СТХф локализованный в 1 хромосоме при этом профаг несет аллель сtx B классического типа, arstR - аллель типа Эль-Тор. Россия, ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: VIBRIO CHOLERAE (BACT.)
ШТАММ О1 ELTOR INABA N301
ГЕНОМ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ
БИБЛИОТЕКИ
ФРАГМЕНТНЫЕ
КОНТИГИ
АННОТИРОВАНИЕ
БИОИНФОРМАТИКА
ПРОГРАММА GLIMMER3
Дата ввода:
4.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI14) 13.07-04Б4.112

Автор(ы) : Маркелов М.Л., Кулешов К.В., Детков В.Г., Шипулин Г.А., Водпьянов С.О., Керманов А.В., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Мазрухо А.Б., Писанов Р.В.
Заглавие : Полногеномное секвенирование и филогенетический анализ штамма Vibrio cholerae 01 Eltor Inaba N301 : Тез.[10 Съезд Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов "Итоги и перспективы обеспечения эпидемиологического благополучия населения Российской Федерации", Москва, 12-13 апр., 2012]
Источник статьи : Инфекц. и иммунитет. - 2012. - Т. 2, N 1-2. - С. 297
Аннотация: Объектом нашего исследования явился штамм Vibrio cholerae Ol Eltor Inaba N 30 выделенный из морской воды в районе г. Таганрог летом 2011. Протокол полногеномного секвенирования включал следующие этапы: секвенирование фрагментных библиотек на Roche 454 GS Junior system с использованием версии реактивов Titanium; сборка контигов de novo с помощью программного обеспечения Newbler 2,5, параметры сборки контигов были оптимизированы для получения высоких значений N50. Всего секвенировано 218 882 участка считывания (УО), при этом средняя длина УО составила 350 п.н. В результате сборки de novo собрано 124 контига со средним покрытием 33х, при этом 50% всех секвенированных нуклеотидов были включены в контиги длинной не менее 132 тыс. п.н. Общая длина всех контигов составила порядка 4 млн. п.н., GC состав - 47,6%. Автоматическое аннотирование контигов на основе алгоритма Glimmer3 выявило 3680 открытых рамок считывания. Исследуемый изолят 2011EL-0301 несет гибридный профаг СТХф локализованный в 1 хромосоме при этом профаг несет аллель сtx B классического типа, arstR - аллель типа Эль-Тор. Россия, ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва
ГРНТИ : 34.27.29
Предметные рубрики: VIBRIO CHOLERAE (BACT.)
ШТАММ О1 ELTOR INABA N301
ГЕНОМ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ
БИБЛИОТЕКИ
ФРАГМЕНТНЫЕ
КОНТИГИ
АННОТИРОВАНИЕ
БИОИНФОРМАТИКА
ПРОГРАММА GLIMMER3
Дата ввода:
5.

Вид документа : Статья из сборника (однотомник)
РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 11.11-04Б2.95

Автор(ы) : Уваровский А.Н., Алексеев Д.Г.
Заглавие : Протеогеномный анализ Mycoplasma gallisepticum и Spiroplasma millifera
Источник статьи : Труды 53 научной конференции МФТИ "Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук", Москва-Долгопрудный (Моск. обл.), 24-29 нояб., 2010. - Долгопрудный (Моск. обл.), 2010. - Молекулярная и биологическая физика, Ч. 4. - С. 130-131
Аннотация: Одним из новейших алгоритмов, позволяющих увеличить точность аннотации генома, является протеогеномное аннотирование. Суть метода заключается в параллельном использовании методов протеомного профилирования при аннотации генома или использовании данных о протеоме для коррекции уже сделанной геномной аннотации. В данной работе было проведено протеогеномное профилирование Mycoplasma gallisepticum и Spiroplasma milliferum, что позволило создать более точную аннотацию геномов данных микроорганизмов. Используя ранее полученные данные о других штаммах, авторы исследовали протеом на предмет толерантности к геному. Россия, Московский физико-технический ин-т (гос. ун-т)
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: MYCOPLASMA GALLISEPTICUM (BACT.)
SPIROPLASMA MILLIFERUM (BACT.)
ГЕНОМ
АННОТИРОВАНИЕ
ПРОТЕОМ
ПРОФИЛИРОВАНИЕ
ПРОТЕОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ
Дата ввода:
6.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI36) 12.11-04А4.207

