СибНСХБ

Вид поиска

Область поиска

Найдено в других БД

Формат представления найденных документов:
библиографическое описание	краткий	полный

Отсортировать найденные документы по:
автору	заглавию	году издания	типу документа

Поисковый запрос: (<.>A=Cases, Ildefonso$<.>)

Общее количество найденных документов : 8
Показаны документы с 1 по 8

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI38) 05.03-04А3.370

Автор(ы) : Janssen, Paul, Enright Anton J., Audit, Benjamin, Cases, Ildefonso, Goldovsky, Leon, Harte, Nicola, Kunin, Victor, Ouzounis Christos A.
Заглавие : Complete GENome tracking (COGENT): A flexible data environment for computational genomics
Источник статьи : Bioinformatics. - 2003. - Vol. 19, N 11. - С. 1451-1452
Аннотация: Представлена база данных полностью секвенированных и опубликованных геномов для облегчения повторного представления данных и уверенности в воспроизводимости результатов в областях компьютерной геномики. При разработке использовали простую и мощную схему, позволяющую соединять данные о геномных последовательностях с другими источниками. База данных доступна в Интернете по адресу http://maine.ebi.uk:8000/services/cogent/. Великобритания, Computational Gen. Crp, The European Bioinf. Inst., EMBL Cambridge Outstation, Welcome Trust Genome Campus, Cambridge CB10 1SD. Библ. 3
ГРНТИ : 34.05.25
Предметные рубрики: БАЗЫ ДАННЫХ
COGENT
ГЕНОМИКА
КОМПЬЮТЕРНАЯ
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 02.04-04Б2.254

Автор(ы) : Cases, Ildefonso, Lopez, Juan-Antonio, Albar, Juan-Pablo, De, Lorenzo Victor
Заглавие : Evidence of multiple regulatory functions for the PtsN (IIA{Ntr}) protein of Pseudomonas putida
Источник статьи : J. Bacteriol. - 2001. - Vol. 183, N 3. - С. 1032-1037
Аннотация: Ген ptsN Pseudomonas putida кодирует белок IIA{Ntr}, белок фосфоенолпируват:сахарофосфотрансферазной системы, которая требуется для ингибирования c 'сигма'{54}-зависимого промотора Pu TOL плазмиды (деградация толуата) pWWO. Используя двухмерный электрофорез, рассмотрели влияние разрушения гена ptsN на главный образец экспрессии P. putida. Клетки выращивали в присутствии или отсутствовали глюкозы и набор из 1,117 спотов протеомы P. putida был использован как референс для сравнения. Среди всех генных продуктов, чья экспрессия была уменьшена углеродным источником - [из 247 спотов (около 22%)] только 6 вели себя как при наличии Pu (т. е. были депрессированы на фоне ptsN). Таким образом доказали только минорную роль IIA{Ntr} в продолжительном ингибировании экспрессии генов P. putida, вызванном глюкозой. Однако те же самые эксперименты позволили обнаружить значительное падение глюкозонезависимых эффектов, вызванных мутацией ptsN. 108 спотов (9% проанализированных клеточных продуктов) находились под положительным или негативным влиянием потери IIA{Ntr}. При скрещивании этого образца со штаммом rpoN::'лямбда'Km P. putida, не имеющего белка 'сигма'{54}, показали, что большинство белков, чья экспрессия находилась под влиянием ptsN были неродственны альтернативному фактору 'сигма'. Эти данные позволяют предположить, что IIA{Ntr} играет роль главного регулятора, независящего от присутствия репрессивных углеродных источников и неограниченного 'сигма'{54}-зависимых генов. Испания, Ceptro Nacional de Biotechnol. Csil, 28049, Madrid. Библ. 31
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ГЕНЫ
ГЕН БЕЛКА IIA{NTR} PTSN
РАЗРУШЕНИЕ
ВЛИЯНИЕ НА
'СИГМА'{54}-ЗАВИСИМЫЙ ПРОМОТОР PU
ПЛАЗМИДА PWWO
ЭКСПРЕССИЯ
БЕЛОК
IIA{NTR}
РЕГУЛЯТОРНАЯ РОЛЬ
МНОЖЕСТВЕННОСТЬ
PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 03.10-04Б2.137

Автор(ы) : Cases, Ildefonso, de, Lorenzo Victor
Заглавие : Genetic evidence of distinct physiological regulation mechanisms in the 'сигма'{54} Pu promoter of Pseudomonas putida
Источник статьи : J. Bacteriol. - 2000. - Vol. 182, N 4. - С. 956-960
Аннотация: Известно, что активность зависимого от толуола 'сигма'{54} Pu промотора pWWO TOL плазмиды Pseudomonas putida подавляется при экспоненциальном росте на богатой среде и в присутствии глюкозы. Показано, что существующее слабое накопление 'бета'-галактозидазы в Pu-lacZ репортерном штамме P. putida, выращиваемом на минимальной среде с гидролизатом казеина, снижается в 2-3 раза при внесении глюкозы. Независимое действие углеводов на активность Pu промотора подтверждается отсутствием реакции на глюкозу у мутанта ptsN P. putida, аналогичных условиях эксперимента. С другой стороны, суперпродукция 'сигма'{54} фактора частично снимает "молчание" Pu промотора в log-фазе и никак не сказывается на его подавление глюкозой. Т. обр., полагают, что подавление в экспоненциальной фазе роста и чувствительность к глюкозе Pu промотора представляют собой два перекрывающихся, но генетически различные механизма, регуляции в зависимости от физиологического статуса клеток и источников питания. Испания, Cent. Nac. Biotechnol. CSIC, 28049 Madrid. Библ. 18
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ТРАНСКРИПЦИЯ
ПРОМОТОРЫ
PU ПРОМОТОР
ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ РЕГУЛЯЦИЯ
PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI13) 06.08-04Б3.98

Автор(ы) : Canovas, David, Cases, Ildefonso, de, Lorenzo Victor
Заглавие : Heavy metal tolerance and metal homeostasis in Pseudomonas putida as revealed by complete genome analysis
Источник статьи : Environ. Microbiol. - 2003. - Vol. 5, N 12. - С. 1242-1256
Аннотация: Геном Pseudomonas putida KT2440 кодирует неожиданно разностороннюю устойчивость к тяжелым металлам и их производным. Доступность полной последовательности хромосомы позволила классифицировать 61 открытую рамку считывания, возможно, участвующую в устойчивости к металлам или их гомеостазе, а также 7, возможно, имеющих отношение к механизму устойчивости к металлам. Некоторые системы, вероятно, повторяются. В общей сложности обнаружено, что у Ps. putida есть две системы, ответственные за арсенат (arsRBCH), одна - за хром (chrA), от 4 до 6 систем, отвечающих за двухвалентные металлы (два cadA и от двух до четырех czc хемиосмотических антипортера), две системы для одновалентных катионов - pacS, cusCBA (плюс один криптический silP ген, содержащий мутацию - сдвиг рамки считывания), два оперона для хелатирования Cu (copAB), один металлотионеин для связывания металлов, одна система метилирования Te/Se (tpmT) и 4 транспортера ABC - для поглощения существенных ионов - Zn, Mn, Mo, Ni (один nikABCDE, два znuACB, один mobABC). Некоторые имеющие отношение к металлам кластеры локализованы в островах генов
ГРНТИ : 34.27.39
Предметные рубрики: PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
ШТАММ КТ 2440
УСТОЙЧИВОСТЬ К ТЯЖЕЛЫМ МЕТАЛЛАМ
ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 06.07-04Б2.102