Автор(ы) : Vitanovski, Dime, Schaller, Christian, Han, Dieter, Daum, Volker, Hornegger, Joachim
Заглавие : 3D annotation and manipulation of medical anatomical structures : Докл.[Conference "Medical Imaging 2009: Visualization, Image-Guided Procedures, and Modeling", Lake Buena Vista, Fla, 8-10 Febr., 2009]
Источник статьи : Proc. SPIE. - 2009. - Vol. 7261. - С. 72611H/1-72611H/8
Аннотация: Несмотря на возможность трехмерной регистрации с помощью медицинских сканеров, манипуляции и аннотирование собранных данных выполняются в стандартной двумерной среде. Разработана структура для аннотирования непосредственно в трехмерной среде с помощью двух новых передовых технологий устройства отображения и контроллера данных. Определена некомпланарная установка инфракрасных светодиодов с известной и точной позицией, которая отслеживается контроллером. Германия, Chair of Pattern Recognition, Martensstr. 3, 91058 Erlangen. Библ. 11
ГРНТИ : 34.49.33
Предметные рубрики: ИНТЕРВЕНЦИОННАЯ РАДИОЛОГИЯ
РЕНТГЕНОВСКИЙ КОНТРОЛЬ
АНАТОМИЧЕСКИЕ СТРУКТУРЫ
ЗАРЕГИСТРИРОВАННЫЕ ИЗОБРАЖЕНИЯ
ТРЕХМЕРНОЕ АННОТИРОВАНИЕ
ОТСЛЕЖИВАЮЩИЙ КОНТРОЛЛЕР
Дата ввода:
7.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI49) 13.01-04М1.14

Автор(ы) : Vitanovski, Dime, Schaller, Christian, Han, Dieter, Daum, Volker, Hornegger, Joachim
Заглавие : 3D annotation and manipulation of medical anatomical structures : Докл.[Conference "Medical Imaging 2009: Visualization, Image-Guided Procedures, and Modeling", Lake Buena Vista, Fla, 8-10 Febr., 2009]
Источник статьи : Proc. SPIE. - 2009. - Vol. 7261. - С. 72611H/1-72611H/8
Аннотация: Несмотря на возможность трехмерной регистрации с помощью медицинских сканеров, манипуляции и аннотирование собранных данных выполняются в стандартной двумерной среде. Разработана структура для аннотирования непосредственно в трехмерной среде с помощью двух новых передовых технологий устройства отображения и контроллера данных. Определена некомпланарная установка инфракрасных светодиодов с известной и точной позицией, которая отслеживается контроллером. Германия, Chair of Pattern Recognition, Martensstr. 3, 91058 Erlangen. Библ. 11
ГРНТИ : 34.41.05
Предметные рубрики: ИНТЕРВЕНЦИОННАЯ РАДИОЛОГИЯ
РЕНТГЕНОВСКИЙ КОНТРОЛЬ
АНАТОМИЧЕСКИЕ СТРУКТУРЫ
ЗАРЕГИСТРИРОВАННЫЕ ИЗОБРАЖЕНИЯ
ТРЕХМЕРНОЕ АННОТИРОВАНИЕ
ОТСЛЕЖИВАЮЩИЙ КОНТРОЛЛЕР
Дата ввода:
8.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 76 (BI38) 07.12-04А3.66