Автор(ы) : Canovas, David, Cases, Ildefonso, de, Lorenzo Victor
Заглавие : Heavy metal tolerance and metal homeostasis in Pseudomonas putida as revealed by complete genome analysis
Источник статьи : Environ. Microbiol. - 2003. - Vol. 5, N 12. - С. 1242-1256
Аннотация: Геном Pseudomonas putida KT2440 кодирует неожиданно разностороннюю устойчивость к тяжелым металлам и их производным. Доступность полной последовательности хромосомы позволила классифицировать 61 открытую рамку считывания, возможно, участвующую в устойчивости к металлам или их гомеостазе, а также 7, возможно, имеющих отношение к механизму устойчивости к металлам. Некоторые системы, вероятно, повторяются. В общей сложности обнаружено, что у Ps. putida есть две системы, ответственные за арсенат (arsRBCH), одна - за хром (chrA), от 4 до 6 систем, отвечающих за двухвалентные металлы (два cadA и от двух до четырех czc хемиосмотических антипортера), две системы для одновалентных катионов - pacS, cusCBA (плюс один криптический silP ген, содержащий мутацию - сдвиг рамки считывания), два оперона для хелатирования Cu (copAB), один металлотионеин для связывания металлов, одна система метилирования Te/Se (tpmT) и 4 транспортера ABC - для поглощения существенных ионов - Zn, Mn, Mo, Ni (один nikABCDE, два znuACB, один mobABC). Некоторые имеющие отношение к металлам кластеры локализованы в островах генов
ГРНТИ : 34.27.19
Предметные рубрики: PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
ШТАММ КТ 2440
УСТОЙЧИВОСТЬ К ТЯЖЕЛЫМ МЕТАЛЛАМ
ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 15.09-04Б2.155

Автор(ы) : Arcas, Aida, Cases, Ildefonso, Rojas Ana M.
Заглавие : Serine/threonine kinases and E2-ubiquitin conjugating enzymes in Planctomycetes: Unexpected findings
Источник статьи : Antonie van Leeuwenhoek. - 2013. - Vol. 104, N 4. - С. 509-520
Аннотация: Регуляция сигнальной трансдукции путем фосфорилирования и убиквитинирования важна для правильного поведения эукариотич. клеток. Авт. исследовали сем-ва белков, участвующие в подобной сигнализации у нескольких эукариотич. видов, а также у 2 видов филума Planctomycetes: Gemmata obscuriglobus и Pirellula staleyi. У этих 2 видов выявляли последовательности, гомологичные эукариотич. серин/треонин-киназам (STK) и Е2-убиквитин-конъюгирующим ферментам. Анализы были расширены на сверхфилум Planctomycetes/Verrucomicrobia/Chlamydia (PVC). Осуществили сравнительный анализ, используя домены киназ, фосфата и ГТФ-аз, служащих сигнальными знаками. Проанализировали их распределение. Нашли существенные различия в плотности кинома в сравнении с другими кладами прокариот и среди групп сверхфилума PVC. Выявляли присутствие классических эукариотич. Е2-конъюгирующих убиквитиновых белков у прокариот. Прежде предполагали их наличие лишь у эукариот. Филогенетич. анализы знаковых доменов STK и Е2-ферментов подтверждает существование горизонтального переноса генов
ГРНТИ : 34.27.17
Предметные рубрики: СВЕРХФИЛУМ РVC
PLANCTOMYCETES (BACT.)
GEMMATA OBSCURIGLOBUS (BACT.)
PIRELLULA STALEYI (BACT.)
СЕРИН/ТРЕОНИН-КИНАЗЫ
Е2-УБИКВИТИН-КОНЪЮГИРУЮЩИЕ ФЕРМЕНТЫ
ГОМОЛОГИЧНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС ГЕНОВ
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 06.02-04Б2.174