Автор(ы) : Lin, I-Jong, Chao, Hui
Заглавие : CMAS, a rich media annotation system for medical imaging : Докл. [Conference "Medical Imaging 2006: PASC and Imaging Informatics", San Diego, Calif., 14-16 Febr., 2006]
Источник статьи : Proc. SPIE. - 2006. - Vol. 6145. - С. 614506/1-614506/8
Аннотация: Разработана система, названная CMAS, облегчающая возможность для медицинских работников аннотировать цифровые медицинские записи, включающие медицинские изображения или видеозаписи медицинских процедур. США, Hewlett-Packard Labs, Palo Alto, Ca (e-mail: i-jong.lin@hp.com). Ил. 5. Библ. 13
ГРНТИ : 76.03.59
Предметные рубрики: МЕДИЦИНСКАЯ ИНФОРМАЦИОННАЯ СИСТЕМА
СИСТЕМА CMAS
МЕДИЦИНСКИЕ ЗАПИСКИ
МЕДИЦИНСКИЕ ИЗОБРАЖЕНИЯ
АННОТИРОВАНИЕ
Дата ввода:
9.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 05.02-04А3.698

Автор(ы) : Young, Nelson, Chang, Zhan, Wishart David S.
Заглавие : GelScape: A web-based server for interactively annotating, manipulating, comparing and archiving 1D and 2D gel images
Источник статьи : Bioinformatics. - 2004. - Vol. 20, N 6. - С. 976-978
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
ГЕЛЬ-ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКОЕ РАЗДЕЛЕНИЕ
ОДНОМЕРНЫЕ И ДВУХМЕРНЫЕ ИЗОБРАЖЕНИЯ
АННОТИРОВАНИЕ
СРАВНЕНИЕ
АРХИВИРОВАНИЕ
СЕРВЕР GELSCAPE
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
10.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 05.08-04А3.526

Автор(ы) : Porollo Aleksey A., Adamczak, Rafal, Meller, Joroslaw
Заглавие : POLYVIEW: A flexible visualization tool for structural and functional annotations of proteins
Источник статьи : Bioinformatics. - 2004. - Vol. 20, N 15. - С. 2460-2462
Аннотация: Сервер POLYVIEW (http://polyview.cchmc.org) можно использовать для создания аннотаций к белковым последовательностям, включая описание вторичных структур, относительной доступности растворителю, функциональных мотивов и центров полиморфизма. Двумерные графические представления в привычном формате можно создавать как для известных белковых структур, так и для предсказаний, полученных с помощью серверов, предсказывающих белковые структуры. POLYVIEW можно использовать для автоматического создания картин структурных и функциональных связей. США, Children's Hosp. Res. Fdn, Cincinnati, OH 45229. Библ. 8
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
СТРУКТУРНОЕ И ФУНКЦИОНАЛЬНОЕ АННОТИРОВАНИЕ
СРЕДСТВО ВИЗУАЛИЗАЦИИ
СЕРВЕР POLYVIEW
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
11.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI21) 07.11-04И2.1

Автор(ы) : Nilsson, Daniel, Andersson, Bjorn
Заглавие : A graphical tool for parasite genome annotation
Источник статьи : Comput. Meth. and Programs Biomed. - 2004. - Vol. 73, N 1. - С. 55-60
Аннотация: Разработана графическая среда для быстрого предварительного аннотирования последовательностей генома. Реализован эффективный интерфейс пользователя для импорта последовательностей и обмена информацией с базами данных. Описаны алгоритмы прогнозирования, поиска на основе подобия, фильтрации результатов, внесения изменений в данные вручную, редактирования аннотаций и визуализации. Разработана система правил для принятия решений в спорных ситуациях. Приведены примеры практического применения предлагаемого подхода в анализе генома паразитов
ГРНТИ : 34.33.23
Предметные рубрики: ПАРАЗИТЫ
ГЕНОМ
АННОТИРОВАНИЕ
ГРАФИЧЕСКИЕ СРЕДСТВА
Дата ввода:
12.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 05.01-04А3.940

Автор(ы) : Kopp, Jurgn, Schwede, Torsten
Заглавие : The SWISS-MODEL Repository of annotated three-dimensional protein structure homology models
Источник статьи : Nucl. Acids Res. - 2004. - Vol. 32, прил. Dat. Iss. - С. 230-234
Аннотация: SWISS-MODEL (http://swissmodel.expasy.org/repository/) является базой данных аннотированных моделей белковых структур, построенных по гомологии полностью автоматически. SWISS-MODEL содержит 'ЭКВИВ'300 000 трехмерных моделей, построенных по последовательностям из Swiss-Prot и TrEMBL. Каждый файл содержит не менее одной трехмерной модели, наложение последовательностей исследуемого белка и белка-матрицы, детали процесса моделирования и описание силового поля, используемого для оценки качества. Швейцария, Biozentrum, Univ. Basel, 4056 Basel. Библ. 39
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
ТРЕХМЕРНАЯ СТРУКТУРА
АННОТИРОВАНИЕ МОДЕЛИ
АВТОМАТИЧЕСКОЕ ПОСТРОЕНИЕ ПО ГОМОЛОГИИ
ХРАНИЛИЩЕ SWISS-MODEL
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
13.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.10-04А3.968

Автор(ы) : Prlic, Andreas, Domingues Francisco S., Lackner, Peter, Sippl Manfred J.
Заглавие : WILMA- automated annotation of protein sequences
Источник статьи : Bioinformatics. - 2004. - Vol. 20, N 1. - С. 127-128
Аннотация: Представлена автоматизированная система WILMA для функционального аннотирования крупных наборов белковых последовательностей. При помощи различных методов биоинформатики достигается всеобъемлющее описание белковых последовательностей и устанавливаются связи между этими результатами и стандартными дескрипторами Gene Ontology для молекулярных функций, биологических процессов и компонент клетки. Доступ к WILMA осуществляется через сетевой интерфейс и опрос баз данных. Результаты аннотирования системой WILMA протеомов Homo sapiens, Mus musculus, Arabidopsis thaliana и Caenorhabditis elegans доступны по адресу: http://www.came.sbg.ac.at/wilma. Австрия, Ctr. Appl. Mol. Eng., Inst. Chem. & Biochem., Univ. Salzburg, 5020 Salzburg. Библ. 17
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
ПРОТЕОМЫ
АМИНОКИСЛОТНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ФУНКЦИОНАЛЬНОЕ АННОТИРОВАНИЕ
АВТОМАТИЗИРОВАННАЯ СИСТЕМА WILMA
АДРЕС ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
14.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.03-04А3.468

Автор(ы) : McDermott, Jason, Samudrala, Ram
Заглавие : Bioverse: Functional, structural and contextual annotation of proteins and proteomes
Источник статьи : Nucl. Acids Res. - 2003. - Vol. 31, N 13. - С. 3736-3737
Аннотация: Функциональное аннотирование обычно проводится в крупномасштабных проектах и базах данных геномики. Сервер для аннотирования последовательностей Bioverse (http://bioverse.compbio.washington.edu) содержит интерфейс, позволяющий пользователю вводить белковые последовательности в Bioverse. Последовательности обеспечиваются функциональными, структурными и возможными контекстуальными аннотациями. Пользователь может также вводить геномы для аннотирования всех кодируемых ими белков (протеома). США, Comput. Genomics Grp, Dep. Microbiol., Univ. Washington Sch. Med., Seattle, WA 08195. Библ. 16
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
ПРОТЕОМЫ
АМИНОКИСЛОТНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ФУНКЦИОНАЛЬНОЕ И СТРУКТУРНОЕ АННОТИРОВАНИЕ
СЕРВЕР BIOVERSE
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
15.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 03.11-04А3.711