Автор(ы) : Cases, Ildefonso, Ussery David W., de, Lorenzo Victor
Заглавие : The 'сигма'{54} regulon (sigmulon) of Pseudomonas putida
Источник статьи : Environ. Microbiol. - 2003. - Vol. 5, N 12. - С. 1281-1293
Аннотация: 'сигма'{54} уникален среди бактериальных сигма-факторов. Механизма инициации транскрипции у него полностью отличается и требует участия активатора транскрипции. В настоящее время пытаются оценить функциональную роль 'сигма'{54} в перспективе эволюции геномов. С помощью компьютерных методов исследовали 'сигма'{54}-регулон из Escherichia coli, Salmonella typhymurium и нескольких видов Rhizobiaceae. Представили результаты анализа 'сигма'{54} регулона полного генома Pseudomonas putida KT2440. Разработали улучшенный метод для прогнозирования 'сигма'{54} - зависимых промоторов, комбинирующий подсчет 'сигма'{54}-RNAP последовательностей и сайтов связывания активаторов. В сочетании с полученными ранее данными по составу хромосом данный подход позволил прогнозировать более 80% 'сигма'{54} - зависимых промоторов P. putida. Выявили новые функции для 'сигма'{54} и предложили потенциальный механизм для эволюции этой регуляторной системы
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ТРАНСКРИПЦИЯ
РЕГУЛЯЦИЯ
РЕГУЛЯТОРНЫЕ БЕЛКИ
ФАКТОР СИГМА 54
СИНТЕЗ
ФУНКЦИЯ
СПЕЦИФИЧНОСТЬ
ПРОМОТОРЫ
ПРОМОТОР СИГМА 54-ЗАВИСИМЫЕ
СТРУКТУРА
PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
Дата ввода:

Вид документа : Статья из журнала

РЖ ВИНИТИ 34 (BI12) 01.07-04Б2.231

Автор(ы) : Cases, Ildefonso, Perez-Martin, Jose, de, Lorenzo Victor
Заглавие : The IIA{Ntr} (PtsN) protein of Pseudomonas putida mediates the C source inhibition of the 'сигма'{54}-dependent Pu promoter of the TOL plasmid
Источник статьи : J. Biol. Chem. - 1999. - Vol. 274, N 22. - С. 15562-15568
Аннотация: Изучено влияние кластера генов, смежного с геном rpoN фактора 'сигма'{54} Pseudomonas putida, на регуляцию источниками С промотора Pu верхнего оперона плазмиды TOL, участвующего в катаболизме толуола. Эта область содержит 4 гена, 2 из которых (ptsN и ptsO) кодируют белки, похожие на компоненты фосфоенолпируват:сахарфосфотрансферазной системы. Сконструированы разрушения этих генов неполярной вставкой и изучено влияние мутаций на экспрессию репортерского гена с промотора Pu. Разрушения генов ORF102, ORF284 и ptsO не вызывают заметного фенотипа. Разрушение гена ptsN, кодирующего белок IIA{Ntr} (PtsN), устраняет чувствительность промотора Pu к репрессии глюкозой, но не влияет на скорости потребления глюкозы и глюконата. Замена H68D в консервативном фосфоакцепторном сайте IIA{Ntr} приводит к нечувствительности Pu к присутствию или отсутствию глюкозы. Эти данные подтвердили существование пути корегуляции некоторых зависящих от 'сигма'{54} промоторов, в котором ключевую роль играет белок IIA{Ntr}. Испания, Ctr. Nac. Biotecnol., CSIC, Madrid 28049. Библ. 54
ГРНТИ : 34.27.21
Предметные рубрики: ПРОМОТОРЫ
ПРОМОТОР PU
ЗАВИСЯЩИЙ ОТ 'СИГМА'{54}
РЕГУЛЯЦИЯ
ГЛЮКОЗА
БЕЛОК PTSN
PSEUDOMONAS PUTIDA (BACT.)
Дата ввода:

"Электронные каталоги и базы данных библиотек СО РАН"

© Международная Ассоциация пользователей и разработчиков электронных библиотек и новых информационных технологий
(Ассоциация ЭБНИТ)

rtvarBDview(" результаты поиска","20190607010228","4682442");

Вид поиска