Автор(ы) : Yang, Peng, Craig Paul A., Goodsell, David, Bourne Philip E.
Заглавие : BioEditor - simplifying macromolecular structure annotation
Источник статьи : Bioinformatics. - 2003. - Vol. 19, N 7. - С. 897-898
Аннотация: BioEditor - это программа, позволяющая исследователям и преподавателям подготавливать и представлять аннотации, содержащие форматированный текст, графики, данные о последовательностях и интерактивные изображения молекулярных структур. Предполагается, что BioEditor перекрывают разрыв между представлением в статьях в печатных журналах и в формате интернета. BioEditor доступен по адресу: http.//bioeditor.sdsc.edu. США, San Diego Supercomp. Ctr., Univ. California, San Diego, La Jolla, CA 92093-0505. Библ. 9
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БИОМАКРОМОЛЕКУЛЫ
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА
АННОТИРОВАНИЕ
КОМПЬЮТЕРНАЯ ПРОГРАММА BIOEDITOR
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
16.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.04-04А3.431

Автор(ы) : Nair, Rajesh, Rost, Burkhard
Заглавие : LOC3D: Annotate sub-cellular localization for protein structures
Источник статьи : Nucl. Acids Res. - 2003. - Vol. 31, N 13. - С. 3337-3340
Аннотация: LOC3D (http://cubic.bioc.columbia.edu/db/LOC3d/) - это одновременно еженедельно обновляемая база данных и сетевой сервер для предсказания внутриклеточной локализации белков эукариот с известной трехмерной структурой. Локализация предсказывается с помощью 4 разных методов: (1) PredictNLS, предсказывающей локализацию в ядре по наличию сигнала локализации; (2) LOChom, предсказывающей локализацию по гомологии последовательностей; (3) LOCkey, использующей автоматический анализ текста по ключевым словам базы данных SWISS-PROT; и (4) LOC3Dini, осуществляющей предсказания ab initio с помощью нейронных сетей и машин с векторной поддержкой. Окончательное предсказание выбирается по наибольшей доверительности. База данных LOC3D содержит 8700 цепей белков эукариот из банка белковых данных PDB. Сервер LOC3D можно использовать для предсказания локализации и таких белков, для которых структуры лишь предсказаны с помощью "протягивания". США, CUBIC, Dep. Biochem. & Mol. Biophys., Columbia Univ., New York, NY 10032. Библ. 30
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
ТРЕХМЕРНАЯ СТРУКТУРА
ВНУТРИКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ
ПРЕДСКАЗАНИЕ
АННОТИРОВАНИЕ
ЭУКАРИОТЫ
БАЗА ДАННЫХ LOC3D
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
Дата ввода:
17.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.10-04А3.924

Автор(ы) : Gattiker, Alexandre, Michoud, Karine, Rivoire, Catherine, Auchincloss Andrea H., Coudert, Elisabeth, Lima, Tania, Kersey, Paul, Pagni, Marco, Sigrist Christian J.A., Lachaize, Corinne
Заглавие : Automated annotation of microbial proteomes in SWISS-PROT
Источник статьи : Computat. Biol. and Chem. - 2003. - Vol. 27, N 1. - С. 49-58
Аннотация: Проект HAMAP предназначен для интеграции методов ускоренной высококачественной аннотации протеомов прокариот. Автоматическая аннотация применима лишь к ограниченным ортологическим семействам и протеомам. Методы контроля позволяют избежать ошибочной аннотации и выделить сомнительные случаи, подлежащие мануальному анализу. Результаты интегрированы в SWISS-PROT (http://www.expasy.org/sprot/hamap/). Швейцария, SWISS-PROT Group, Swiss Inst. Bioinformatics, CH1211 Geneva. Библ. 22
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
ПРОТЕОМЫ
АВТОМАТИЧЕСКОЕ АННОТИРОВАНИЕ
БАЗА ДАННЫХ SWISS-PROT
ПРОЕКТ HAMAP
АДРЕС В ИНТЕРНЕТЕ
БАКТЕРИИ
Дата ввода:
18.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.06-04А3.591

Автор(ы) : Пономаренко Е.А., Лисица А.В., Карузина И.И., Мирошниченко Ю.В.
Заглавие : Автоматизированное аннотирование функциональных свойств белков надсемейства цитохромов Р450 : Докл.[Отчетная конференция за 2002 год по проблеме "Создание лекарственных средств" подраздела "Медицина" раздела "Технологии живых систем" Федеральной научно-технической программы на 2002-2006 гг. "Исследование и разработка по приоритетным направлениям развития науки и техники", Москва, март, 2002]
Источник статьи : Аллергия, астма и клин. иммунол. - 2003. - Т. 7, N 8. - С. 95-99
Аннотация: Автоматизация обработки научных текстов становится одной из первоочередных задач современной биоинформатики. Рассмотрен способ упорядочивания коллекции научных публикаций по тематике цитохромов P450, при котором на первое место помещаются тексты, относящиеся к описанию взаимодействия белка с низкомолекулярным лигандом (субстратом или ингибитором). В основе метода лежит подсчет относительной частоты встречаемости ключевых слов в обучающей выборке по сравнению со всей совокупностью имеющихся резюме. В результате работы из более 36 тыс. текстов было отобрано 3 тыс. публикаций, представляющих наибольший интерес с точки зрения получения информации о взаимодействии блок-лиганд. Анализ отобранных резюме показал, что точность прогноза содержания документа составляет 77%. Россия, Гос. учреждение ин-т биомед. хим. РАМН, Москва. Библ. 7
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: ЦИТОХРОМ P450
ЛИГАНДЫ
НАУЧНЫЕ ТЕКСТЫ
АННОТИРОВАНИЕ
Дата ввода:
19.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 04.02-04А3.620

Автор(ы) : Gilks Walter R., Audit, Benjamin, De, Angelis Daniela, Tsoka, Sophia, Ouzounis Christos A.
Заглавие : Modeling the percolation of annotation errors in a database of protein sequences
Источник статьи : Bioinformatics. - 2002. - Vol. 18, N 12. - С. 1641-1649
Аннотация: Публичные базы данных последовательностей содержат информацию о последовательности, структуре и функции белков. Определение последовательностей геномов привело к быстрому росту баз данных последовательностей, но достоверная, экспериментально проверенная информация в этих случаях сильно запаздывает. Поэтому часто приводится аннотация, касающаяся сходства последовательностей с уже аннотированными гомологами, что чревато ошибками. Такие ошибки могут размножаться по цепи при использовании такой аннотации как источника аннотирования новых гомологов. На базе некоторых простых предположений разработана динамическая вероятностная модель таких цепей ошибочных аннотаций. Использование следствий из модели для оценки качества аннотаций показало, что такой метод создания новых аннотаций ведет к систематическому ухудшению качества баз данных. Великобритания, MRC Biostatistics Unit., Cambridge, CB10 1SD. Библ. 19
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БЕЛОК
АМИНОКИСЛОТНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
БАЗЫ ДАННЫХ
АННОТИРОВАНИЕ
ОШИБКИ АННОТАЦИЙ
ВЕРОЯТНОСТНАЯ МОДЕЛЬ
Дата ввода:
20.

Вид документа : Статья из журнала
РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 00.02-04А3.848

Автор(ы) : Baker Patricia G., Goble Carole A., Bechhofer, Sean, Paton Norman W., Stevens, Robert, Brass, Andy
Заглавие : An ontology for bioinformatics applications
Источник статьи : Bioinformatics. - 1999. - Vol. 15, N 6. - С. 510-520
Аннотация: Задачи создания, использования и анализа различных баз данных требует общей для них семантической сети, к-рая необходима также для обобщения различных источников биол. информации и систематического аннотирования экспериментальных результатов. В работе описана такая система онтологии для разных источников информации и приведены примеры ее использования. Великобритания, Sch. Biol. Sci., Univ. Manchester, Manchester М13 9РТ. Библ. 34
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БИОИНФОРМАТИКА
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ДАННЫЕ
СИСТЕМАТИЧЕСКОЕ АННОТИРОВАНИЕ
ОНТОЛОГИЯ
Дата ввода:
 1-20    21-22 
 
Описание базы
Стандартный
По словарю
Расширенный
Профессиональный
Распределенный
ГРНТИ



"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"
© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)